控えた彼らのもとに、影山の全日本ユース強化合宿召集の報せが舞い込んだ。月島にも宮城県1年生選抜強化合宿への招集がかかる。とある科学の超電磁砲とある科学の超電磁砲Sとある街の、とある少女たちの物語―御坂美琴が帰って来る!総人口230万人を数える、東京西部に広がる巨大な都市。通う、普通の中学2年生・鹿目まどかも、そんな日常のなかで暮らす一人。ある日、彼女に不思議な出会いが訪れる。この出会いは偶然なのか、必然なのか、彼女はまだ知らない。それは、彼女の運命を変えてしまうような出会い――。それは、新たなる魔法少女物語の始まり――。Dream!(バンドリ)走りだそう、最高の音楽(ユメ)!高校2年生になった香澄たちPoppin’Partyは、生徒会や家の手伝い、塾やバイトで大忙し。5人で一緒に居られる時間が少なくなり、拠点である蔵にもなかなか集まれない。そんな彼女たちのもとへ、1人の少女が現れて――。