タイトルバック写真「■■■:▲▲▲▲▲」よりご注意:他人の著作物を引用する場合は、このように引用元の明記をお願い致します。太平洋上にて、謎の巨大漂流環礁が発見された。その環礁は黒潮の流れに乗って、だんだん日本に近づいているという。民間保険会社の草薙と海上保安庁の米森は、環礁の調査に乗り出した。その結果、環礁の上からは、不思議な石版と大量の勾玉が発見された。この環礁が生物であるということが明らかに。同じ頃、九州の五島列島・姫神島で、島民が「鳥!...鳥!...」という無線を最後に消息を絶つという事件が発生。調査に呼ばれた鳥類学者の長峰真弓はそこで、島民を喰らった巨大な怪鳥を発見する。政府は希少な生物であるとして、怪鳥の捕獲を決定。福岡ドームに怪鳥を誘い込む作戦を決行する。その時、博多湾にあの環礁=巨大怪獣が上陸。小さかった怪鳥の一匹を手で吹っ飛ばして倒し、周りの建物を破壊しながら、ドームに向かって行く。ドームに辿り着いた巨大怪獣はなかなかドームから離れようとしない。予期せぬ事態に、周囲は大混乱しまう。怪鳥も鉄格子を強力な光線で切断し、脱出、捕り逃してしまった。巨大怪獣も手足から白い煙をジェットエンジンのように勢い良く噴出したかと思うと手足、尻尾、頭を甲羅に引っ込め、円盤のような姿となった。次の瞬間、物凄いスピードで回転を初め、怪鳥を追って飛び去っていった。——最後の希望・ガメラ、時の揺りかごに託す。災いの影・ギャオスと共に目覚めん。石板に記された碑文から、巨大怪獣をガメラ、巨大怪鳥はギャオスと呼ばれることになった。米森は、環礁で発見した勾玉の一つを草薙の娘・浅黄にプレゼントした。政府はギャオスの捕獲にこだわる一方でガメラを危険視し、ギャオスを追うガメラに攻撃をかける。浅黄は勾玉を通じてガメラを感じ、ガメラの元へ行こうとする。短期間で、翼長が100メートルまで、成長を遂げたギャオスは、餌となる人間を求め、大都市・東京へ移動を始めてしまった。ここまで来てようやく政府はギャオス捕獲中止、攻撃の命令を下したものの、ギャオスは自衛隊の発射したミサイルを誘導し、東京タワーを破壊。その上で、ギャオスは卵を産み、巣を作ってしまう。ギャオスは性転換する事が分かり、そのため単体での繁殖が可能なため、このまま卵が孵化すれば爆発的な勢いでギャオスが増えることになり、地球は世界中が、ギャオスだらけになってしまう。産卵した直後にガメラが地中から出現し、巣を東京タワーごと焼却する。東京の空を舞台に大怪獣空中決戦が始まった。ガメラとギャオスの空中決戦は、激しさを増し、地球圏を越えた。ガメラは、ギャオスの足に噛みつき、大気圏に入りそのまま急降下。ガメラの勝利に思えたが、ギャオスは「超音波メス」で自らの足を切断。ガメラは工場にたたきつけられ大爆発を起こす。片足だけののギャオスは、工場に降り立った。大爆発の炎が一箇所に集まり、ガメラが復活。ラストは、ガメラとギャオスの早撃ちとなり、ガメラの勝利に終わった。ギャオスが渡りを行っていたとしたら、いつどこで卵がふかしてもおかしくはない。帰巣本能で日本に来る事だって考えられる。ガメラだって、人類の見方をしてくれるだろうか。