Planet)というのは、地球を含めたうえでの、この宇宙のいろいろな惑星ことを想定しているようです。その具体的な資料が得られているのは、もっぱら、この地球について、だけのようなのですが。この本は2005年に(日本語訳として)出版されています。部屋の書棚にあって、とちゅうまでしか読み進んでいないことに気づきました。見つけたのですが、こちらは、まったく読んでいません。2005年のころ私が何をしていたかというと、陶器の会社で仕事をしていて、釉薬の本については、いろいろと読んでいたのですが、こんな科学啓蒙書を買っていたなんて、ちょっとわけが分かりません。同じころのことですが、2005年の初版本での「猫でもわかるゲームプログラミング」[4]という本を、これはすごいな、と思って買ったとき、その内容についてはちんぷんかんぷんだったということを憶えています。サンプルプログラムを一行ずつ入力していったのでした。最後まで読み切っていません。理科の分野としては、地学ということになります。あらわれる生物のイメージが、なかなかつかめません。ほとんどは、地球の古い時代の岩石地層についての調査物語と、それにかかわる生物学の歴史のようなものだからです。私は、大学での専攻が(理学部の)生物学科だったのですが、あまりふかくかかわらなかったので(途中で数学に専攻を変えたため)、バチルス・サチルスと、クラミドモナスと、ショウジョウバエくらいしか記憶にありません。そのころはまだ、葉緑体もミトコンドリアも、外来の微生物の共生によって定着したことだとも知られていないころでした。第2章「生命の系統樹」のところでは、まず、このタイトルのことがらが確認されています。それについての、印象的な部分を引用しておきます。われわれが細菌の世界に適応進化したのであって、その逆ではない。(中略)動物は進化の甘美なトッピングかもしないが、細菌がケーキの本体なのである。p35)私たちは真核生物という分類に入りますが、それに対するのは原核生物です。これらの違いは、細胞の中の「核」が膜につつまれている(真核生物)か、つつまれていない(原核生物)か、だったと思います。形や大きさで多様なのは真核生物のほうですが、エネルギー代謝においては、原核生物の多様さが際立っています。そのことを知るために、真核生物におけるエネルギー代謝の方法が3種類しかないことが説明されています。原核生物の代謝には、いろいろなものがあることについて説明されています。硫化水素で電子を供給して光合成し、硫黄と硫酸塩を供与する(シアノバクテリア)このあと説明の体系が混乱しています。「光合成」と「化学合成」の違いがあるという説明になってゆきます。シアノバクテリアは、五種類ある光合成細菌のうちの一種類にすぎない。ほかの種類では、電子は、硫化水素か、水素か、有機分子によってしか供給されず、酸素がでることはない。p38)化学合成細菌は、光合成生物と同じく、二酸化炭素から炭素を手に入れるが、太陽光ではなく、化学反応によってエネルギーを取り込む。酸素や硝酸塩を、水素やメタン、あるいは還元された状態の鉄や硫黄や窒素と化合させ、反応で放出されるエネルギーを細胞に取り込ませる。p38)これらの説明と同時に、大学での授業だったら、これらの化学反応についての科学式が、黒板などに記されることでしょう。それをせっせとノートに写して、試験の前には、まるごと暗記するわけです。やって、文章だけで読んでいっても、眠くなってしまいます。この本のおかげで、この夏は、しっかりと眠ることができました。ここで終わって(眠って)しまうわけにはいきません。このあと著者は、地球における化学サイクル(循環)において、原核生物が重要なはたらきをしていることについて説明しています。二酸化炭素について着目しての炭素循環や、空気中の窒素と土壌中などのアンモニウムや硝酸塩についての窒素循環においても、原核生物の代謝が必要だということです。リボソームRNAから見た「生命の系統樹」ここでは、著者による記述からポイントとなるところを引用して、まとめることにします。すべての生物に共通する分子的特性に立ち戻らなければならない。p42)1965年、エミール・ズッカーカンドルとライナス・ポーリング(の論文で)DNAやタンパク質の化学構造も進化系統を反映している。p42)このような科学上の進展があって、20世紀後半にはリボソームRNAから見た「生命の系統樹」というものが生み出されました。このとき、生命の大きな区分としてのドメインには、真核生物と細菌のほかに、古細菌というものが存在するということが明らかになりました。