異常時情報提供ディスプレイが設置される。みどりの窓口の営業が終了し、みどりの券売機プラスが設置される。自動改札機をJR西日本テクシア製、AG50型に交換。駅ナンバリングが導入され、使用を開始する[2]。駅構造プラットホーム相互接続駅で2面4線の島式ホームを持つ橋上駅になっている。列車線も含めて設置されている。電車線経由の快速電車が停車する為、有効長は約250m(12両編成分)と長い。直営駅(神戸駅の被管理駅。アーバンネットワークエリアに属しており、ICOCA利用可能駅でもある(相互利用可能ICカードはICOCAの項を参照)。2010年(平成22年)1月30日をもってみどりの窓口が廃止され、代替として「みどりの券売機プラス」が設けられた。以降も市販の「JR時刻表」などでは「みどりの窓口設置駅」として扱われている。一部2番のりば上表の路線名は旅客案内上の名称(愛称)で表記している。運用形態2・3番のりばがそれぞれ上下の本線となっており、1・4番のりばは副本線である。そのため、停車列車は基本的に2・3番のりばを使用し、快速の接続待ちを行う列車が1・4番のりばに入るのが本来の運用法である。1986年(昭和61年)10月31日までは、新快速が電車線を走行していた関係で、日中の各駅停車はすべて当駅で通過待ちを行っていた。上下線の渡り線は2・3番のりばの間にあるため、当駅で列車が折り返す場合にはこの2つのホームしか使用できない。輸送実態に合わせたダイヤの見直しが行われることとなり、2006年(平成18年)3月18日から日中の半数の普通電車(大阪方面発着便)が当駅折り返しに変更された。快速(当駅発着の各駅停車に接続)と西明石駅発着の普通電車(JR東西線直通)は、本来待避線である1・4番のりばに停車するようになった。2008年(平成20年)3月15日のダイヤ改正では、日中時間帯の当駅を越えて西明石駅まで運転される普通電車が増やされ、この時間帯の当駅折り返し列車は1時間に2本となった。余裕ができたことで折り返し列車の発着も2番のりばに統一され、3・4番のりばは本来の本線/待避線の用法に戻された。当駅を越える下り列車についても、2番のりばが折り返し列車が停車していない場合は、接続待ちのない限り2番のりばを使用するようになった。2009年(平成21年)3月14日のダイヤ改正で下り最終の快速が新快速に格上げになった。この新快速は緩行線経由で、当駅の2番ホームを通過するため、23年ぶりに緩行線経由の通過列車が設定されることとなった。2008年3月14日の間とは異なり、当駅・西明石駅で折り返す際にJR京都線発着とJR東西線発着の系統を入れ替える運用となり、当駅ではJR京都線発がJR東西線行きとして折り返すため(西明石駅では逆の手順が行われる)、2015年3月14日のダイヤ改正では11時から15時15分ごろまでの折り返し列車が2番に停車する。この結果日中は、1番のりばが下り快速・JR東西線発西明石行き普通、2番のりばがJR京都線発当駅折り返しJR東西線行き普通、3番のりばが上り快速、4番のりばが西明石発JR京都線行き普通が使うようになった。2016年3月26日改正で摩耶駅開業により普通列車の所要時間が伸びたことなどから、JR京都線発の普通が折り返しJR京都線行きの普通になる運用に変更された(西明石駅ではJR東西線発の普通が折り返しJR東西線行きの普通になる)。4番のりばは使用されず、ラッシュ時・夜間時間帯のみの使用となった。当駅で折り返しおよび相互接続を行う普通電車は、ドア横の開閉ボタンで開け閉めする。ダイヤ日中時間帯は1時間に12本(快速が4本、普通電車が8本:4本は当駅折り返し)停車する。朝夕時間帯は本数が多くなり、折り返しは設定されない。[3]」によると、2017年(平成29年)度の1日平均乗車人員は12,105人である。近年の1日平均乗車人員は以下の通りである。