特殊疾患患者を受け入れ、診察が可能な施設のことである。これらの疾患は通常の救命救急センターでも診療しており、役割の区分が明確ではない。より、下記ように整備基準が定められている。特殊疾患患者に対する救命医療を行うために必要な相当高度な診療機能を有する。対応できる体制をとるものとする。診療体制に必要な要員を常時確保すること。手術に必要な動員体制をあらかじめ考慮しておくものとする。設備は、高度救命救急センターとして必要な医療機器を備える。センターは全国に38施設が存在する。