macでインフォマティクスmacでインフォマティクススマートフォン用の表示で見るmacでインフォマティクスNGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。eukaryotesiMicrobeは、研究者自身のデータを公開し、精選された微生物のメタゲノムデータセットと分析のための高性能コンピューティング(HPC)メソッドに接続するプラットフォームである[ref.1]。過去10年間で、シーケンシングのコストはムーアの法則をはるかに上回る速度で低下し、生物学的データセットの数とサイズが急速に増加した[ref.2]。現在、研究者は、大規模な「オミックスデータ」からセンサーからのストリーミングデータに至るまで、前例のない規模と多様なデータにアクセスできる。生物学者は、分析を実行するためにHPCクラスターのパワーとストレージをますます必要としている。ほとんどの生物学者はこれらのリソースへのアクセスが制限されているか、まったくないため、多くの場合、自分のパソコンで分析を実行する必要がある。Centerの18ペタフロップススーパーコンピューターStampede2などの共有サイバーインフラリソースにfunded(資金提供)した。[ref.4]を作成し、アプリケーション(アプリ)の作成と編集、ジョブのスケジューリングと監視、分析結果の表示と取得を含むStampede2のリソースとやり取りする。HPCなどのHPCリソースへのWebベースのポータルを無料のCyVerseアカウント経由で作成する。分析(CAMERA)[ref.9]のサイバーインフラストラクチャなどの公開メタゲノムデータセットを検索し、データをカートに保存し、独自の個人データセットをアップロードし、Stampede2などの無料の計算機を使ってプライベートで30以上の分析ツールを実行できる。[ref.12](Webブラウザ)経由でも利用できる。Kit(SDK)[ref.13]を介して、データとパイプラインに直接コマンドラインでアクセスすることもできる。[ref.14]コンテナでiMicrobeの分析ツールを使用するか、ソースからコンテナを構築して自分のコンピューティングリソースで使用できる。APIを使用して、iMicrobeに統合できる新しいツールを作成できる。黄色のLOGINボタンからログインする。ここではAppsの流れだけ説明する。iMicrobeに組み込まれたツールの一覧が表示される。ここではcentrifugeを選択。https://www.imicrobe.us/#/apps/65解析するデータを指定する。storeをクリックする。自分のcyverseアカウントのhomeにつながっているので、解析に供するファイルを指定する。そのため、データは前もってcyverseにアカウントを作り、ファイルをアップロードしておく必要がある。cyverseの使用方法やファイルupload手順は下にリンクを貼ったcyverseの紹介参照。残りの設定を指定したらexecuteをクリックする。このアプリケーションは12時間リソースを使うことを許容されている。readingという、オススメのジャーナルへのリンク集もあったりする。searchなどのサービスがあります。アクセスしてみて下さい。Cyverse側でファイル権限をいじるコマンドがなく、Documentにも記載がないので、構築時のバグかもしれない。CyVerse注目記事はてなブログをはじめよう!kazumaxneoさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。