0.052±0.049脊椎動物のイソ酵素の平均的なヘテロ接合の頻度はおよそ0.05で、無脊椎動物ではたぶんこの2倍であろう。この程度のヘテロ接合の頻度は種の多い少ないにあまり関係なくほぼ同じである。どの種もヘテロ接合の頻度は1に達していないから、中立模型は厳密には正しくないことが示唆される。中立進化の速度ヘテロ接合の絶対頻度Hは新しい突然変異が機会的浮動による消失と釣り合うとき中立突然変異で生じるヘテロ接合の頻度がどのくらいかをあらわしている。それでは個々の突然変異はどうなるのであろうか。大部分は最初の数世代の間に単なる偶然により失われる。高い頻度へと動いていく。まれだが、ある突然変異遺伝子の頻度が高くなり、それまであった突然変異遺伝子と置換する。どの位のチャンスでそのような固定が生じるのであろうか。進化的な非常に長い時間が経過すると、ある遺伝子座の遺伝子はすべてが一つの祖先遺伝子から由来する結果となる。次のように考えれば理解できるであろう。最初の遺伝子プールにn個の対立遺伝子があったとしよう。対立遺伝子が次の世代に伝えられる数が平均して一つであったとしても、あるものは伝わらないし別のものは二つ以上伝わるかも知れない。伝わらなかった対立遺伝子は永久に集団から消失する。この過程が何世代も非常に長く続くと一つを除いてその他のすべての対立遺伝子が消失して、その一つの対立遺伝子が遺伝子プールを構成することになる。1/2Nが究極には固定する。固定した遺伝子がある突然変異遺伝子である確率は2Nu(1/2N)=u世代あたりのその突然変異率に等しい。固定確率に集団の大きさが影響しないのは意外かもしれないが、これは機会的変動が小集団では大きく、したがって新しい突然変異遺伝子の数が小さいためで、この二つの効果がたがいに打ち消し合うからである。ここにNeは集団の有効な大きさである。有害な突然変異は最初の数世代で消失する。ヒトと魚の祖先は400万年昔に分かれた。したがってそれぞれ独立な進化が800万年続いたことになる。ヒトとコイでαヘモグロビンのアミノ酸あたりの平均の相違は0.66である。したがって進化速度は0.66/(8x108)で、これは0.8x10-9である。この値はコドンあたり10億年あたり1アミノ酸の変化すなわち置換である。この期間での突然変異率はわからないが、ヒトヘモグロビンの突然変異率の断片的な知見によると、固定率はおそらく突然変異の1/10ぐらいであろう。変異遺伝子の1/10が中立で残りの有害突然変異は早々に消失したと考えると、観察されたアミノ酸の変化は説明できる。1960年代の後半、何人かの人々、特に木村資生先生は進化における大部分の分子変化は本質的に中立で、突然変異と機会的浮動の累積であることを精力的に示唆した。この仮説は大旋風を引き起こし、証拠は混沌としているが、提唱されてからこの理論の支持者が次第にふえている。ついて考察することにする。種がいくつかの分集団に分かれている状態であるで、そのうちの一つの分集団における対立遺伝子G,Gの頻度をそれぞれx,1-xとする。=m(pI-xt-1)と書ける。mpIの対応をつければ全く同じ形をしていることがわかる。pIが毎世代一定であれば、すでに示した公式はここですべて使えることがわかる。移動してくる個体が種全体から無作為的に取り出した標本とみなしうるような場合には、pIは種全体におけるG1の頻度にあたる。一般には移動と突然変異は共に生じていると考えられる。m+u+vの対応で形式的にまったく同じ公式が得られる。移動、突然変異それに遺伝的浮動が遺伝子頻度の要因である状況での遺伝子頻度およびホモ接合体頻度を予測する公式は次のようになる。