柱となる国家公務員定員の大幅削減で、裁判所や国会、会計検査院が対象から外れる見通しになった。いずれも内閣から独立した存在として、中央省庁の公務員とは同じ扱いができないためだが、小泉政権は思わぬ壁にぶつかった形だ。「五年間で5%以上純減(削減数から増員数を差し引いた実質的な削減数)させる」という目標を打ち出した。(計約三万二千人)にも「行政機関に準じた取り組みを行うよう求める」としていた。ところが、内閣法制局との協議で、国会と裁判所の職員は、三権分立の原則上、行政側の提出法案で純減目標を定めるのは無理があると判明した。国の予算執行をチェックする会計検査院も、憲法で内閣から独立した地位が保障されており、内閣が純減目標を設定するのは難しいと分かった。このため、裁判所や国会、会計検査院の職員純減は、行革推進法案には盛り込まれない可能性が高くなった。内閣に置かれている人事院も、国家公務員法で独立性の高い第三者機関と位置付けられているため、「推進法案で政府が一方的に純減規定を設けると、独立性が損なわれる」(人事院幹部)と反発。定員削減はあくまで自主的に取り組む構えだ。政府は、国会や裁判所などが独自に定員純減を達成すれば、純減実績として計上する方針だ。国会や裁判所などが定員削減に協力しない事態になれば、全体で5%以上純減という目標を達成するには、ほかの機関の国家公務員を「余計に削るしかない」(政府関係者)。しわ寄せを受けた省庁などが「不公平だ」と不満を募らせて定員削減に抵抗を強め、政府が苦しい立場に追い込まれる可能性もある。