Raconは超高速であるため、大規模なゲノム上でリソース的にうまくスケーリングできる。ntEdit以外の各ポリッシャーは、ドラフト(未修正)アセンブリのリードのアライメント情報に依存する。Pilonは、ドラフトコンティグの各ベース位置でのリードからのベースのパイルアップに基づいている。al、2002、Lee、2003]を使う。al、2018]を構築し、それを使用してエラーを修正する。Filterを使用してそれらの有無をチェックする。一般的なポリッシャーにはそれぞれ制限がある。PilonとntEditは、主に非常に正確なショートリードで動作するように設計されている。前述のように、Pilonはリソースの観点から大きなゲノムではうまくスケーリングできないが、Raconとwtpoa-cnsは大きなゲノムでもスケーラブルし高速であり、ショートリードとノイズの多いロングリードを処理できる。1回の実行で、両方のポリッシングに使用できるのは、ロングリードのみ、またはショートリードのみである。精度を高めるには、ロングリードポリッシングとショートリードポリッシングを勧める。Apolloは1回の実行で両方のタイプのリードを使用できるが、非常に時間がかかる。現在、Raconはその速度と比較的優れた精度を考えると、広く使用されているポリッシャーである(また、Raconは全体的に、他のポリッシャーよりも正確な結果を生成することを確認している)。Polisherを紹介する。HyPoはユニークなゲノムkmerを利用して、選択的な読み取りセグメントのPOAを開拓して、コンティグのセグメントを選択的にポリッシュする。Hypoは、Raconに比べて約3分の1の時間で、メモリ要件が約半分で、非常に正確なポリッシュされたアセンブリを生成することを示している。インストールubuntu18.04LTSでテストした。(GP)注目記事はてなブログをはじめよう!kazumaxneoさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。