theoryダーウインの自然選択説を分子レベルに適用すると、有利な遺伝子が既存の遺伝子と置換する過程の繰り返しが進化である。不利な有害な遺伝子は当然その過程で消失するし、中立遺伝子は過渡的に多型を生じるが結局は消失してしまうので、進化にはかかわりがない。これは多数の個体の表現型を観察して得た推論である。木村の中立説は、進化の過程は確率的stochasticであるから、中立な遺伝子も置換することがあると主張する。選択に有利な遺伝子も存在すれば置換し得るが、分子レベルで観察されたデータから推論すると置換する中立遺伝子のほうがはるかに多い。分子レベルでは自然選択に有利でも不利でもない突然変異が機会的浮動で偶然に集団中に広がるものがほとんどで、個体の表現型とは関係がないことを強調している。太田のほぼ中立説は、有害と中立の中間ともいえるクラスのアミノ酸置換がかなりある、つまり微弱な有害遺伝子の置換が多いと主張する。このようなほぼ中立な突然変異がたくさんあると、中立説との違いはどうなのであろうか。「完全中立な突然変異による遺伝子置換の速度は中立突然変異率に等しい」から、他の要因は関係がないが、ほぼ中立な突然変異の置換速度には集団の大きさが関係してくる。この場合集団が大きいとそれだけ選択の作用が働き、変異は集団から除かれる。集団が小さいと、中立に相当するものがふえて、置換速度が高まりまる。そこには進化速度と集団の大きさとの間に負の相関が予測される。理論的には機会的浮動と選択の相互作用は解析的な研究が難しい複雑な問題である。1968,1969)。このクラスの突然変異遺伝子はアミノ酸置換による進化の基礎としてたいへん重要である。微弱な有害効果(たとえば、|Nes|<1)を示す突然変異遺伝子ですら、それ相当の荷重を生じるが、そのような遺伝子は集団中では完全に中立な遺伝子と同じような動きを示す。このようなどっちつかずの突然変異遺伝子の性質を理論的に検討してみよう。問題のかぎとなるのは突然変異遺伝子の固定確率である。簡単な場合として、選択の有利さがsの相互優性の例で考察してみよう。そのとき(大きさNeの)有限集団での固定確率u(p)は(Nes)の関数であらわされる(第29回講座、11.3.2.3)。(|2Nes|<π)ここにpは突然変異遺伝子の集団における初期頻度である。最初に出現した突然変異遺伝子の頻度は、集団の実際の大きさをNとするとp=1/(2N)とずいぶんと低い。となり集団の有効な大きさに関係なく固定の確率は一定である。|2Nes|>0でsの値が十分ちいさい(ほぼ中立)と、固定確率u(p)は2Nesの値について単調に増加することが上式の(2Nes)についての展開式からもわかる。したがって、分子進化において議論の対象となるほぼ中立な突然変異遺伝子は、自然選択に関してNesの大きさが0に近い突然変異遺伝子である。→|←中立→|自然選択説では、新たに生じた突然変異遺伝子の大部分が有害で選択されるが、すでに存在している遺伝子より有利な突然変異が出現すると主張するものである。遺伝子の置換という観点から、有利な突然変異が生じるという考えが事実であるかどうかがこの説のポイントである。中立説は新たに生じる大部分の遺伝子が選択について中立で、置換は機会的浮動の作用で偶然に起こるとする仮説である。中立説は自然選択説と中立説でみとめた有利な遺伝子の存在は特に考えないで、Nes=±0のあたりの変動をする突然変異としてまとめてしまいそれらがかなり多いと主張するものである。このような突然変異遺伝子は浮動と選択の両方の作用を受ける。選択の効果は集団の有効な大きさNeと選択係数sの積、Nes、有効な選択個体数で表わされる。実際の種はその集団のサイズが大きいのから小さいのといろいろであるから、選択の効果は種によって違うことが考えられる。生理的な条件にも弱い選択の影響があろう。酵素の働く条件は鳥類や哺乳類などの温血動物と魚類や爬虫類などの冷血動物とでは違いがあるかも知れない。新しく生じた突然変異を有害か中立かにそう簡単に分けるわけにはいかないのであろう。かなりの突然変異がほぼ中立の範疇に入るのではなかろうか。deleteriousなのではなかろうか。変異遺伝子の微弱有害性が限りなく小さいその極限に中立遺伝子が存在するというモデルである。fixationが原因である、と考えられる。この考えを支持するとみられる事実を挙げてみよう。