承久元年(1219)、三代将軍源実朝が暗殺され、幕府との対立は荘園をめぐる紛争などを契機として尖鋭化し、承久三年(1221)五月、院はついに北条義時追討の兵を挙げるに至るが(承久の変)、上京した鎌倉軍に敗北、七月に出家して隠岐に配流された。以後、崩御までの十九年間を配所に過ごす。嘉禄二年(1226)には自歌合を編み、家隆に判を請う。嘉禎二年(1236)、遠島御歌合を催し、在京の歌人の歌を召して自ら判詞を書く。御骨は藤原能茂が京都に持ち帰り、大原西林院に安置した。同年五月顕徳院の号が奉られたが、仁治三年(1242)七月、後鳥羽院に改められた。藤原家隆が成立に関与したかと推察される『後鳥羽院御集』がある。春のはじめの歌ほのぼのと春こそ空に来にけらし天のかぐ山霞たなびく(新古2)【通釈】ほのぼのと春が空にやって来たらしいよ。天の香具山に霞がたなびいている。姿がほのかに見えるさま、また夜がしらじらと明けるさまなどを言う。