シーズン1のストーリースーパーマンの故郷、惑星クリプトンが滅亡する2世代前、伝説のマン・オブ・スティールの祖父セグ=エルが、自らの星を守り、未来の孫を無事に誕生させるために戦う物語だ。クリプトン星では、独裁的な権力者によって世界が乱れる中、エル家は市民権を剥奪されていた。家族の名誉を取り戻し愛する人々を守るために、セグは地球からやって来たタイムトラベラーと共に戦う。彼はまた、スーパーヴィランから最後のクリプトン星人の未来を守るという使命も担う。新たな冒険が描かれる全10話。ここから、伝説が生れる。未来からの警告シリーズ第1話。セグは、故郷であるクリプトン星が、星々を次々と破滅させているエイリアン“ブレイニアック”に狙われていることを知る。そのエイリアンにより彼の未来の孫、偉大なスーパーヒーローが生まれなくなってしまう可能性があるということも...。エル家の誇りセグは、両親を失い一人きりになってしまうが、新たな地位を手に入れ、ギルドにも入ったことで現実を受け入れる覚悟を決めていた。孤独の要塞へ向かい隠されたテクノロジーを起動することに成功したセグの前に、亡くなったはずの祖父のホログラムが現れる。真実を知ったセグは、ブレイニアックからクリプトン星を守ることを誓う。ノーランク戦略アダムとケムは、ブレイニアックが情報を得るために宇宙に放ったセントリーのケースを辺境で見つける。中身は空で、セントリーはすでに誰かに寄生している可能性があった。セントリーの行方を捜すためにライタに会いに行ったセグは、彼女が隊長になったことを知る。セグが生まれ育った地区では、サジタリによってテロ組織ブラック・ゼロをあぶり出すために住民を追い出す作戦が進められる。ラオの言葉ラオの声は、人心を安定させるためにノヴァ・サイクルの儀式を始めると宣言する。テロ組織のあぶり出しに失敗した責任を取らせるために、サジタリの中から生贄を出すようダロン=ヴェックスに求める。ブラック・ゼロのリーダーだと名乗る男がセグに近づく。男はブレイニアックのことを知っており、セントリーの居場所を聞き出そうとする。ゾッド家の名誉セグは、捕らわれていた地下墓地でサイソナイトの女性ライカを救出し、ライカの案内の下、地下にある彼女たちの隠れ家へ向かう。セグがエル家の者だと知ると、サイソナイトたちは彼を敵視し始める。反逆罪の濡れ衣を着せられたライタの処刑が決まる。“家族よりも名誉を重んじる”というゾッド家の掟を守ってきた母のジェイナ=ゾッドは葛藤する。枢機卿暗殺計画セグは地下墓地でゾッド将軍に捕まり、ライカをどこへ逃がしたのかを問い詰められる。そこへセグを助けに来たライタたちが現れる。アダムはゾッド将軍は敵だと言うが、セグはクリプトン星が爆発するという事実をアダムが隠していたことを知り、ゾッド将軍のほうを信じることにする。ゾッド将軍は、自分の持つ紋章が描かれた場所にブレイニアックを止められる兵器が隠されていると言う。昇華ジェイナたちが企んだクーデターが失敗に終わり、ラオの声はサジタリ全員をしもべにする。ラオの声は、ダロンに娘のニサを含む反逆者を全員処刑するように命令する。ニサが逮捕されたことを知ったセグはニサを助けに、ライタとデヴ=エムは行方不明のジェイナを捜しに辺境の地へ向かう。ジェイナを発見したデヴの態度が一変する。残酷な夜セグにサンストーンを託して消えたアダムは、ゼータ光線デバイスを持って、クリプトンに戻ってくる。アダムはケムにセグを連れてくるよう依頼。路地でラオの声に仕えるセヴィに出くわしたケムは、ラオの声がジェネシス・チェンバーでトランス状態に入ることを聞き出す。セグは、ラオの声が胎児のエネルギーを吸い取っていることを知る。希望ギルド地区では殺人が相次ぎ、ノーランク地区ではブラック・ゼロが闊歩し、カオス状態。ライタはゾッド将軍と手を結び、ブレイニアックを止めるためにドゥームズデイの確保に向かう。ドゥームズデイがいる蔵の前にたどり着いた2人の前に現れたのは、セグとジェイナだった。扉を開けるにはエルとゾッドの血が必要だったが、セグは血の提供を拒否する。ファントム・ゾーンカンドールをめぐるブレイニアックとの戦いが、ついに始まる。セグは、カンドールの人々を地下通路で別の都市に逃がす。ライタはサジタリをまとめ、スキマーで突撃部隊を組んでブレイニアックに攻撃を仕掛ける。セグはヴァルのホログラムを使ってブレイニアックをおびき寄せ、ファントム・ゾーンへ送り込もうとするが...。