移管され、案内表示類も営団仕様に更新される。電車は0番線発着となる。貨物の取り扱いを開始。[[国鉄分割民営化]]により、国鉄(常磐線)の駅はJR東日本とJR貨物が継承。北綾瀬支線ホームで[[ホームドア]]稼働開始。JR東日本で[[ICカード]]「[[Suica]]」の利用が可能となる。営団地下鉄民営化により、千代田線は東京メトロに継承。東京メトロでICカード「[[PASMO]]」の利用が可能となる。[[高架駅]]で、[[島式ホーム]]2面3線に加え、南側(1・2番線)ホームの亀有寄りに[[切欠きホーム]]が1線あり、合計で2面4線である。中線は島式ホームに挟まれており、当駅折り返し列車が使用する。北綾瀬駅間の区間列車が使用する。東口・西口改札内コンコースとホームを連絡する[[エスカレーター]]と、東口改札内コンコースと0・1・2番線ホームを連絡する[[エレベーター]]が設置されている。3・4番線ホームにはエレベーターが設置されていないが、2012年秋から設置工事が開始された。その後翌年9月14日より使用開始となった。多機能[[便所|トイレ]]は東口改札内コンコースにある。相互直通運転を行っているため、JR東日本・東京メトロともに同一のホームを使用する。島式ホームは南側から1番線・2番線...と振られており、切欠ホームは「0番線」(ゼロ番線)と呼ばれる。当駅発着列車が使用し、2番線が乗車ホーム、3番線が降車ホームだった。4番線とつながっていない。2・3番線は折り返し線。代々木上原方面に使用される(詳細は後述)。[[三河島駅|三河島]]・[[日暮里駅|日暮里]]方面へは、北千住駅で乗り換え。北千住間もJR線扱いとなる。北千住方面には千代田線の案内表記として使われている。2006年秋に案内表記を更新する前までは「三河島方面へおいでの方は、北千住でのりかえです。」という赤文字の案内事項が記載されていた。案内標識はすべて東京メトロ様式である。JR常磐線の単独路線図も東京メトロ様式で、当駅独自のものとなっている。北綾瀬方向引き込み線に夜間留置(10両編成1本)がある。2番線は[[ラッシュ時]]以外折り返し・始発ホームとして機能している。きの列車は混雑緩和のために3番線からの優先乗車を行っている。ダイヤが乱れた場合は[[女性専用車両]]とともに中止の場合がある。(東京都)|霞ケ関]]始発の列車と翌朝の[[湯島駅|湯島]]始発の列車(かつては湯島行列車も運転された)の[[回送]]の際も基本的にこのホームが使われる。この回送列車はダイヤが乱れた場合に回送する駅まで客扱いをすることがある。JRからの直通列車が当駅で車両交換などを行う場合、当駅止まりが1番線に入線し、代替車両が2・3番線に停車している場合もある。同一ホームでの乗り換えが可能ではあるが、ホーム中央に柵がある部分が存在するため、そのまま正面に移動しての乗り換えができない場合がある。当駅折り返し列車の降車ホームとなる。その場合、到着後3番線側、2番線側の順に両側の扉が開き、ほどなく3番線側の扉は閉められる。朝には我孫子方面への当駅始発列車がある。当駅で車両交換を実施する場合は代替車両が4番線で待機し、当駅止まりとなる電車が2・3番線を使用するケースが多い。この他、夕方以降に数本あるJR線からの当駅止まりの列車の場合は2・3番線に入線し、2番線側のドアのみが開く。代替運用などによる車両交換が発生する際は、東京メトロでは行先表示を「綾瀬」に変更し、当駅で接続する旨を放送するが、JRの場合は行先表示は当該列車の本来の行先(ない場合は「代々木上原」など)を表示し、車両交換・接続の旨のみを放送することが多い。2・3番線の[[発車標]]は、2番線はA線(代々木上原方面)、3番線はB線(取手方面)の到着・発車情報を表示している。ホーム別1・2番線、3・4番線はそれぞれ同じであるが、下段の案内が流れるタイミングは異なる。電車が来る前に下段で「電車がまいります」との表示が出るが、それが上段に表示されている列車であるとは限らない。列車ごとの発車ホームは矢印で表示している。1番線始発・4番線到着という例もある。霞ケ関駅間で1時間に29本の列車を運転して通勤・通学需要に対応している。当駅始発列車が到着する場合、JR線からの直通列車から始発に乗り換える乗客も多い。(列車)|特急メトロはこね号]]」として運用される[[小田急60000形電車]]は当駅まで回送され折り返す。北綾瀬方面への支線は終点の北綾瀬駅のホームが3両編成分しかないこともあり、本線で運用されている10両編成の車両は前述の小田急車両も含め回送列車として[[綾瀬車両基地]]に入出区するだけなので支線での営業運転は行われない。すべて3両編成の区間運転専用の編成で運転される。路線名を表示したものの2種類がある。ホームの[[駅名標]]は東京メトロ様式のものに、JRの[[特定都区市内|東京都区内]]の駅であることを示す'''「区」'''のマークが入れられている。