戦闘が次第に激しさを増していく、「アオギリの樹」本拠地。喰種vs人間、その戦いの行方は...。その頃、アオギリの幹部・ヤモリに一人連れて行かれたカネキは、想像を絶する苦しみを受けることに。ここでは、人に紛れ人を喰らう「喰種(グール)」と呼ばれる怪人がはびこっていた。)と出会い、本屋デートをすることになる。自らの運命を変える事故に巻き込まれてしまうとも知らずに...。瀕死の重傷を負うカネキだったが、手術により何とか一命を取り留めるが...。シュウ)が「あんていく」を訪れた。月山を20区の厄介者だと言い露骨に嫌な顔をするトーカは、カネキに「あいつとは関わらない方がいい」と釘を刺す。月山はカネキの特殊な「におい」に目をつけ、接触を図ってきた。自らの悲劇の始まりでもあるリゼの事が気になるカネキは「リゼ行き付けの店」という月山の言葉につられ、「喰種レストラン」へ足を運ぶ。体調を崩したトーカの見舞いに訪れたカネキは、トーカが人間の友人・依子(ヨリコ)を大事に思っている事に気が付く。その帰り、カネキは喰種に襲われているニシキを助ける。貴未は、ニシキが喰種であると知りながら共に生活していたのだ。貴未はカネキの後をつけていた月山にさらわれてしまった。ニシキと共に貴未を取り戻しに行くカネキだったが...。ヒナミは「あんていく」でカネキに漢字を教えてもらっていた。新しい字を次々と覚えて喜ぶヒナミは、もっとたくさんの字を覚えて父親をびっくりさせたいと、リョーコと共に本を買いに出かけていく。その頃、CCG捜査官の草場と中島が、母娘の喰種に絞って付近で捜査にあたっていた。異変に気が付いたリョーコはヒナミの手を引いて逃れようとするが、そのときヒナミはある“異変”に気付き...。ヒナミの母・リョーコがCCG捜査官・真戸の手によって命を落とした。何もできなかったことを後悔するカネキ。その知らせを受けたトーカは仇を取ろうと芳村に訴えるが、「皆の安全の為」と聞き入れてもらえない。CCGに顔を見られてしまったヒナミを“24区”に移す案を告げられてしまう。納得いかないトーカは、リョーコ、そしてヒナミを思い、ある決断をする。ヒナミが「あんていく」から抜け出した。それは、真戸の巧妙な罠だった。ヒナミを見つけたトーカの前に、真戸が姿を現す。その頃、同じようにヒナミを探していたカネキは、もう一人の捜査官・亜門と対峙していた。戦いの中、亜門はカネキに「喰種に家族を奪われ、残された者の悲しみを考えた事があるか?」と問いかけ、喰種がこの世界を歪ませている、と言い切る。「あんていく」の面々は、ようやく以前と変わらないかのような日常を取り戻し始めていた。そんな中、カネキはひとり、自分の運命を変えたリゼのことを知るため、14区にあるバー「ヘルタースケルター」を訪れる。そこで喰種のイトリから、リゼがかつて11区にいたという情報を聞き出し...。「アオギリの樹」に連れ去られたカネキを救出しようと、芳村、四方、トーカ、ニシキ、ヒナミ、ウタが集まった。驚くべき人物もそこに加わり...。CCGの亜門ら捜査官たちもまた、千人を超える体制で11区にあるアオギリの拠点に突入しようとしていた。「アオギリの樹」とCCG、そして「あんていく」の三つ巴の戦いが始まる...。トーカ)と店長の芳村だった。喰種としての飢えに悩まされるカネキに、芳村は「ある包み」を渡す。ヒデヨシ)のメールを見て大学に戻ったカネキは、ヒデから先輩の「西尾」を紹介される。それは、前日鉢合わせた喰種・ニシキだった。普通の人間のようにふるまっていたが、帰り道に突然ヒデに襲いかかり、気絶させてしまう。リョーコ)とその娘・雛実(ヒナミ)が匿われることになった。