選択する量子論的像シミュレータの設定タブを選択する計算モードを選択する。"DFTB"タブを選択する原子間作用パラメータを選択する"two_body_parameter_folder"で"h-n-si"を選択する計算する像の解像度を設定する"tip"-"Ndiv"項目の"X","Y"に共に"30"を入力し、"Z"に"0"を入力する。シミュレータを利用するにあたり、試料となる原子モデルや探針となる原子モデルが必要となる。個の原子の原子種や座標などを決める必要があり、大変な労力が必要となる。シミュレータには、結晶モデルを簡単に作成するためのモデリングツールが同梱される。このツールを使うと、結晶表面原子モデルを作成したり、またその表面に欠陥や修飾を加えたり、あるいは探針原子モデルを作成したりすることができる。直感的に編集を行うことができる。的な使用例を紹介する。モデリングツールは並進対称性を持たない分子モデルの作成には不向きである。有機分子モデルを作成する場合は別のフリーソフトを利用することを推奨し、その使用例を紹介する。結晶について説明するため、まず格子点の定義から始める。境が同一である点のことをいう。格子点上に原子があってもなくても構わない。格子点を結んで作られる平行六面体ユニットが単位胞である。格子点を平均で一つ含む単位胞をプリミティブ単位胞と呼ぶ。格子点は並進対称性操作により空間中に無限に敷き詰められ、これを格子と呼ぶ。基本構造と格子を組み合わせたものが結晶構造となる。格子点は無数に存在するが、それらはある対称操作によってぴったり重ね合せることができる。単位胞を表すベクトルである。格子を回転したときに全く同一の格子になるような操作である。