駅ナンバリングについては、千代田線の「C19」とともにJR常磐線の「JL19」も併記されている。当駅は東京メトロの管轄駅のため、[[みどりの窓口]]がなく、[[自動券売機#指定券自動券売機|指定席券売機]]類も設置されていない。このため、JR線の乗車券の発売には制限がある。駅窓口(東口改札前、東京メトロがJR東日本より委託され運営)ではマルス端末が設置されていたが、[[2018年]][[3月31日]]で取り扱いを終了した。JRの定期券については隣接する定期券売り場の窓口が担当している。定期券は東京メトロ仕様の磁気券のみの取り扱いとなる。定期券売り場の窓口で発売する定期券はJR線は当駅発着のもののみ取り扱う(北綾瀬発着の連絡定期券含む)。前後の常磐線に跨るものを除く。他の東京メトロ線と連絡するものは可)については発着駅に関わらず発行できるようになっている。メトロには入場券の制度がないこともあり、硬券の設備が廃止されて以降は入場券の販売が行われなくなった。JR東日本の[[自動券売機]]では、東口の2台のみ通常の乗車券・[[回数乗車券|回数券]]類に加え国鉄時代から継承されている「[[都区内パス]]」を発売しているが、JRの特別企画乗車券である「[[休日おでかけパス]]」は発売されていないほか、[[ICカード]]は乗車券購入に使用できるのみで、チャージなどには対応していない(東京メトロの券売機でのチャージは可能)。JR線から連絡する他社線への[[連絡運輸#連絡乗車券|連絡乗車券]]の取り扱いもない。北千住乗り換え東武線への連絡乗車券は東京メトロの券売機で発売している。[[東京フリーきっぷ]]は東京メトロの券売機、窓口で発売されている。取手駅間の各運賃帯の最も遠い駅のみの取り扱いとなっている。PASMO・SuicaおよびSuicaと相互利用できる[[ICOCA]]などのICカードがすべて使用できた。当駅から次の駅までの最低運賃は133円のため、ICカードの残額が133円以上であれば改札内に入場することができる。北千住乗り換えと西日暮里乗り換えの両方が表記されており、発券している券売機も異なっている(前者はJR、後者は東京メトロ)。北千住駅間の運賃は、乗車券は140円、ICカードは133円となっている。これは、JR東日本の電車特定区間運賃に合わせて東京メトロの特定運賃として採用しているものである。乗車券・回数券は東京メトロの自動券売機で発売しているが、JRの140円乗車券(亀有までの運賃が同額)を使用することも可能である。西日暮里間の運賃が170円となる(ICカードを利用して同様の経路で乗車する場合も同じく、通常195円のところ、165円となる)。回数券は対象外となっている。乗車券の発売範囲とIC乗車券使用時の適用範囲は以下の区間に限られている。[[鶴見駅|鶴見]]間も対象になっている。川崎間の南武線の駅も対象区間となった。JR貨物の駅は[[車扱貨物]]の臨時取り扱い駅である。定期[[貨物列車]]の発着はないが、東京メトロ千代田線・[[東京メトロ有楽町線|有楽町線]]・[[東京メトロ南北線|南北線]]・[[東京メトロ副都心線|副都心線]]で使用される車両の搬入のために[[車両輸送|甲種車両輸送列車]]が製造された場合に設定されている。車両は当駅でJR貨物から東京メトロに引き渡され、北綾瀬駅の先の[[綾瀬車両基地|綾瀬検車区]]まで回送(千代田線車両のけん引による)される。常磐線内は[[松戸駅]]で快速線から緩行線に移動する。運行される場合、常磐緩行線の保安装置の関係から、[[終電]]後の深夜(一例では午前2時台<!--2010年1月9日放送のテレビ朝日「ディレクターズTV」より-->)に[[線路閉鎖]]を行った上で実施されるため、一般には見ることができない。[[駒込駅]]間開業で所要となる車両の搬入は日中の時間帯にも実施された。JR東日本</ref>。東京メトロ線からの直通人員を含まない値で、北千住駅まで(および特例としてJR線扱いで運賃計算されるJR[[南千住駅]]・[[三河島駅]]方面)の乗車人員も含まない。常磐緩行線の駅では最も少なく、2008年度に2万人を下回った。東京都区内のJR駅の中では[[越中島駅]]・[[上中里駅]]・[[尾久駅]]・[[三河島駅]]・[[潮見駅]]・[[葛西臨海公園駅]]に次いで7番目に利用客数が少ない。東京メトロ</ref>。東京メトロの他社直通連絡駅では[[渋谷駅]]に次ぐ第2位だが、2006年度以前は当駅が第1位だった。近年の1日平均'''乗降'''人員の推移は下表の通り。近年の1日平均'''乗車'''人員の推移は下表の通り。2008年度の車扱貨物の取扱量は、発送なし、到着が3,600トンである。近年の年間発着トン数は下表の通り。高架下に[[バスターミナル]]がある。*:かつては2番乗り場があり、京成バスの小菅一丁目行が発着していた。小菅一丁目間廃止に伴い廃止された。JR線内では「各駅停車」として運転される。「http://mymemo.xyz/wiki/綾瀬駅」から。