難交渉の末にようやく船隊に乗り組むことができた。1519年にマゼランとともにスペインを出帆した時には、約270名を擁した船隊であった。人々などの詳細な記録をとり続けた。彼の綿密な記録はその後の16世紀の探検家や地図製作者に南アメリカ、太平洋諸島に関するきわめて貴重な情報を提供することとなった。毎日欠かさず付けていたピガフェッタの日記では水曜日であるはずであった。同地では木曜日であることを知り、彼は大変驚いたという。日付けのずれを実体験した最初の人物であったといえよう。マゼランはフィリピンのマクタン島海岸での酋長ラプラプとその兵士との戦いで負傷し、ついに1521年4月27日に戦死した。ピガフェッタ自身もマゼランと同じ一団で戦い、彼も負傷した。デ・バラメーダに帰還した。無事生還できた乗組員の数はわずか18名であった。ピガフェッタは人類史上初めて世界周航を果たした乗組員のうちの1人となった。