ヒナミの寂しげな表情が気になるカネキ。レンジ)と共に人を狩れない喰種たちのための食料調達に行くことになる。東京の喰種殲滅を目指すCCG(喰種対策局)本部ではリゼの一件から、「あんていく」のある20区が捜査対象に挙がっていた。コウタロウ)が20区に向かうことになり...。CCG11区支部が、「アオギリの樹」を自称する喰種の集団に襲撃された。それを受け、CCGは過去最大規模の対組織戦の準備を始める。カズイチ)と名乗る男が殴りこんできていた。リゼに心酔している万丈は、「アオギリの樹」がリゼを狙っていると知り、リゼに逃げるよう伝えにやって来たのだ。そこへ、「アオギリの樹」幹部の少年、「絢都(アヤト)」が突如乱入する。アオギリ兵たちが撤退し、「あんていく」での激しい戦いは終焉を迎えようとしていた。その最中、カネキたちの身を案じて「あんていく」への道をひた走るトーカ。人間と喰種、それぞれの想いが交錯する中、崩壊間近のあんていく店内でカネキが選んだ答えは...。ケン)は「あんていく」から去っていった。トーカは現実を忘れようと受験勉強に打ち込み始める。その頃、アオギリ戦で大きな損害を出したCCGは、「アオギリの樹」を完全に殲滅するため、再び動き出していた。その最中、10年前の対「梟」戦を経験している黒磐は、アオギリ戦での「梟」の違和感に気づく。アオギリによるコクリア襲撃から数週間。「眼帯」ことカネキは、共喰いを繰り返し「半赫者(はんかくじゃ)」となっていた。コクリアでのアオギリとの戦いでカネキと交戦し、苦戦を強いられた篠原は、カネキを「キケンだ」と感じ、亜門にそのことを告げる。その頃、アオギリのアジトに戻ったカネキは......。月山が「あんていく」にやってきた。月山は、カネキが共喰いを繰り返し「赫者」になろうとしていると芳村(ヨシムラ)に報告する。そんなカネキを心配するヒナミは月山に誘われ、とある喫茶店を訪れるが、そこで高槻泉と再会する。カネキの事を相談するヒナミに、高槻は連絡先を渡し立ち去る。その頃、「あんていく」の芳村の元にカネキが訪れていた。功善(クゼン)という名の喰種がいた。人を、喰種を殺し続けた功善は、孤独な日々を過ごしていた。その能力を買われ、ある組織と手を組むようになるが、孤独感は癒えないままだった。そんな時、功善は通っていた古い喫茶店で憂那(ウキナ)というひとりの人間の女性と出会う。ふたりはやがて愛し合うようになるが...。ツネヨシ)総議長より「梟討伐作戦」の決行の断が下された。対象の居所は...「あんていく」。大規模な作戦になることから、選ばれたCCGの捜査官たちは遺書を書かされ、それぞれが死と向き合う。20区がCCGによって封鎖。「あんていく」は梟討伐部隊に包囲される。その一報を耳にしたカネキ、そしてトーカは...。「あんていく」とCCGの激しい攻防は続いていた。ガン)特等捜査官と戦う。)准特等捜査官たちと戦う入見(イリミ)カヤは、逃げ遅れた老婆を庇って負傷。民間人を巻き添えにしてでも攻撃をしかけてくる鉢川たちの前に、ついに死を覚悟するが...。梟の攻撃から什造を庇って、篠原が倒れた。時を同じくして、アオギリがCCGとの戦いに乱入、アオギリ兵たちの猛攻にCCGは次第に形勢不利となっていく。カネキはあんていくへの道を封鎖する亜門と対峙していた。互いに一歩も譲らない戦いの中、ついに決着の時が訪れる...。人を喰らう怪人“喰種(グール)”が潜む東京。好戦的な喰種集団「アオギリの樹(キ)」のアジトでは、アオギリと「CCG(喰種対策局)」、そして「あんていく」の面々が激戦を繰り広げていた。イワオ)らはSSSレートの喰種「梟(フクロウ)」と戦い苦戦。シュウ)の3人はアオギリの幹部・ノロと対決。