画像を平行移動させたことによって空白となった領域には、領域中央と同じ高さの詰め物をする。画像を、中央を合わせて重ね合わせる。全ての領域の画像データが重なり合った共通部分を取り出して、これを探針形状と見なすのである。重ね合わせるこれまでの議論から、次の二つの探針形状が得られた。以下の計算処理を行うオプションが備えられている。重ね合わせが出力されるようになっている。重ね合わせた探針形状が出力される。実験画像データおよび探針形状データから、試料のオリジナル形状を推定することが可能となる。この手法は、GeoAFMソルバーでも採用されており、詳しい計算の仕組みについて、ここでは説明しない。実験画像から探針形状を推定し、さらに、試料のオリジナル形状を求めるまでの操作手順を、具体例を使って説明する。示される人工的な立体構造を考える。