日本で有名な事案は捕鯨問題だが、基本的には海洋生態系全体をまとめて扱っている。過剰漁獲や漁業手段の問題、海洋汚染の問題、オゾン層破壊による生態ピラミッドの崩壊の問題などに分かれており、捕鯨問題は漁業問題のひとつという位置づけである。近代捕鯨への反対であり、生存捕鯨は持続可能として認める立場も示している(反捕鯨も参照)。2005年からは日本の沖縄におけるジュゴン保護にも参加。北欧(スピッツベルゲン島海域)では、依然として絶滅危惧域を脱してはいないという主張はあるが、科学的根拠はない。(2005年)が出ている。ベーリング海域や、米・アラスカ州やカナダのエスキモーなどの間で生存捕鯨が再開されている。おいては、管理対象種の捕鯨はフィリピン・インドネシアが継続しており、カナダは先住民の申請があった時に行っている。「管理対象外」の71種類のいわゆるイルカなどの比較的小型の鯨類については、各国の自主的な水産資源管理の範囲としていて、その詳細(捕鯨を行っている国や捕獲数量など)は把握されていない。フレッシュアイペディアより)日本の捕鯨から見た捕鯨問題IWC管轄下の大型鯨類に対する沖合いと沿岸における調査捕鯨と、IWC管轄外の小型鯨類(イルカを含む)に対する沿岸における商業捕鯨が行われている。2015年度以降の南極海での調査捕鯨計画はNEWREP-A、2017年度以降の北西太平洋沖合いと沿岸での調査捕鯨計画はNEWREP-NPである。調査捕鯨はIWC管轄下であるがIWCの頭数管理が及ばない為、IWC議長から日本が調査捕鯨を休止する代わりに南半球及び日本沿岸でのIWC管理下での商業捕鯨を可能とする案が提案されたこともあるが、反捕鯨国が商業捕鯨に反対して否決された。捕鯨の継続の是非については論争があるが、その詳細は捕鯨問題を参照。フレッシュアイペディアより)鯨肉から見た捕鯨問題ただし、上記の記事で倍増とされているのは、物流在庫などをまとめた「流通在庫」である点に注意が必要である。流通総量が増加しているのに伴い物流在庫も増えるので、単純な比較はできない。日本捕鯨協会は、「倍増した」とされるのはピーク時の在庫量であるが、これは調査捕鯨規模の拡大から当然のことと反論している。翌年には在庫量が前年並みに減少していることからすると、むしろ消費量自体は増えていると指摘する。在庫の比率や推移も、主力の調査捕鯨副産物は年に2回しか入荷しないという特殊性を考えれば自然であり、報道は誤解を招く内容であると批判している。捕鯨継続の是非と関連して争点となることがある。フレッシュアイペディアより)反日感情から見た捕鯨問題アメリカ合衆国の自動車産業は、1980年代、小型低燃費な日本車の輸入がオイルショックの追い風もあり壊滅的打撃を被っていた。アメリカの農家からは日本の農家保護を目的とした輸入制限措置により、不満が噴出していた。そのため次第にアメリカ内の国民対日感情は悪化していった。1994年解散)の協定に違反したことが問題視された。当時、日本の商業捕鯨を停止させる目的で自然保護団体と環境ロビイストに押された議員などが日本批判のキャンペーンを実施、これに貿易不均衡に不満を持つ業界団体を加えて、大規模な反日キャンペーンが方々で開催された。この中には、日章旗を燃やしたり、日本製乗用車をハンマーで叩き潰すといった過激なパフォーマンスが行われた。これらのパフォーマンスは反日の個人の行為であり組織的なものではないという指摘もある。(IWC)による商業捕鯨一時停止の決定(商業捕鯨モラトリアム)を勝ち取る事によってその成果を挙げた。それ以降も捕鯨国家に対する批判は消えること無く続き、IWCメンバーは捕鯨支持勢力と反捕鯨支持勢力に二極化し、本来の目的である資源管理機関としての機能が麻痺する事態に陥った。このため、北大西洋諸国は1986年ごろより日本やソビエト連邦などとともにIWCの正常化運用に向けた努力を続ける一方で、新しい管理委員会設立を模索しはじめ、1992年、それまで唯一のクジラ資源管理機関であったIWCに続く、第二のクジラ資源管理機関であるNAMMCOが発足した。