父ゲンドウ・母ユイの長男として生まれる。第3新東京市に来るまでは先生の所に住んでいた。特技は、5歳から習い始めたチェロ。葛城ミサトとの同居生活や活発な惣流・アスカ・ラングレーとの交流、心を閉ざしていた綾波レイとの触れ合いなどと、エヴァンゲリオンでの戦闘という過酷な状況を通じて、徐々に自分の存在意義を見つけ、一人の人間として成長していく。エヴァとのシンクロに、天才的な才能を見せる。一人称は僕だが、劇場版で一度だけ俺と呟いた。キャラクターデザインを担当した貞本義行によると、彼のデザインは『ふしぎの海のナディア』のナディアと基本的に同じである[1]。劇中でもミサトから「かわいい顔」と称されていることから、容姿は端麗であるらしい。非常に内向的かつ自虐的であり、その原因として幼少時に見た母親(ユイ)の死と父親(ゲンドウ)に捨てられたというトラウマが関係している。唯一の肉親(父親)を嫌悪し苦手としているが、内心では解り合いたい、和解したいとも思っている。後に父親に認められたいからEVAに搭乗する。「逃げちゃダメだ」と自分に言い聞かせるセリフは、強迫観念を表すだけでなく、監督の庵野秀明自身の制作当時の心境を映したものでもある[2]。一方で年齢の割には冷静・達観し、非常に切羽詰った状況では考えるよりも行動するタイプで、レイを救出したり、アスカを助けるなど勇敢な一面をみせた。他人とのコミュニケーションが苦手とされているが、ミサトとは初対面でありながらごく普通に会話をしている。後にアスカや加持に対しても同様に接している。レイにしても当初はその取っ付き難さから不完全なコミュニケーションしか取れていなかったが、ヤシマ作戦後のある出来事がきっかけで彼女との絆が生まれ、以後はお互い相手を意識した自然な関係を築く。このことから根本的に苦手意識を持っているゲンドウ以外の人物に対して明確に苦手というほどの描写はない。紆余曲折を経て友達になった鈴原トウジや相田ケンスケに対しては明るく素直な気持ちで接しており、彼らと一緒に居る時はごく普通の中学生として学校生活を満喫していた。優柔不断で状況に流されやすい性格と捉えられる事が多いが、庵野の考えでは「自分が決めたら、梃子でも動かないような、頑なで他人を気にしない性格」[3]。「エヴァンゲリオンとは何か」「使徒はなぜ襲ってくるのか」「何故自分が戦わなければならないのか」「父は何を考えて戦わせているのか」など、様々な悩みを抱きながら戦い続けた姿は、従来のヒーロー像からは大きく異なる(アンチヒーロー参照)。編集NERV内部での日常呼称は、「シンジ君」が通称となっている。レイには「碇君」、アスカには呼び捨てまたは「バカシンジ」、ミサトからは「シンちゃん」と呼ばれ、トウジには「センセ」と呼ばれている。家事をほとんどしない(できない)ミサトとアスカの代わりに葛城家の家事を担当している。レイに対しては当初、自分とは疎遠になっている父ゲンドウとの親しそうな関係を見ていることもあり、接触がほとんどなかったが、ヤシマ作戦を経て、徐々に心を開く。以降、彼女とは話し易さも手伝って、よく会話したり、ともに行動している。アスカからは、愛情と敵意が入り混じった強い執着心を向けられていく。劇場版やビデオフォーマット版追加カットの精神世界の描写でそれが顕著に現れて、自分のアスカへの恋愛として曖昧な好意とかなりの温度差があったため、劇場版の精神世界での修羅場的なやりとりに繋がっていった。劇場版では、ミサトもレイも怖いと、薬で眠っているアスカに逃げ場を求め、助けてくれと哀願するが、偶然晒け出された彼女の半裸に欲情して自慰を行い激しく自己嫌悪するという生々しい場面も見られた(健康的な少年として、常日頃からアスカをオカズにはしていたらしい事が彼自身の精神世界で言及されている)。度重なる悲劇から来る精神的疲弊により心を閉ざし、その不安定な精神を人類補完計画発動の依代にされサードインパクトを引き起こしてしまう。リリスと融合したレイの意思により、全ての決定権を委ねられていたが、最終的には「もう一度皆に会いたい」という気持ちで補完計画を破綻させる。担当声優の緒方恵美曰く、「子供のわがままの逃げではなく、色々越えて経験してからの拒否で、言ってしまえば大人の迷い。絶望感の果てにもう一度人と関わろうとしたことが彼の成長」。漫画版では第3新東京市に来るまで、親戚(伯父さんの家)に預けられていた。アニメ版の特徴的台詞だった「逃げちゃダメだ」を口にしなかったり、嫌悪する父親(ゲンドウ)と自らの意思で向き合う場面もあるなど、性格に差異が見受けられる。アニメ版においてのシンジは「ナイーブ」であることがストレートに伝わる反面、漫画版においては、ごく普通の少年若しくは冷めた子供というキャラクターで成り立っている。これらの差異は、漫画版を担当している貞本義行によると、「小・中学校で委員長だった庵野監督とそうじゃなかった自分との違いが、シンジの性格に表れている」とのこと[4]。実際、漫画版はアニメ版と比較して学術用語の膨大な引用と複雑なロジックは影を潜め、例えば第2巻のミサトとシンジの葛藤も、家族という概念をめぐるよりストレートなものに整理されている。これは作者が漫画版の対象年齢を14、5歳に下げたかった思惑がある[4]。