ゲノム医学センター統計遺伝学分野のWiki講義・スライド医学生物学と数学とプログラミングの三重学習を狙う学習ツール駆け足で読む○○シリーズぱらぱらめくるシリーズカシオの計算機オンライン整数列大辞典2008-06-25作ってみる。fHWDもLDも、SNPペアのジェノタイプの分布に従属性を発生させる要因である。LDは、1パラメタにて9ジェノタイプ全体に及ぶ依存関係を発生させる。HWDは、階層構造をなしており、個々のSNPについてヘテロとホモとの間のHWEからの乖離として定められる要素と、SNPの組み合わせによって新規に生じる、ヘテロとホモの間の独立からの逸脱として定められる要素とに分解できる。連鎖平衡(LE)の仮定において、4ハプロタイプの頻度はこのまま、HWEの仮定でジェノタイプ頻度を決めるとすると連鎖不平衡を導入する。この設定で、2SNPのアレル頻度は影響を受けない。9ジェノタイプの頻度ものままとする。