考つくしあきひとの同名コミックを原作とするテレビアニメ「メイドインアビス」の劇場版。隅々まで探索され尽くした世界に唯一残された秘境の大穴「アビス」。深く巨大なその縦穴には奇怪な生物たちが数多く生息し、今の人類には作ることのできない貴重な遺物の数々が眠っている。アビスの縁に築かれた街オースで暮らす孤児の少女リコは、偉大な探窟家だった母の白笛が発見されたことをきっかけに、アビスの奥深くへ潜ることを決意。記憶を失ったロボットの少年レグとともに、様々な困難を乗り越えながら冒険を進めていく。深界四層で出会った“成れ果て”のナナチも仲間に加わり、ボンドルドの待つ深界五層へと足を踏み入れた彼らは、そこでプルシュカと名乗る少女と出会う。