callingはゲノムの変異を調べる解析です。この記事はコースになっており、初回はこちらです。今回の記事ではTrimmomaticを用いたリードのQCを行います!目次リードのQCとはどういうステップですか?実際のスクリプトjavaで動かします除去配列の指定ペアエンドの場合のTrimmomatic予めテストしよう結果をまとめようTrimmomaticのインストール方法リードのQCとはどういうステップですか?ねこ研究員SNP同定の前に、クオリティの低いリードを除去するステップです。次世代シーケンサにより決められたリードの配列は必ずしも正しくありません。機械である以上、多少の間違いはあります。Filteringをします。内容だけ知りたい方に、先に答えをお届けです。除去前のリードの本数を数えて記録しておきましょう。rep/$2続いて、Trimmomaticを走らせましょう。時間がかかるのでqsubにしておきましょう。[javaへのpath]でOK.怖がらないで大丈夫!javaはデフォルトで入っていることが多いと思います。mode)ねこ研究員なお、OpenJavaよりOracleの方が早いかもです。OracleのサイトからLinuxの*.tar.gzをDLしてダウンロードをしてパスを通しておきましょう。パスを通したら念のために再度バージョン確認を。変わっていなかったら、デフォのパスより先に参照するようにしましょう。本コースの設定ではイルミナHiSeqのデータですから、HiSeqのアダプター除去をします。ILLUMINACLIP:${Illuminaclip}:2:30:10上記部分が除去配列を指定する部分です。イルミナのアダプター配列が記載されたMultifastaファイルを用意し、ファイルへのパスを指定しています。MultifastaファイルはTrimmomaticをダウンロードした際に一緒に付いてきます。なかったら「探す」or「作成」です。その他の数値についてはTrimmomaticのマニュアルを参照してください。ペアエンドの場合のTrimmomaticねこ研究員シングルエンドとペアエンドで記述方法が異なるので注意です。\まず、”PE”の記載が必要です。シングルエンドの場合は”SE”と書きます。次に、インプットとするfastqのペアを隣り合わせに、上記コードのように指定しましょう。上記では、ペアのファイルパスを取得するために、片方のファイルパスをawkで一部削って工夫しています。ペアエンドなので、出力は2つあります。これに加えて、除去された側のリードも出力として指定するために4つあります。ペアエンドの除去では、片方が除去対象となった場合、もう片方が除去対象でなくとも除去対象となります。MINLEN:${MINLEN}上記コードが、除去の条件を定めている部分です。基本的にはマニュアル内に記載されている例と同じで良いと思いますが、設定した値によってどれくらいの配列が除去されてしまうか、fastqファイルの最初の4万行ほどを抽出したファイルでテストをすると良いかもしれません。95%以上残っていれば良いでしょう。今回はMINLENを80と厳しめにします。これは、信頼できるSNPを精度よく抽出したいからです。ちなみに、私がMINLEN:80でテストしたところ30%ほどのリードが落ちたことがあります。$a2doneTrimmomaticのインストール方法ねこ研究員かなり簡単な部類です!配布サイトからバイナリファイル(つまり、*.jarのファイル)をダウンロードして、自分のローカルにおき、パスを通すだけです。次回はBWAによるマッピングを解説します。callingはゲノムの変異を調べる解析です。この記事はコースになっており、前回はこちら、初回はこちらです。callingはゲノムの変異を調べる解析です。この記事はコースになっており、前回はこちら、初回はこちらです。callingはゲノムの変異を調べる解析です。本コースでは仮の状況を想定して、解析手法を説明して行きます。今回の記事では状況設定と解析の全体像を説明します。スポンサーリンク#1【SNPcalling例1】目的とデータの準備#3【SNPcalling例1】BWAでマッピングホームバイオインフォSNPcalling例1ねこ研究員ベンチャーでバイオインフォの研究員してます。TwitterとYouTubeもやってます。Twitterはフォロバします。皆さん、どうぞよろしくお願いします。TIPSその他レビューアカデミアSS動画紹介ホーム検索トップサイドバーねこ研究員ベンチャーでバイオインフォの研究員してます。TwitterとYouTubeもやってます。Twitterはフォロバします。皆さん、どうぞよろしくお願いします。ねこ研究員をフォローするスポンサーリンク。