自然集団では毎世代の集団の大きさは一定というよりは絶えず変化している。そのような場合には集団の有効な大きさ(5.2、第10回講座参照)を全世代での調和平均として求めた。実際の個体数が、1000,10,1000と変動すると集団の有効な大きさは1/[(1/3){(1/1000)+(1/10)+(1/1000)}]=29.4とたいへん小さい。2世代で集団の大きさが急激に減少しているためで、これをびん首bottleneckという。このような現象は自然でもよく起こり、定着した集団から小数の個体が別の小グループとして隔離されて繁殖する例がそれである。そのような場合隔離集団の集団の有効な大きさが小さいのが常で、遺伝的浮動の効果が顕著である。effectといい、集団のFSTが大きくなり、ヘテロ接合体頻度が減ることが予測される。小さな隔離集団には定性的な側面がある。10個体の創始者が隔離集団を形成するとどの対立遺伝子も消失しないかぎり、その頻度は1/20=0.05より低くはならない。頻度がいくぶんか変動したとしても、世代が経過しているほど大集団ではまれな対立遺伝子でも隔離集団ではホモ接合体がいないか、相対的に日常的になる。このような理由で遺伝疫学者は地理的、文化的あるいは宗教的理由で形成されたとみられる隔離集団を調査して、通常はまれな遺伝性疾患が比較的多く観察される。一つ一つの隔離集団で独特の種類の突然変異遺伝子がみつかる。それは創始者の一個体にあったもので、生成された隔離集団は特異的な突然変異遺伝子のクローンを形成している。隔離集団の特異的な突然変異遺伝子は創始者集団の一個体に由来するとよくいわれる。ベネズエラのカリプ海沿岸のマラカイボ湖岸のハンチントン病の大家系の祖はポルトガルの一水夫にたどりつくという。