結果、陸軍は3万人以上の部隊を投入したが、撤退できたのは僅かに1万人足らずだった。終戦後は、チャールズ・ウィロビーの元で日本の再軍備にかかわる。ことはできないと民政局及び吉田茂首相(吉田に進言したのは辰巳栄一元中将を中心としたグループ)が反対したため、服部の幕僚長就任は実現しなかった。殺し、民主党の鳩山一郎を首相に据える計画を立てた。「生きて虜囚の辱めを受けず、死して罪禍の汚名を残すことなかれ」。ともせずに、玉砕も飢えもさせずに敗戦まで持ちこたえ、無事に帰国させた。オーストラリア軍の禁錮10年の判決により、1949年(昭和24年)に巣鴨拘置所(巣鴨プリズン)に送られた。ちの事を考えると)自分だけ東京にいることはできない」として、1950年(昭和25年)には自ら多数の日本軍将兵が収容されているマヌス島刑務所への入所を希望した。積極的にスパイ活動に関与したとは思えない。戦犯として捕まった部下を救うために、自ら最高責任者として収容所に乗り込み、一人でも多くの部下を救うべく奮闘した。その姿はマッカーサーをも感動させたのである。1軍軍医部長を歴任する。731部隊の創設者として防疫活動に従事した。い細菌兵器を開発したとされる。大蔵(現財務省)官僚は、アメリカCIAのスパイである。戦後A級戦犯として極東国際軍事裁判で終身刑となり、約10年間巣鴨プリズンに服役。1958年(昭和33年)赦免。