F-4R(S)(3機):RF-4Xと同等の装備を持つイスラエル空軍向け偵察機。F-4F(175機):F-104Gの後継として導入したE型のルフトバッフェ版改修型。アビオニクスを簡略化し、単座でも運用可能。AIM-7の運用能力が省略されている。ICE*10:F型の能力向上型。レーダーをAN/APQ-20?からF/A-18に使用されているAN/APG-65に更新し、AIM-120の運用能力を付加している。ワイルドウィーゼル機。実験用に改修された機体。F-4J(522機):米海軍・海兵隊向け後期量産型。パルスドップラーレーダーを備え、B型で装備されていたIRSTが撤去された。C型用のメインギア回りと主翼、G型で開発された機材に加え、エンジンを従来のJ79-GE-8から出力を強化したJ79-GE-10に変更された。アメリカ海軍における、ベトナム戦争中唯一のエース、カニンガム/ドリスコル?組が使用していた*11。F-4K(52機):英海軍向けモデル。英名「ファントムFG.1」。エンジンはRB-168-25Rスペイ・Mk.202ターボファンを搭載*12。レーダーをAN/AWG-11に変更し、機首のレドームを英空母のリフトのサイズに合わせる為に折り畳み式にしている。1978年の正規空母全廃により、全機が空軍へ移管された。F-4M(118機):K型の英空軍向けモデル。英名「ファントムFGR.2」。エンジンはロールス・ロイスRB-168-25RスペイMk.202(後にMk.204)に、レーダーをAN/AWG-12に変更されている。K型と比べて対地攻撃能力が強化されているほか、偵察ポッドの運用能力も追加され、SUU-23/Aガンポッド用の配線も当初から用意されている。他にも、電源車など地上設備が無くとも、内蔵バッテリーでエンジンを始動できるなど、他のタイプにはないユニークな特徴もあった。1992年までに全機退役。J型相当にアップグレードした。運動能力向上を意図して、前縁フラップをスラットに変更している。従来の機体より離着陸時の安定性が悪化している。QF-4B/E/G/N/S:B/E/G/N/Sの各型の余剰となった機体を改造した標的機。RF-4B:米海軍・海兵隊向け偵察機。カメラに加えSLARなどのセンサーを持つ。RF-4C(RF-110A):RF-4Bの米空軍版。ベトナム戦争後の改修により、自衛用のAIM-9の搭載が可能となった。SARA:RF-4Cをスペインで延命改修した型。アビオニクスを更新しAIM-9を装備可能。RF-4E:RF-4CのエンジンやアビオニクスをF-4E相当にし、C型にあった核爆弾運用能力を取り除いたもの。米空軍では採用されず、生産機のすべてが輸出にまわされた。クルナス2000:イスラエル空軍が使用する、RF-4Eの延命改修型。RF-4EJ(15機):航空自衛隊で、近代化改修の対象外となった初期型のF-4EJに長距離撮影用偵察ポッドを装着した武装偵察機。LOROP(長距離斜め写真)撮影用ポッド運用能力しか持たない限定改修型とLOROPに加え、戦術電子偵察(TACER)及び戦術偵察(TAC)ポッドの運用能力、F-4EJ改規格のレーダー警戒装置を追加した量産改修型に分けられる。F-4VG:可変翼モデル。