画面上でモデルをいろいろな角度で見ながら、探針の針先の構造に不必要な原子を削除していく。切り出す前のモデルを横から見た図。赤枠の外側の原子を削除する。回目の切り出し後、視点を回転させた図。赤枠の外側の原子を削除する。回目の切り出し後、視点を回転させた図。赤枠の外側の原子を削除する。ような疑似的な探針モデルが得られる。三角錐型にシリコン原子が配置し、最下端はシリコン1原子から成る。シミュレータで利用することができる。似的な探針モデルモデリングツールは、原子モデルデータを編集するためのさまざまな機能を備えている。PDB(タンパク質構造データバンク)である。形式で出力することができる。モデル中の選択した任意の原子群を削除・編集・追加できる。いろいろなサイズのカーボンナノチューブやフラーレン族を作成できる。シミュレータのチュートリアルを参照されたい。分子試料モデル作成法シミュレーションの対象として、基板に乗せられた分子試料を扱いたい場合がある。モデリングツールでは、有機分子のように結晶を形成しないような原子モデルを作ることは困難である。(できないわけではないが、原子を一つずつ配置していくため手作業となんら変わりない。有機分子結晶の場合はモデリングツールを役立てることもできるが、そもそも分子構造単位を作るところがこのツールでは扱いきれない。)そのような場合は別のソフトウエアを使うことをお勧めする。例として、有機分子モデルを作ることに主眼を置いたフリーソフトを紹介する。社の提供するフリーソフトである。こちらのソフトウエアのダウンロードにはユーザ登録が必要であり、また、ライセンス条項に同意の上でインストールを行う必要がある。有機分子構造のテンプレートが用意されており、分子モデルを編集する操作もバリエーションに富んでいる。シミュレータやモデリングツールで利用できる。より作成した有機分子と、それをモデリングツールへ取り込んだ例を示す。