macでインフォマティクスmacでインフォマティクススマートフォン用の表示で見るmacでインフォマティクスNGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。(ACT)は2つ以上のゲノムを比較して、塩基配列同一性の高い領域を描画するツール。解析には、比較する生物種ごとのfastaファイルと、遺伝子のアノテーションのgenbankフォーマットなどのファイルが必要(遺伝子は任意)。ACTは予めblast検索を行っておき、それからjavaのプログラムを立ち上げる。6をつけて実行し、タブ形式の結果ファイルを出力する)。下記に、blastサーバーを利用したやり方とローカルblastを行う方法をまとめる。手順1-B、blastサーバーを使ったblast解析を行う場合ACTの解析専用に、クラウドでブラスト解析を行ってくれるサーバーが下記URLである。http://www.hpa-bioinfotools.org.uk/pise/double_actv2.htmltop画面2つある大きなウィンドウに比較するゲノムのfasta形式のファイルを2つ入れる。buttonを押して生物種を選ぶ。下の方のblastnかblastpを選び、メールアドレスを記入してRun_genome_blastボタンを押せば解析が始まる。blastは精度より速度重視の手法のため、プラスミドのような小さいゲノムだと瞬時に終わり下の画面になる。"リンク先のファイルをダウンロード"でダウンロードする。中身はこのようなファイル。6比較元をデータベースにし、その比較対象をクエリにしてblast解析を行う。次にACTのダウンロードを行う。起動http://www.sanger.ac.uk/science/tools/artemis-comparison-tool-actにアクセスする。OS"をクリックしてダウンロードする。自己解凍されてできた4つのアプリをApplications/にコピーする。これでインストールは完了。OSだと起動できない。start版をダウンロードする。store以外から落としたファイルを起動できない。怒られたら、リンゴマークから環境設定を起動し、セキュリティとプライバシの項目のこのまま開くをクリック、を選択する。パスを入れて起動する。それでも怒られる場合、jabaのセキュリティに例外URLを登録する必要がある。セキュリティタブをクリック。一度ダウンロードしたファイルを叩くと、また文句を言われるが起動できるようになる。下のウィンドウが出てくるので、ブラスト解析に使ったデータのgenbankファイル2つを選ぶ。fileにはブラスト解析でダウンロードしたテキストファイルを選択。ゲノムが似たもの同士を比較すると、初期条件ではこのように蜘蛛の巣を張ったような感じになる。閾値を上げて完全マッチだけ取り出す。cutoffゲージを少し上げる。すると下のように変化する。上のウィンドウを閉じると元に戻る。比較には、ゲノムの中央で大きなインバーション(逆位)が起きている2ゲノムを使っている。上の図を見るとそれが一目瞭然である。次のデータは、ほぼ同じゲノム構造を持っているが、ざっくり1kbpに1つくらい塩基置換やindelが起きている生物種同士の比較(E.coliのK12とO157のような同じ種間の生物)。端からみていくと、例えば下の領域には片方の生物しかない遺伝子が見つかる。次は生物としてはあまり近縁でないが、特殊な代謝系遺伝子セットをどちらの生物も持っている例。同調して機能する特定の遺伝子セット自体はまとまって存在しているが、下の図を見るとその部分だけ線が描かれ相同性が高くなっていることが分かる。shareのリンクの108-109スライド目あたりが参考になる。http://www.slideshare.net/leightonp/plant-pathogen-genome-data-my-life-in-sequences実はACTはサポートするラッパーツールと組み合わせることで劇的に使いやすくなる。下のエントリーでそのことを紹介しています。ラッパーツールを入れて、blastからACTの比較までをほぼ自動化するやり方を紹介してますので、興味があればご覧ください。http://www.webact.org/WebACT/generateというACTの解析を自動化するサービスもあるが、こちらはうまくワークしないので検証できなかった。開設から時間が経っているのでもしかするとサーバーがゾンビ化してるのかもしれない。MAGO注目記事はてなブログをはじめよう!kazumaxneoさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。