レベル80までのストーリーダンジョンは各エリアの時界法陣から入場でき、通常よりも強力なモンスターたちが待ち構えています。強力である分、貴重なアイテムが手に入る可能性も高く、腕試しの場としても適しているのでぜひ挑戦してみましょう。巨石の祭壇は黄土の地にあるダンジョンで、九霊族に操られた張角、張宝、張梁がボスとして待ち構えており、彼らを倒すと黒幕である九霊族の化身・南華老仙が登場し彼との戦いになります。救い出すために乗り込みます。暗く長い廊下がいかにも不気味な雰囲気を醸し出しています。摩雲洞は火炎の山北部にあるダンジョンで、燃え盛る炎と溶岩に囲まれた山岳地帯を、孫悟空と共に九霊族に操られた牛魔王と猪八戒を救出するために突入します。神秘的な仙境といった雰囲気の金鰲島は、龍の峰北西部の碧玉湖にあるダンジョンで、ここでは四人の剣霊と十絶陣を破り、そして九霊族に操られた通天教主を倒さなければなりません。※3人ダンジョンは名将に変身して挑戦しますヘンティー山脈ヘンティー山脈はモンゴリア北西部にあるダンジョンで、九霊族に操られているジャムカや魔族化した祖霊白き牝鹿を倒すのが目的となります。虎牢関は氷雪の谷北西部にあるダンジョンで、劉備たちと協力し幻獣の力を得た呂布とその背後にいる魔族白蛇帝を討伐するのが目的となります。迷路のような巨大な要塞で、各地に戦の跡が見て取れます。本能寺の変は京都南西部にあるダンジョンで、九霊族に操られた織田信長や明智光秀、さらに彼らを操る赤血妃を倒すのが目的となります。燃え上がる本能寺の炎に触れると大幅に体力を削られてしまうので、うまく避けながら進んでいきましょう。陽谷の地中心部にある景陽の丘では、兄・武大郎の仇をとるために乗り込んだ武松と正体不明の「顔無き者」に続き、方臘と彼に操られている西門慶を倒すのが目的となります。祈年宮は咸陽宮北東部に位置するダンジョンで、九霊族に操られ四聖獣の中に潜む幻獣の力を奪い、王の座を得ようとするロウアイを倒すのが目的となります。