1999年、突如宇宙より飛来し太平洋上の南アタリア島に墜落した巨大物体は、全長1,200m超もの宇宙戦艦だった。これにより異星人の実在と彼らの間の戦争の存在を知った人類社会は、宇宙からの脅威に対処すべく地球統合政府を樹立。世界規模の紛争(統合戦争)を経て、墜落艦を改修し「マクロス」と命名する。異星人の一方の陣営ゼントラーディ軍の艦隊が出現する。その存在を感知したマクロスの主砲システムが勝手に動作し、戦艦群を撃破してしまう。マクロスの正体はゼントラーディと敵対する陣営、監察軍が仕掛けたブービートラップであり、人類は否応なく宇宙戦争(第一次星間大戦)に巻き込まれることとなった。ゼントラーディ軍の包囲網から逃れるため、マクロスはフォールド航行により月の裏側への待避を図る。制御に失敗し南アタリア島一帯を巻き込み、冥王星軌道付近に到着する。フォールドシステム自体も消失し、通常のロケット推進のみでの地球への長い帰還の旅を強いられる事になる。その途上、南アタリア島住民5万8千人はマクロス艦内に街を再建し、戦争の傍らで普段の生活を営んでいた。アクロバットパイロットの一条輝は戦火の中で出会った少女リン・ミンメイを守るため軍に入隊し、可変戦闘機バルキリーのパイロットとなる。艦内で人気アイドル歌手となり、輝から離れていくミンメイ。一方で喧嘩相手の上官、早瀬未沙の存在が少しずつ大きくなっていく。戦いの中で次第に判明するゼントラーディ人の実態。彼らは遺伝子操作により人種改良された、生まれつき戦うことしか知らない戦闘人種であり、地球人を「文化」を持つ人種(プロトカルチャー)と恐れていた。文化との接触で次第に変容していく地球攻撃艦隊を、マクロス、地球共々消滅させるべくゼントラーディの大艦隊が出現する。存亡の危機を迎えた人類とマクロスの未来、そして翻弄される輝、ミンメイ、未沙の恋の行方が描かれる。逆アクセスランキングパーツを表示するにはJavaScriptを有効にして下さい。