通常の高校では自分の所属するクラス(ホームルーム)で授業を受けるが、伊奈学園は一人ひとりによって時間割が違うため、特に選択科目では自分のHRで授業を受けることが出来ず、講座が開かれる教室へ移動して授業を受ける。化学の授業を受けるには理科棟に移動して授業を受けることになる。約50の部活・同好会がある。高校では珍しいラクロス部(女子)などがあるほか、サッカー部などの大きなクラブでは部員が100名以上に達し、二軍、三軍が設置されている。(インターハイ)に出場。毎年9月初旬の土曜日と日曜日の二日間開催される。全クラスが参加し、各教室や校舎敷地の一部を利用したさまざまな催し物、模擬店が出される。クラス毎にオリジナルのシャツ(クラスTシャツ)を作り、着用することも広く行われている。各ハウス校舎はそれぞれのハウスの独自色を出したモニュメントや飾りつけが施され、一般来校者や校長らの投票によって優劣が競われる。体育館では応援部の演技や教員、学生らによるライブ、吹奏楽部の演奏会などが行われる。閉祭式ではその年のハウスモニュメントのベスト3、クラスごとの催し物のベスト3、クラスTシャツのNo.1が発表される。閉祭式後に中庭で行われる一般非公開の後夜祭は、任意参加ではあるが、市や企業協賛でないものとしては規模の大きい打ち上げ花火などもあり、多くの生徒が参加する。一般来場者は毎年約15,000人にも上り、高校の文化祭としては非常に大規模であり、校舎の広さと相まって要所に案内人が配される他、迷子放送が流れることもある。埼玉新聞やテレビ埼玉などのマスメディアも取材に来ることが多い。2007年にはNHKニュースおはよう日本の中継コーナー(全国放送)でも特集された。[独自研究?]文武両道の流れから、スポーツにも力を入れている。準備体操として「伊奈体操」と呼ばれる独自の体操が行われている。体育は、春はスポーツテスト、夏は水泳、秋から冬にかけては柔道・ラグビー・バレーボール・サッカー・マラソンなどが行われる。ラグビーは県内でもごく一部の高校でしか行われていない。男子の制服は珍しい紺色の詰襟、女子は紺色のブレザー・赤系統のネクタイである。生徒の男女の割合は例年女子の方が多く、近年では1学年で男子より200名以上多くなる年もある。選択授業が多く、バラバラになることが多いためか、入学から卒業までクラス替えがない。原則として担任の変更もない。付属中学校にはクラス替えがある。県立高校に学区制が採用されていた頃でも、特例として県内全域からの通学が認められていた。