FAQ(よくあるご質問)シカゴメソッドとは?Dovetail社が独自の、インビトロ・長鎖シークエンスライブラリ作製法です。Organization)TMメソッドは、インビトロの中でクロマチン構造を再構築する方法を応用し、抽出したDNAの長さと同じ距離をカバーすることのできるライブラリを作製する方法です。342.シカゴライブラリとは?シカゴメソッドによって作製されたシークエンスライブラリのことです。現在、Dovetail社でのみ作製しています。ライブラリの複雑性とは?シークエンスライブラリひとつから推定される、ユニークなDNAライブラリ分子のでき具合です。複雑性が高いほど、同じ場所を読むライブラリは少ないことを示し、ゲノムをより均一にカバーできるので理想的です。HiRiseTMとは?Dovetail社が独自に開発した、ゲノムスキャフォルドのためのソフトウェアです。詳細は「アセンブリ」の質問項目を参照。Hi-Cとは?Dovetail社が独自プロトコル化したHi-C技術です。試薬キットの販売もございます。Contig(コンティグ)とは?ゲノムアセンブリの結果、塩基配列が連続している部分です。A,T,C,G,いずれかの塩基配列から構成されます。Scaffold(スキャフォルド)とは?複数の隣り合うコンティグの向きを揃えて、真ん中のギャップをNで埋めた配列です。N50とは?ゲノムアセンブリにおけるスキャフォルドやコンティグのサイズを評価する統計的な指標のひとつです。スキャフォルドまたはコンティグ配列を長いほうから積算していって、アセンブルの全体のサイズの50%を超えるときの長さを、N50といいます。一般的に、N50の値が大きいほど、アセンブリ結果が良いとされます。物理カバレッジとは?単にカバレッジといった場合、リード配列をゲノム配列にアラインさせたとき、ゲノム配列のヌクレオチドが平均で何回読まれているかという意味です。深度と呼ぶ場合もあります。ゲノムのあるヌクレオチドの場所に30本のリードがアラインした場合、その場所は30カバレッジ読まれたといいます。物理カバレッジとは、ゲノムのある場所をリードペアが平均で何回カバーしているかを示します。メイトペアライブラリやBAC-endライブラリのように、数キロ~数十キロ塩基離れた両端を読むシークエンス情報をゲノム配列にアラインしたとき、実際は読まれていないインサート配列を含めてその領域を何回カバーしたかが物理カバレッジの考え方です。1,000bp離れた配列の両端100bpをシークエンスした配列データをアラインした場合、物理カバレッジの計算に使われる配列の範囲は、200bp(100bpx2)と中間の1,000bpです。サービスの価格はいくらですか?ゲノムサイズ3Gbの生物の場合、金額の目安としては250万円~300万円です。実際は、DNA抽出方法、ゲノムサイズ、生物種、シークエンスラン数などによって変わります。詳細はお客様との打ち合わせの後、お見積もり致します。納期はどれくらいかかりますか?サービス内容や時期によりますが、アメリカにサンプルが到着してからデータ納品までの納期はおよそ3ヶ月です。シークエンスをお客様自身がご希望される場合は、お客様のランスケジュールに依存します。生物種によって送ることのできないサンプルはありますか?組織サンプルを送付頂く場合、生物種によっては輸出・輸入制限がある場合があります。本サービスに興味をお持ちになった時点で、できるだけ早く生物種(学名も)と、野生種か否かの情報をお知らせ下さい。その情報をもとに、アメリカ側で輸入許可が下りるかどうかを先に確認致します。確認には数週間かかる場合があります。サンプルはどのように輸送されますか?国内輸送(お客様からトミーデジタルバイオロジー社まで)はお客様のご負担で、冷凍または冷蔵便(サンプルによります)で弊社宛にお送り下さい。弊社からDovetail社までは、ワールド・クーリア社のサービスを使い輸送します。日本発は月曜または火曜で、Dovetail社には火曜または水曜に到着します。ゲノムアセンブリのQCはどのように行なっていますか?ゲノムアセンブリのクオリティチェックはいくつかあり、お客様は以下のチェックポイントごとの報告を受けることがあります。抽出されたDNAの質、量、濃度がシカゴライブラリを作製するのに十分かどうか。このQCはDovetail社が抽出した場合も、お客様が抽出したDNAを送付した場合も、どちらも行なわれます。pairs)を行ない、ドラフトアセンブリに対してマッピングします。Dovetail社は、このマッピング・アライメント情報を使用し、ライブラリの複雑性、リードペアの距離の分布、シグナルノイズ比を精査します。その結果、シカゴライブラリが次に行なうディープシークエンスで、ゲノムを50回以上物理的にカバーするデータを出力すると推測できる場合、このクオリティチェックを通過します。以上のQCを通過した場合、次のディープシークエンスに進みます。ご提供頂いたドラフトアセンブリの結果がHiRiseTMを使ったスキャフォルディングに使用できるかどうかをチェックします。パイプラインを使ってスキャフォルド解析を行った後、これまで過去の結果を照らし合わせて、今回のアセンブリ結果が期待される結果だったかどうかを最終チェックされます。これが、お客様の元に納品される前の最後のQCです。データはどのように納品されますか?インターネット経由のダウンロード形式にて提供します。ご要望に応じて、日本のお客様向けには、ハードディスクで納品されます。ng/μl)が必要です。この条件に合致させるため、以下の必要量で組織サンプルをお送り下さい。Dovetail社にてDNA抽出から行ないます。