macでインフォマティクスmacでインフォマティクススマートフォン用の表示で見るmacでインフォマティクスNGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。8/7リンク追加SMSは、NGSの登場よりずっと以前から使われているDNA/プロテインの編集や変換ができるツール集である。昔からあるDNA解析ソフトの大半の機能をカバーしている。webサーバー版とオフラインで動くローカル版がある。いずれもhtmlベースで動作する(内部でjavaが動いている)。登場は古いが現在でも管理されている。ローカル版でもHTMLベースで解析できるので、コマンドラインに不慣れなユーザーも使いやすいと思われる。version1http://www.bioinformatics.org/sms/プライマー結合サイトのツールを例に説明する。Mapexampleデータをランする。制限酵素サイトを示すチェックを入れ、1行に105行表示に変えてラン。↓プライマー結合サイトと制限酵素サイトが表示された。このようにHTMLベースでデータ処理することが可能である。このようなツールが50近く利用できる。使いそうな機能に限定して機能を見ていく。シーケンス解析DNA配列の指定した領域を抽出する。http://www.bioinformatics.org/sms2/range_extract_dna.htmlアミノ酸配列の指定した領域を抽出する。complementary)を表示する。usageを計算する。http://www.bioinformatics.org/sms2/codon_usage.htmlCpGアイランド探す。IslandsDNAの分子量(ダルトン)を求める。http://www.bioinformatics.org/sms2/dna_mw.htmlタンパク質の分子量(ダルトン)を求める。