(ディーン・チャールズ・スタンフォース)旧ソ連が台頭した1957年代の冷戦時代を背景に、超常現象的な古代の遺物を求めたインディの新たな冒険が始まろうとしていた。彼が探し求める秘宝とは、ヒーリングのパワーや宇宙の神秘を紐解く力を持つという<クリスタル・スカル>。言い伝えによれば、黄金に輝き死者たちに守られていた消え去ったアマゾンの伝説の都市から盗まれたクリスタル・スカルを神殿に戻した者は神秘のパワーを手にすることができるというのだ。その伝説を信じるロシア軍の指揮官スパルコはインディを捕らえ、スカルの捜索を強要する。