Glossaryクローン集団でなければ、集団中に多様性が存在する。Diploid個体の集団を取り扱う場合、多様性の指標のひとつとして、集団中の個体のうちホモの個体の占める割合(Homozygosity)とヘテロの個体の占める割合(Heterozygosity)とをよく用いる。解析によりHomozygosityを用いる場合とHeterozygosityを用いる場合とがある。相互に表と裏の関係である。あっても、クローン集団とは限らない。あるが、クローンではない。クローン集団とクローン集団の寄せ集めである。2つのクローン集団が混じりあうとHomozygosityは1から下がって行く。クローン混成集団のアレル頻度が変化しない、という条件のもとで、もっともよく混じりあった状態では、Hardy-Weinberg平衡になっている。アレル頻度も変化する条件(遺伝的浮動など)とすると、すべてのアレルの頻度が同一になった上でHWEに達する。この状態が、もっとも平衡な状態である。実際には、「混じりあい」の程度、新規変異の発生を含む遺伝的浮動の影響から、Homozygosityは1と平衡状態での期待値との間の値をとっている(定常状態)ものと考えられる。平衡状態は集団の遺伝的モデルによって決まるので、観測データから得られるHomozygosityの値が、1と平衡状態Homozygosityの間のどのあたりに相当するかを検討することで、観測集団に集団の遺伝的モデルの変数が予測できたり、そのモデルへの当て嵌まりのよさを検討したりすることができる。両方が計算できて、それが似通っているか、あからさまに違うかを検討することが可能になる。dataも実観測データであれば、HWEを仮定した点が乖離の理由として疑わしい。dataからhaplotype頻度を推定していたならば、haplotype頻度推定に乖離の理由が潜む可能性も出てくる。Heterozygosityの平衡状態が定義できる。Heterozygosityは遺伝的モデル変数によって与えられる。modelにおける平衡状態ではアレル頻度が均一になった状態を考えたが、実際には、変異の消長が継続している状態では、存在している多型のアレル頻度の分布は一様ではなく、絶えず変化している。ホモ個体率のみに着目すると、その値が一定になる状態が想定され、それを定常状態と考え、その状態でのHomozygosityを求めることが可能である。