トーカ)は、アヤトの圧倒的な力の前に追い込まれていた。最後の一撃がトーカを襲おうとしたその時...。CCGの護送車が、「アオギリの樹」に襲撃された。ヒナミ)は、その襲撃事件にカネキが関わっている事を知り、それぞれに心を痛めていた。セン)のサイン会に、トーカに迷惑をかけまいと一人で出かけていく。ヒデヨシ)と再会する。アキラ)は、生きたまま捕獲された喰種の収容所・コクリアを訪れていた。23区にあるこの施設には、かつて孤児院で亜門の父親代わりだったSSレートの喰種、ドナート・ポルポラが収容されている。彼から情報を聞き出そうとする亜門たち。その時、コクリアに「アオギリの樹」が急襲してくる。ジュウゾウ)は、かつては共にCCGの児童養護施設で暮らしていた。その後、嘉納(カノウ)教授の手で半喰種となったクロナとナシロ、CCGの二等捜査官となった什造は、コクリアで敵として対峙する。什造の躊躇のない一方的な攻撃に、クロナとナシロは追い詰められて行き...。自身の父「アラタ」をクインケとして装着した篠原と戦うアヤトもまた、苦戦を強いられていた。全容がつかめないロゼの捜査に、クインクスの特性を生かした琲世考案の“マスク作戦”が導入された。捜査を進める中で琲世は、喰種にすら畏れられる“眼帯の喰種”の存在を知り、“彼”の調査を始める。そんな中、キジマが仕掛けた新たな策から、ロゼの捜査が大きく進展する。とおる)の捨て身の追跡により、駆けつけた瓜江、不知に追い詰められたトルソー。そこに“オロチ”と呼ばれる喰種が現れ形勢は逆転する。遅れて援護に入った琲世が単独でオロチに立ち向かうが、非常に危険度の高い「S~(S以上)レート」に指定されるオロチの強さに苦戦。部下たちを守るため、琲世は全力で戦う決意をするが、それは、あまりに強大すぎるがゆえに、彼自身にも制御が難しい“喰種の力”を解放することとなり、己を見失う危険を孕んだ行為だった。[CCG]内での出世に執着する瓜江は、さらなる力を得るため、上官である琲世の許可を偽って自らの赫子の稼動レベルを引き上げる施術を受ける。)率いる鈴屋班と、“ナッツクラッカー”と呼ばれる喰種の合同捜査を行うことに。ナッツクラッカーがSSレート喰種“ビッグマダム”の関与するオークションに出品するため、若い女性を中心にヒト攫いを行っていることを知り......。ナッツクラッカーから首尾よく情報を引き出した六月によって、次回オークションの概要が判明した。[CCG]ではこの機会に大掛かりな喰種掃討作戦を行うことになり、六月と自ら志願した什造が“商品”として会場に潜入することに。当日――会場は、出品者や客、ビッグマダムがボディガードとして雇った“アオギリの樹(き)”構成員など多数の喰種で賑わっていた。什造と引き離され、外部との連絡も絶たれてしまった六月は、動揺を隠せないままオークションにかけられ......。什造の奇襲により混乱するオークション会場に、待機していた[CCG]の部隊がなだれ込む。大乱戦の中、六月は何とか逃げ出すことに成功するが、月山家に仕える喰種、カナエ=フォン・ロゼヴァルトに執拗に追いかけられ窮地に陥っていた。[CCG]捜査官たちは、報告されているレート以上の戦力を見せつけるナッツクラッカーや、アオギリの樹の構成員で“オウル”と呼ばれる“半喰種(はんグール)”を相手に思いがけず苦戦を強いられることになる。オークション会場を狙った喰種掃討作戦は終了した。ひなみ)の“所有権”を申し入れる。きしょう)を招いて、メンバーの昇進を祝うホームパーティーを企画。パーティー当日、琲世の中にいるもうひとりの人格“カネキケン”を知る何者かから、“奇妙な贈り物”が届く。