植物は根出る有機酸や糖、アミノ酸などは土の中にいる微生物の餌となります。同じ科の植物は似た物質を出しており、連作すると同じような微生物が集まってきます。同じような微生物が集まることで特定の病原菌が増えることで土壌障害が発生します。線虫害およそ50万種いる線虫の中でも農作物を加害する線虫がおります。土壌病害と似ていますが微生物のバランスが崩れると発生します。農作物を加害する線虫が増えることで病害の似た「しおれ」や「立ち枯れ」が発生します。野菜の種類によって必要とする養分が異なります。有名なところで言うと「窒素(N)・リン酸(P)・カリ(K)」は皆さんご存じかと思います。窒素を必要とする植物を連作で植えたら、そこの畝は窒素欠乏症を引き起こします。このように連作をする事で肥料の過不足が生理障害の原因となります。