Debianや*BSDではシステム全体のエンコーディングはおそらく決定できません。2つの側面があります。その他の言語なのかによって変わるものです。切り替えて使用されることが前提のものです。その一方で、localeに従って、ファイルシステムの文字エンコーディングが変わるかと言えば、そうでない場合が殆んどではないでしょうか。(そういうことができていれば、多少は幸せな状況になるのかもしれません。)また、相手にするファイルシステムもffsやext?とかに限らず、状況によってはFATやNTFSといった外様なファイルシステムを扱う場合もあります。