29日、一定額以上の購入者に対する送料無料サービスを予定通り実施するとツイッターに投稿した。同サービスが独占禁止法に違反する可能性があるとして、公正取引委員会が聞き取り調査を始めたとの報道に反発した格好。三木谷氏は、原則計3980円以上の商品の送料を無料化する施策は「消費者のニーズであり、店舗の売り上げを上げるため」だと主張。公取委が調査するとの報道については、「公取や行政のマスコミにリークをして、けん制をかけるやり方はあまりに時代錯誤でひどすぎる」と批判した。公取や行政のマスコミにリークをして、牽制をかけるやり方はあまりに時代錯誤で酷すぎる。このような体質が日本のイノベーションを阻害する。送料の標準化は消費者のニーズであり、店舗の売上を上げるための施策であり、原則3980円以上、送料無料ラインの統一は予定通り実施致しましす。2020三木谷氏は同日の講演で、楽天市場が「アマゾンに負けている理由は送料」だとし、3月18日から無料化すると述べた。一部店舗運営者から反対されていることも認めた上で、「結局皆さんのところで買わなくなったら何の意味もない。何が何でも皆さんと一緒に成功させたい」と語った。NHKは同日、公取委が調査を始めたと関係者の話を基に報じた。送料無料化を巡っては、出店者から反対の声が上がっていた。公正取引委員会の菅久修一事務総長は会見で「調査をしているかしていないかを含め、何も申し上げられない」と話した。情報提供については「法と証拠に基づいて対応する」とも述べた。楽天の広報担当者は「個別の調査については答えられないが、調査には全面的に協力する」としている。送料無料化の余波で楽天市場から撤退する動きも出ており、作業服販売大手のワークマンは1月末で販売を停止する。広報担当者は、1万円以上の購入で無料となる自社サイトと比較して利用者に不公平感が出ることもあり、撤退することにしたと説明した。