callingはゲノムの変異を調べる解析です。この記事はコースになっており、前回はこちら、初回はこちらです。後に続くGATKというソフトウェアの入力を作成するステップです。具体的には、下記の2点をbamファイルのタグ領域に加えることを行なっています。下記1行の通り、Picardの動作にはJavaが必要です。ない方はインストールしましょう。\ただ、Javaはデフォルトで入っていることが多いと思います。mode)ねこ研究員なお、OpenJavaよりOracleの方が早いかもです。OracleのサイトからLinuxの*.tar.gzをDLしてダウンロードをしてパスを通しておきましょう。パスを通したら念のために再度バージョン確認を。変わっていなかったら、デフォのパスより先に参照するようにしましょう。最新版のOracleでPicardを走らせたところ、バグりました。Javaなど別のものを検討してみてください。2019年6月現在、Picardは大きなバージョン変更中です。xxxxのようなsyntaxの変更を伴うものです。現在、どちらのバージョンで記述してもプログラムは走りますが、旧バージョンの文法で書くと警告が出力されます。新バージョンで書いても、新バージョンで書いている、という旨の余計な出力が出ます。ねこ研究員-Xmxは??これは使用するメモリの指定です。-Xmx32gなどと書けばOKです。従って、変数MEMには32gなどを格納します。16gしかない環境で32gなどとするとバグ(って停止してくれ)るから注意してください。下記部分は、RGタグを加えています。このタグがないbamファイルは、次のステップで使うGATKの入力にならずエラーとなります。${TARGET}_allまず、上記の操作前後のファイルを比較してみましょう。入力はBWAの出力のbamでした。XS:i:146となっています。いうタグが付いています。RGタグをつける操作とは、たったこれだけのことを行うものです。基本的にサンプルに関する情報を与えるだけです。詳しくは、Picardのマニュアルを参照した方が正確でしょう。duplicateとは?ねこ研究員いきなりduplicatesと言われても...Duplicatesは例えば「PCRのバイアスで生じた重複したリード」などのことです。これにより「本来の数より多くカウントすることを防ぐ」をします。いうのも、SNPを判断するときには「何本のリードで変異が生じていたか?」で判断するからです。下記が、Duplicatesをマークするコードです。xxxx.dedupped.bamの例は下記です。これは、Duplicates処理をしましたという意味です。上記2行の違いは、2カラム目のFLAG部分です。Duplicatesと判断された場合、ここに1024が入ります。ない場合は、1024ではない数値が入ります。この解説についてはマニュアルに下記のように解説されています。information.ねこ研究員Duplicatesは除かなくていいの?!後のプロセスで除くことにして、ここではマーキングだけすることが多いです。上記コードのコメントアウトのようにして、この時点で除去することもできます。ねこ研究員その他のオプションについては?こちらもPicardのマニュアルを参照してみてください。基本的にJavaで動くスクリプトはインストールが簡単です。PicardのWebサイトの右上からダウンロードして、展開します。InstituteのGitHubのPicardのリポジトリからダウンロードしましょう。その中にあるjarファイルは既に使える状態です。上記のコード部分に差し替えてあげればすぐに実施が可能です。関連記事01.Linux基礎#3【linux基礎】「Cコンパイラ」「gcc」の意味Linux初心者の方へ「Cコンパイラ」「gcc」の意味を解説します。softwares#2【NGS】gitコマンドのインストールLinux初心者で、Wet系研究者の方へ。「git」コマンドのインストール手順を解説します。お急ぎの方は動画版(2分)をどうぞ♪01.Linux基礎#1【Linux基礎】「configure」「make」の意味Linux初心者の方へ「configure」「make」コマンドの意味を説明します。callingはゲノムの変異を調べる解析です。この記事はコースになっており、初回はこちらです。プログラミング学習コースで基礎は身につけたけれど、実践が少なくて自信がイマイチな方へ。本カテゴリーでは、Webサーバを自分で作り、Webアプリを1つ作るまでを連載して行きます。ツアーのようなものです。softwares#5【NGS】bowtie2のインストールLinux初心者で、Wet系研究者の方へ。今回は「bowtie2」のインストール手順を解説します。動画(1分)もありますよ♪スポンサーリンク#3【SNPcalling例1】BWAでマッピングホームバイオインフォSNPcalling例1ねこ研究員ベンチャーでバイオインフォの研究員してます。TwitterとYouTubeもやってます。Twitterはフォロバします。皆さん、どうぞよろしくお願いします。TIPSその他レビューアカデミアSS動画紹介ホーム検索トップサイドバーねこ研究員ベンチャーでバイオインフォの研究員してます。TwitterとYouTubeもやってます。Twitterはフォロバします。皆さん、どうぞよろしくお願いします。ねこ研究員をフォローするスポンサーリンク。