macでインフォマティクスmacでインフォマティクススマートフォン用の表示で見るmacでインフォマティクスNGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。elements(TE)は真核生物ゲノムの重要な部分を構成するが、それらの分類、特にクレードレベルでの分類は依然として困難である。この目的のために、TEの保存されたタンパク質ドメインに基づいたTEsorterを提案する。TEsorterはTE、特にLTRレトロトランスポゾン(LTR-RT)を分類し、使いやすく、マルチプロセッシングで高速で、高感度で正確である。その結果は、分類されたLTR-RTの系統関係と多様性を直接反映することもできる。Pythonのコードはhttps://github.com/zhangrengang/TEsorterから無料で入手できる。createで仮想環境作成)。classifications)実行方法TE配列を指定する。データベースにはREXdb(link)が使用されている。maskerとLTR_retrieverを使って、TEをゲノムから抽出できます。READMEの下の方に記載されています。READMEに記載されています(中盤付近)。(GP)注目記事はてなブログをはじめよう!kazumaxneoさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。