執行させるための申し立てを、SSCSおよびポール・ワトソンとの調停合意に基づきワシントン州連邦地裁に行ったと発表した。日鯨研・共船は2011年12月8日にシアトルのワシントン州連邦地方裁判所で訴訟を起こし、調査員および乗組員の安全と生命を脅かす暴力的行為からの救済を求める差止命令を求めた。これはSSCSとポール・ワトソンが何年にも及び、公海上で船を衝突させ、プロペラに損害を与えるためにロープを流し、近くからビンを発射するなどして危険な攻撃をエスカレートさせ、調査活動を妨害してきたためである。暫定差止命令を出し、これ以上調査船に対して攻撃することを禁止した。2013年2月には、暫定差止の申し立てを先に却下した連邦地方裁判所の裁定をすべて覆し、SSCSとポール・ワトソンの行為は「私的目的の暴力行為の明確な事例であり、まさに海賊行為を具現化したものである」との判決を下した。SSCS、ポール・ワトソンおよび当時のSSCSの理事達が差止命令に違反したとして法廷侮辱罪に課した。この法廷侮辱罪の賠償金として、SSCSは日鯨研・共船に255万ドル(約3億円)を支払った。SSCS、ポール・ワトソンは、この紛争を解決するための調停合意に至った。永久的妨害差止の合意および地裁による最終判決の下で、SSCS、ポール・ワトソンおよび彼らに協力する者は、調査船とその乗組員を攻撃すること、また、安全航海を脅かすような航行を永久に禁止される。彼らは、公海上で調査船に500ヤード以内に近づくことを禁止され、その他のシーシェパードグループ団体(例SSオーストラリア)が妨害するための資金提供も行えなくなる。この調停合意のためSSCSに支払われる和解金については、原告に対してのみならず他の第三者に対する世界中での妨害活動にも永久に使用してはならないという条件が課されている。この永久差止の合意によって、2011年に始まった訴訟は、反訴も含め正式に収束されることとなる。本合意の詳細は、裁判所により公開された永久的妨害差止に関する情報を除いて合意条項に基づき対外秘となっている。8条の下で日本政府が発給する許可にしたがってNEWREP−Aを実施し、共船はその調査計画に船舶と乗組員を提供している。