ナツたちが所属する魔導士ギルド「妖精の尻尾(フェアリーテイル)」に、ある日飛び込んで来た依頼は、「とある港町に巣食う盗賊団のリーダー・ギースを捕まえてほしい」というもの。高額の報酬を期待して意気揚々と依頼に乗り出すナツたち・・・。ルーシィのミスから目の前でギースを取り逃がしてしまう。依頼の失敗に一人落ち込むルーシィ・・・その帰り道、彼女はエクレアという謎めいた少女と不思議な鳥・モモンに出会う。魔法が嫌いというエクレア、おして「鳳凰石」に隠された秘密・・・。つつまれ、異世界セフィーロに導かれた3人の少女たちは魔法騎士(マジックナイト)として、この世界を救う使命を負わされる。魔法と魔神(マシン)を授けられた3人は神官ザガードにさらわれたエメロード姫を救出するために、戦いの冒険に旅立つ。少女漫画に巨大ロボットが登場する斬新なCLAMPの原作を、平野俊貴が見事に映像化。原作者の一人である大川七瀬が脚本に参加し、アニメ独自の展開を見せたことで、オリジナリティの高い作品になっている。