実際の実行時間は依然として大きすぎて、大きなゲノムの分析に実際には使用することができない。この論文では、PERFというツールを紹介する。PERFは、リピートセットとの直接的な文字列比較に基づいてSSRを識別するための新しいアルゴリズムを使用する。PERFは現在の既存の方法よりも数倍高速で、100%正確で包括的でメモリ効率が高い。他のほとんどのメソッドとは異なり、著者らのアルゴリズムは繰り返しのリピートやモチーフの途中で終わるもの見逃すことはないとされる。PERFはインタラクティブで完全なスタンドアロンのHTMLレポートを生成する機能も持ち、入力ファイルに存在するすべてのSSRのダウンストリーム分析を容易にする。kazumaxneo$ランEnsemblからGRCh38のchr20をダウンロードして検索してみる(リンク)。reportHomo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.20_perf.tsvが出力される。BED形式に乗っ取っている。-aをつけるとhtmlレポートも出力される。MetaCRAST注目記事はてなブログをはじめよう!kazumaxneoさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。