男性ではまず尿道炎、女性では子宮頚管炎として起こります。女性では半数以上が自覚症状がないまま経過し、気がつかないうちに病状が進行したり、パートナーに感染したりすることから注意が必要です。おりものが増えたり、色の変化があったり性交痛や下腹痛がある場合は進んで検査を受けるようにして下さい。治療しないで放置しておくと、不妊症や母子感染の原因に潜伏期間は2〜3週間でに日本では若い女性の5%が感染しています。進行した場合子宮などの炎症、不妊、流産の原因になります。出産のとき産道で新生児にクラミジアが感染して(母子感染)、結膜炎や肺炎を高頻度に引き起こします。