物語後半でアスカが再起不能に陥った状態を目の当たりにしたり、三人目のレイは全くの別人であることを強調されたり、ゲンドウがダミープラグを使ったことで初号機でトウジを殺害してしまうなど、心理的に追い詰められていく物語の進行そのものにほぼ変化はない。フィフスチルドレンであり、使徒タブリス(渚カヲル)はアニメ版に比べ早い時期から登場するが、自分に親密に接してくるカヲルを拒絶し、アニメ版のような傾倒はしなかった。これは、「(失って傷つくくらいなら)友達なんか最初からいない方がマシ」という意識から来ていたが、タブリスをエヴァンゲリオン初号機で扼殺した後、実は心の底では彼に惹かれていたことをミサトに吐露する。戦略自衛隊のNERV本部襲撃の際は、ベークライトで硬化封印されたEVA初号機を見て全てを諦め、自分からは何もしなかった旧劇場版とは異なり、「動いてよ、母さん!!」と初号機に呼びかけミサトとの約束を果たそうとする意欲を見せ、その叫びに応えた初号機は、エントリープラグ無しで起動して封印を破り、シンジの危機を救う。その直後、初号機に搭乗して本部地上に出た後、量産機に追い詰められたアスカの弐号機を間一髪救出、討ちもらした3体を撃破して見せた。鋼鉄のガールフレンド2nd』(漫画:林ふみの)鈍感ではあるが心優しい、健全な少年として描かれている。碇シンジ育成計画』(漫画:高橋脩)では本編とはあまり似つかない、ハーレム系作品の主人公らしく描かれている。学園堕天録』(漫画:眠民)では漫画版に近い性格である。編集TV版と同じくエヴァンゲリオンの3番目のパイロット(第3の子供)に選ばれる。第6の使徒の攻撃を受けて瀕死の状態に至った為、エヴァンゲリオンへの搭乗を拒絶していたが、ミサトによってL-EEE(レベルトリプルE:扉にセントラルドグマとの表記)へと連れて行かれ、第2使徒リリスの存在を知る。そこでミサトから、使徒がリリスと接触すると人類は滅亡すること、ネルフ本部の面々も死ぬ覚悟で使徒と戦っている事を説かれる。鈴原トウジ、相田ケンスケといった理解者を得たことで、それがEVAに乗る明確な理由となった。新劇場版では、シンジが能動的にレイと関わったり、周囲の人々を守ろうとする姿が描かれるが、これはシンジの性格設定が変更されたわけではなく、搭乗前のセリフ「逃げちゃダメだ」や、リツコの人物評等からも解るように、基本的には旧世紀版と同じ性格である。鶴巻からも「序のシンジは旧世紀版第壱話~第六話と同じ」とコメントされている。新劇場版における彼の発言など、シンジの性格描写には違いが見受けられる。これは葛城ミサトが旧世紀版に比べてシンジと向き合うようになったことをはじめ、「周囲の人間の対応が変わった」ことによりシンジの反応も変わったためである。他者との交流に食事、料理、弁当などが用いられており、今回は物語序盤より気にかけていたレイにも弁当を作って来るなど変化が見られた。シンジの手作り弁当がきっかけとなり、彼女はシンジに対する好意を露にし始め、ゲンドウとシンジの関係修復を目論み、食事会で自ら手料理を振る舞おうとするなど、積極的に行動に移すようになった。アスカは第8の使徒戦以降、独りでは何も出来なかったと周囲を認め、シンジに対しては親の七光りでパイロットに選ばれたという評価を撤回する。レイにも弁当を渡すシンジの姿を見て露骨な嫉妬心を見せたり、シンジ好みの味の料理を作り気を引こうとするなど、シンジへの好意や独占欲を見せるようになった。加持からは、葛城を守ってくれと頼み込まれた。TV版と同じく「父に認めてもらうためにEVAに乗る」という動機は明確に描かれている。ダミーシステムを使用したゲンドウに激怒し、初号機に篭城するところまでは旧世紀版と同様だが、『破』では恫喝に留まらず実際にネルフ本部の破壊行動に及ぶが、ゲンドウの命令によりLCL圧縮濃度を最大まで上げられ、意識を失い強制排出される。いう言葉を無視して第10使徒に取り込まれたレイを救出する。『新世紀エヴァンゲリオン2』では、条件次第ではゲンドウと和解し、二人で並んで釣りをするエンディングを見ることが出来る。『スーパーロボット大戦シリーズ』では、内向的な性格を反映して弱気な性格である事がほとんどである。『スーパーロボット大戦F』では出撃を拒否した所をブライト・ノアに殴られて「父さんにも殴られた事が無いのに」と、かつてのアムロ・レイと同じ台詞を言い、「昔のアムロと似ている」と揶揄されている。『スーパーロボット大戦α』では家出して街を彷徨っていた時にロンド・ベル隊のパイロットに遭遇し、彼等の会話から再びエヴァに乗り込む事を決断する。『第3次スーパーロボット大戦α』では『α』の戦いを戦い抜いた事による確かな自信を持ち、性格も強気になっている他、戦う事に悩むキラ・ヤマトを諭す場面もあった。『スーパーロボット大戦L』では新劇場版の設定で登場。招集され第3新東京市に転校するまでは御崎町に住んでおり、早瀬浩一の後輩として設定されている。苗字の由来は船の錨と、庵野秀明の大学時代の友人で、広告デザイナーの碇義彦から[5]。名前のシンジは庵野秀明の親友である映画監督の樋口真嗣から。〜素晴らしきムダ知識〜』にて副音声として出演した事がある(その際主題歌も流れた)。編集フジテレビ製作のドラマ『踊る大捜査線』に登場するキャリア官僚の室井慎次の名前の由来となっている。漫画第2巻あとがきより。貞本によれば、おだやかな顔のナディアを描いてまつげを取り髪型を変えるとシンジになる。