古細菌の中で比較的有名なのがメタン生成菌です。古細菌はアーキアとも呼ばれています。系統樹にすると、古細菌は細菌よりむしろ真核生物に近い。p44)1996年、古細菌メタノコックス・ヤンナスキイのゲノム(DNAに暗号化された遺伝情報)の全配列が公表され、この微生物が、すでにゲノムの配列が決定されている複数の細菌と11〜17パーセントしか共通の遺伝子をもっていないことが明らかになった。p44)このあと、もうすこし具体的な内容で、これらの3つのドメインの生物の関係が述べられています。3つのドメインの生物についての、いろいろな共通点これらの関係から、遺伝子の中には、あるドメインの「枝」から、別のドメインの「枝」へと渡ったものもあったらしいと、説明されてゆきます。「そうすると」というフレーズのあとに、次のようにまとめられています。現在の生物は遺伝子のキメラ(混成体)なのである。p46)超高熱菌、好塩菌......細菌はさまざまここのタイトルは微妙なものとなっています。著者は細菌について少し述べていますが、そのあと、古細菌についての「さまざまさ」について述べ始めます。......細菌や古細菌はさまざま」としたほうがよいかもしれません。おいては、ソマチットのことなぞ、これっぽっちも語られていません。ここまで、ながながと記してきたのは、次の解析画像の意味を問いかけたいからです。ついてのメモを記します。特定の遺伝子配列を認識する蛍光染色法で染色した。緑色がアーキア細胞で赤色がバクテリア細胞を示す。写真の横幅は約100μm。この蛍光顕微鏡写真においては、緑色がアーキア細胞で赤色がバクテリア細胞だということです。蛍光09画像(左)とその拡大領域F〜H(右)図1の(右)に、拡大領域F〜Hを描きました。倍領域の横幅を求めると、約30ミクロンでした。倍F領域を拡大したものです。原画像はもっと大きなものですが、このページに収めるため、縮小しています。これを画像Fとします。このmarble(墨流し)解析では、ストライプの隙間の色として、もとの色が幾分か残るようにしています。緑色がアーキア細胞で赤色がバクテリア細胞でした。各細胞の中心軸あたりを図4として抜き出しましたが、これらを見比べると、パターンに違いがあります。バクテリア細胞のほうでは、荒くなっています。アーキア細胞の中心軸あたりのパターンは、これまで、いろいろな微生物の画像で見てきたような、ソマチットのパターンとみなすことができます。他のアーキア細胞でも、このようなソマチット・パターンが見られるのでしょうか。倍G領域を拡大したもの(これを画像Gとします)について、ストライプ解析のマーブル(step4)としたものです。[16]倍拡大領域のA〜Eが図6にあります。step4)を行い、図7と図8に示しました。図8の、拡大原画像のアーキア細胞について切り出したものを図9としました。(図8の)拡大原画像のアーキア細胞これらの解析画像から、緑色のアーキア細胞は、中心軸あたりに、ソマチット・パターンがあると認められます。図3や図4での、赤いバクテリア細胞では、このようなソマチット・パターンは見られませんが、図7に写っている、短い細胞では、ソマチット・パターンが2つあるようにも見えています。バクテリア細胞とアーキア細胞における、これらの違いは、表1で確認した、細胞膜の違いによるものかもしれません。2種類の染色方法の違いが、細胞膜をとらえる能力に反映しているのかもしれません。上記メモに「特定の遺伝子配列を認識する蛍光染色法」とありましたが、このことの具体的な意味が分かれば、何か、次の「手がかり」のようなものが得られるかもしれません。カール・ウースが1977年に、すべての生物細胞にあるリボソームの中の、リボソームRNAの遺伝子配列を調べて「生命の系統樹」を組み上げたということでした。いうことは、こうして見出された古細菌(アーキア)にも、リボソームRNAが存在するということです。これらのソマチット・パターンが、まさに、ソマチットによるものだとしたら、ソマチットの「正体」の候補として、この「リボソームRNA」があげられるのではないでしょうか。これはまだ「仮説」にもならない、ただの「思いつき」にすぎません。このような問いを明らかにするには、さらなる観測や実験が必要です。特定の遺伝子配列を認識する蛍光染色法で染色した。緑色がアーキア細胞で赤色がバクテリア細胞を示す。写真の横幅は約100μm。ランダムノート2017ブランチページへもどる。