【シラバス】この講義では、「系統推定に関する理論と方法をきちんと理解すること」を最大の目標とします。私が念頭に置く「系統推定」とは、過去の系統発生を現在のデータから復元することです。数理統計学が推定と検定のための明示的理論をもっているのとまったく同様に、系統学もまた系統推定に対する明示的理論を対内的・対外的に提示する必要があります。)について鳥瞰的に説明します。用いて、入力データ行列の作成にはじまり最適系統樹を探索するまでの一連の手順を説明します。第2日目の講義では、系統樹のグラフとしての特性をふまえた定量的診断を説明します。)を導入し、その意味と解釈を説明します。得られた系統樹のもとで形質の進化をどのように復元されるかをPAUP*とMacCladeを連携させることによりデモします。第3日目の講義は、統計学概論からスタートします。形質データから推定された系統樹は「推定値」ですから、その信頼性や誤差をきちんと評価しなければ何の価値もありません。そのために、さまざまな統計学の手法が系統学を「場」として開発され利用されています。系統学に適用されているさまざまな統計学的手法を概観した上で、実際にブーツストラップ法・ジャックナイフ法・無作為化法を中心に、系統樹とデータの双方の信頼性評価法を説明します。系統樹の推論原理としての尤度を導入し、その意義を説明します。この日にかぎり、PAUP*/MacCladeだけでなく、統計言語「R」を用いたデモも併せて行ないます。最後に、系統樹を推定する意味について今一度考えてみることで全体を締めくくる予定です。(1997年第1刷/2004年第3刷,東京大学出版会,ISBN:4-13-060172-5)に準じています。ご用意いただければ、生物体系学全般が概観できる参考書として役に立つでしょう。Windows版の系統推定プログラムのいくつかをプロジェクターで映写しながら説明します。