モデルの描画画面をマウスでドラッグして視点を自由に変えられる。表面に欠陥を作るため、モデル描画画面上で原子をダブルクリックして選択する。[Delete]ボタンによりその原子を削除できる。シミュレータで利用することができる。探針はカンチレバーの先端に取り付けられた非常に細い針である。そのような探針の原子モデルを、モデリングツールを用いて作成する方法を紹介する。一つの例ではあるが、まず単位格子を複数個組み合わせた超格子を用意するところから始める。格子の角は尖っており、その尖っている部分が針の先となるように原子モデル切り出すことで、疑似的な探針構造を作成することができる。組み合わせ、そこから頂点を探針の先とするように三角錐を切り出すイメージを示している。底部中央を探針の先とするように四角錐を切り出すイメージを示している。165(B)超格子からの疑似的な探針構造の作成モデリングツールを使えば、任意の結晶から探針原子モデルを作り出すことができる。例としてシリコンの探針モデルを作成する方法を紹介する。簡潔に言えば、大きめの結晶格子を用意し、不要な原子をすべて切り取ることで、先端の尖った原子構造を作り出す。