ファンタジー932人類が、増えすぎた人口を宇宙に移民させることで始まった「宇宙世紀」。宇宙世紀0079年、地球から最も遠い宇宙都市・サイド3が「ジオン公国」を名乗り、地球連邦政府に対し独立を宣言。開戦から一年近くが経つ現在、大規模な戦争により破壊されたスペースコロニー(人工の大地)や戦艦の残骸が大量に舞う暗礁宙域・通称“サンダーボルト宙域”では、制宙権を握るジオン公国軍と、奪還を目指す地球連邦軍による激しい戦いが行われていた───。