歴史改変を目論む「歴史(れきし)修正(しゅうせい)主義者(しゅぎしゃ)」が過去への攻撃を開始した。対峙する時の政府は歴史の守りとして「審(さ)神者(にわ)」なる者を過去へと派遣する。刀剣に宿りし付喪神「刀剣男士(とうけんだんし)」たちは、審神者と共に歴史を守る戦いへと身を投じる。本丸にも、今や多くの仲間たちが増えていた。永禄の変へ出陣する刀剣男士たち。らの手によって最期の時を迎えようとしていた。刀剣男士たちの歴史を守る戦いは激化の一途をたどっていた。