FAQをチェックしましょう。ユーザーヒトの核酸が混入している場合のカバレッジは?0はじめて質問させていただきます。ウィルスに関するメタゲノム解析を計画しています。シーケンシングは外注する予定です。ウィルスならゲノムサイズが小さいので、シーケンスカバレッジは1Gで充分なのではと言う人もいます。novoで連結はできないという話もあります。貴重な検体であり、コストがかかっても、ウィルスがいればそれを見つけたいと思っています。効果ないでしょうか?ご指導のほどよろしくお願いいたします。直接的な答えではありませんが、ご参考までに記載してみます。ウイルスゲノムのアセンブリなどを試みれば問題ないような気がします。出るということはなさそうな気がします。除外してしまう可能性があるかもしれません。ヒト配列かは不明な低品質ノイズ配列の量比関係が成り立つならうまくいきそうな気はします。分布が明らかに異なるはずなので、区別できる可能性があります。以前同僚が真核生物配列中のコンタミを検出した手法のご参考情報です。annotationsパイプラインもっとも、以下のサイトにあるツールなどを用いたほうが目的に合致するかもしれません。ホスト由来のノイズがどの程度含まれるのかの感触は分るかもしれません。04:530大変、詳細かつ貴重なご助言をありがとうございました。お教えいただいたパイプラインを、これから勉強させていただきます。分布が明らかに異なるはずなので、区別できる可能性があります。このあたり難しくてまだ消化しきれていませんが、同様のテーマでのReadデータをさがして、自分でも解析してみます。analysisのtoolサイトをご紹介いただきありがとうございました。今後ともよろしくお願い申し上げます。13:08deer1●5●6一般論に落とせるかどうかは自分も分りませんが、真核生物に原核生物やウイルスのコンタミがあると、分子数がヒトゲノムより格段に多くなるので、contigを構成するもとのリード数を単位長あたりに換算して算出すると、原核生物やウイルス由来のものだけ桁違いに多くなる場合があります。coverageを計算してあげるとうまくいくかもしれないとういお話です。メタゲノム系のツールなどでもっと効率的に実行する方法はあるかもしれません。おしゃっていることがわかりました。これからメタゲノム解析(の勉強)を開始しようと思っていますが、お教えいただいたOMICtoolだけでもたくさん載っていますね。私はMEGANというのもすすめてもらっていたのですが、いずれにせよ、とっかかりが大変です。今後ともご指導のほどお願い申し上げます。回答とコメントただいまベータテスト運用中です。そのために通知無くコンテンツの変更やサービスの停止変更されることがあります。質問するならライフサイエンスQA。