魔宮の伝説」の1年後、1936年。独立心旺盛な昔の恋人マリオンとともに、神秘の力を持ったアーク〔聖櫃〕を探しに出かけた考古学者のインディ・ジョーンズ博士。ナチスより先にアーク〔聖櫃〕を発見しようと扮装する2人だったが、行く先々で恐るべき罠や蛇の大群に悩まされる。南米奥地のジャングルから活気溢れるカイの市場、そして海軍の秘密基地へとインディの冒険は続く。ナチスを出し抜いてアーク〔聖櫃〕を発見したインディは、その秘宝が持つ恐るべきパワーを目撃するのだった。