現代から科学技術が格段に進化し、人型兵器”ギア”が存在する世界。“ギア”と”全人類”が敵対する事となった。長く続いた戦いは”イニーツィオ”を、太平洋のど真ん中の地下深くにある超大型シェルターに封印することにより終わりを迎える。互いに協力し”イニーツィオを破壊するギア”の研究を始める。”イニーツィオ”を生み出したのは人間の傲慢さだと感じている者も存在する。いった共存派の存在によって、世界の考えは二つに分断された。世界は富裕層と貧困層の格差が激しくなっていた。世界中の国民の不満が募る中、超大型地震が発生。海が割れ、人々の前に再びイニーツィオが姿を現す。“アンドロイド”や”ギア”たちを従えた人類への攻撃を宣言するのであった。