植物相調査で収集した約800種類・約5000点の標本などがあります。基本情報が記されたラベルが貼付されています。これらの標本は、自然分類に基づく種類やグループごとに整理し、さらに原始的なグループからより進化したグループへと並ぶように標本箱に収納されています。グループとの違い、同一種内に見られる形態的・地理的な変異、各グループの系統的な位置関係などが調べやすくなっています。収蔵庫は単なる物置ではなく、植物界の成り立ちについての知識を整理体系化し、それを実物資料で具現した正に植物情報の宝庫であり、200年以上の歴史がある植物分類学の成果の集大成を実見する場でもあります。各種類の分布域の時間的・空間的な変遷を多数の標本で確認することができますので、博物館の収蔵庫は栃木県の自然環境の変遷を裏付ける資料を半永久的に保管する重要な施設として位置付けられています。自然系収蔵庫の公開日に皆さんもぜひご覧になって下さい。