macでインフォマティクスmacでインフォマティクススマートフォン用の表示で見るmacでインフォマティクスNGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。contigのscaffoldingGAGEのペーパーでも議論されているが、生き物をと言わず常にベストな結果を出すアセンブラと言うのは現状存在しない。アセンブルを改善するため、複数のアセンブル結果をマージしてアセンブル結果を強化するポストアセンブルのツールがいくつか発表されてきている。これらのツールは、近縁種または同一種のリファレンスをガイドとしてアセンブル結果を並べマージするツールと、リファレンスを使用せずconitgをつないだりクラスタリングするツールに分かれ、それぞれいくつかの方法論が発表されている。GAM-NGSは後者に属するツールで、連続性と正確性を向上させるために、リファレンスを使わず2つ以上のアセンブリを統合する。OSにインストールした。aboveParallel::ForkManagerList::MoreUtilsperlのモジュールはcpanmでインストールしておく。SourceForgehttps://sourceforge.net/projects/garm-meta-assem/files/ダウンロードして解凍する。他の依存は全てダウンロードしたファイルに入っているので、READMEに従って環境変数を定義する。~/.bash_profile(またはbashrc)に以下を追加しておく。~/.bash_profile"しておく。準備できたら正常に動くかテストする。(hopefully...)問題ないなら、ランに必要なconfigファイルを準備する。configファイルには1列目にマージしたいcontigのフルパス、2列目に固有の名前を書いておく。ランconfigファイルを指定してランする。<prefix>ラン中にエラーがでます。7:S6.パフォーマンス比較。エラーが大量に出たので内容を修正しました。FGAPFGAPはドラフトゲノムのギャップを埋めるためのツール。asqcan注目記事はてなブログをはじめよう!kazumaxneoさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。