水深が浅いことから、底が平らな「高瀬舟」という船が使われ、そのことから高瀬川と名付けられた。盛時には百数十艘の舟が上下し、伏見を経て大阪などからの物資が運び込まれ、京都における経済社会生活を支える重要な機能を果たした。木屋町筋には、「木屋町」という町名の由来となった材木屋をはじめ、多くの問屋が建ち並んで賑わった。「高瀬川と高瀬舟」と題する案内板によると、運河は京都市中と伏見間の物資輸送に高瀬舟を用いたことから高瀬川と名付けられた。高瀬舟とは、川瀬の浅いところを航行できるように底を平たくした舟の総称である。物資輸送が盛んになると、高瀬川周辺には藩邸(京屋敷)や、材木・薪・炭などの様々な商品を取り扱う商店が建ち並んだ。