湖沼に関する環境問題として以下のようなものがある。生活排水などが過剰に流入すると湖沼の水質が悪化する。湖沼は海や川よりも閉鎖的であるため影響が発現しやすく、いったん水質が悪化すると長期間に及ぶ。住民の関心の高まりなどにより、湖沼に流入する水質規制が強化されている。水生植物の採取等について届出を義務付けなど自然の浄化機能を活用した取組も試みられている。過去の水質が悪化した時代の沈殿物は湖沼の底に底質汚染となって存在し、湖沼の水質改善が進まない大きな要因となっている。