FAQをチェックしましょう。異なる抗体を用いてChIP-seqで検出した、2群間のピーク差を検出するソフト0windows上で、次の操作ができるソフトを探しています。異なる抗体を用いてChIP-seqで検出したリードの、2群間のピークの差を検出することができるソフトウエアーコントロールにはIgG抗体を用いています。実験バックグラウンドは抗体以外は、コントロールも含めて同じ(細胞種、クロスリンク、ソニケーション、PCR条件)です。03:45pon1●1●1ピークコールは既に済んでおりますか?また、windows環境といっても、cygwinやvmware上でlinuxなどを入れてコンパイルが必要なプログラム等をインストールすることもできると思いますが、想定されておりますでしょうか。Answers:回答順最新支持されている順0いまさらですが、私の過去の解答、"異なる抗体"の部分見逃しておりました。同じ抗体で2サンプル比較する際を想定して書いていました。辿れる講義資料が、本質問に大変参考になるような気がします。MACS2他、その辺りのツールが動くかは試してないので知りません。♦♦515●4●9●22以前の質問にもかかわらず、御教授いただき、ありがとうございます。その後も、苦労していたところでしたので、大変助かります。抗体の特異度を確認した後、抗体の違いで生じるマッピングデータの差を確認したかったため、早速試してみたいと思います。今後ともよろしくお願いいたします。pon0書き込めないそうなので、代理で書き込んでおきます。年末のお忙しい中にも関わらず、ご教示いただき、大変ありがとうございます。この度私の質問に正確性、具体性に欠ける点があったことをお詫び申し上げます。ライフサイエンスQ&A上に「コメントを追加する」のタグを見つけられませんでしたので、下記に、返答させていただきます。今回の返信内容を、ライフサイエンスQ&Awebページ上に掲載することは、全く問題ございません。私の質問事項が、私のような、NGS初心者のお役に立てれば幸いです。1.ピークコールは済んでいるか。ピークは検出しております。私が用いた解析ソフトでは、抗体Aと抗体Bをサンプルとし、IgGをコントロールとして登録すると、抗体Aと抗体Bで捕まえたピークを、一緒に報告してしまいます。このため、抗体Aと、抗体Bのピークの違いを検出できません。市販の解析ソフトの会社に伺いましたが、二つのサンプル間の違いを検出する時計処理は出来ないそうです。2.windows環境といっても、cygwinやvmware上でlinuxなどを入れてコンパイルが必要なプログラム等をインストールすることもできると思いますが、想定されておりますでしょうか。御教示ありがとうございます。2)私自身が、コンピューターに強くなく(ユーザーとしては問題ないと思いますが、設定は恥ずかしながら苦手です。)、コンパイルの仕方をwebで検索して読んでも、よくわかりませんでした。このため、Windows上で、解析できるものがあれば、使用したく、相談いたしました。マッピング、ピークディテクションに市販のものを用いたのは、コマンドの入力が容易だから、ということもありました。ご教示いただければ、甚幸に存じます。♦♦303●5●9●160お返事が遅くなりました。質問者様の質問が2サンプルのピークの対応付け対応付け後のピークの高さや形状等の数値の数学的/統計学的差の検出方法のどちらが主眼かは分かりませんので、1についての1例を記載します。本回答について、BEDToolsのコンパイルはやっぱり必要。(一応cygwin上でmakeはうまくいっているようですので、win環境で全くNGなわけではないようです。)結構、泥臭い作業になる網羅的なサーベイや、数学的/統計学的に妥当性を検討された方法論ではない(と思います)。それなりにうまくいっているように見えるレベルの解答です。私自身、もっとスマートな方法や、R/Bioconductorのパッケージがあるのであれば、ご教授いただきたいと思っております。作業前提として、ピークコールした領域情報がBEDフォーマットで出力されているか、BEDに変換済みであるとします。(出力書式をupいただければ簡単な変換であればcygwin環境を用いた方法であればお教えできるかもしれません。ピークコール前のマップしたbamかbedを必要とします。2サンプルのピークの領域の和集合を取得するため、2つのBEDの和を取ります。場合によっては次の操作のリード数の計測範囲を広げる為、BEDの上流、下流に数塩基追加します。data/tmpMerged.withUpDown20.bed各サンプルでピーク領域(あるいはその周辺も含む領域)のタグ数を計測。(unix系コマンドを使用しています。cygwinがなければ、Excelで開いて繋げてもいいでしょう。煮るなり焼くなりといったところですが、こちらは詳しくありません。BEDToolsの使い方はこちらhttps://cell-innovation.nig.ac.jp/wiki/tiki-index.php?page=BEDtoolsこの辺りの情報(IntersectRegions)も使えるかも知れませんが、使ったことありません。CSARが、まさにそれじゃないでしょうか。http://blog.hackingisbelieving.org/2011/10/r-bioconductor-chip-seq.htmlRのパッケージならwindows環境で動くことも多いような。♦♦515●4●9●22丁寧なご教授、大変ありがとうございます。一通のメールとともに、大変参考になりました。CSARも、もっと私自身もweb上をくまなく探すべきでした。初心者だけでは、なかなか探し出すのも大変でしたので、“NGS現場の会”での御指導は大変助かりました。今後ともどうぞよろしくお願い申し上げます。回答とコメントただいまベータテスト運用中です。そのために通知無くコンテンツの変更やサービスの停止変更されることがあります。質問するならライフサイエンスQA。