組織変更を行い、資本金3,000万円で株式会社ソフマップ設立。新品・中古パソコン販売への業態転換、フランチャイズ店でのソフトレンタルは継続。出店、地元資本のスタンバイと競合関係になる。株式の額面の変更を目的に、同名の株式会社ソフマップ(本社・大宮市)に合併。ソフマップカード会員制度・ルピーポイント制度開始。初の大型店GIGASTORE大宮店オープン。ソフマップ・エフ・デザイン株式会社(後のドリームテクノロジーズ)設立。有償保証制度・「ソフマップワランティ」開始。流言が飛び、ポイントカードの取り付け騒動が発生。角田無線電機の「本店」の店舗運営を譲り受け、「カクタソフマップ(現・パソコン総合館)」開店。代表取締役社長に就任。ソフマップ・ドットコム設立。上場(証券コード2690)。子会社であるソフマップソフト株式会社が、ヤマギワソフトからソフト関連事業に関する営業を譲り受け、東京物流センター・中古事業リユースセンター統合。大阪物流センター・中古事業リユースセンター統合。中古FC事業「ソフマップユーフロント」の出店を開始[20]。ヤマギワソフト館において火災が発生、計4フロアを焼失(同店舗は復旧し、同年8月にリニューアルオープン)。筆頭株主である丸紅がビックカメラに株式を一部譲渡。それにより筆頭株主がビックカメラ(19.84%)に(丸紅13.89%)。ビックカメラと資本・業務提携に関する覚書を締結。完全子会社のウインケル株式会社が「あきばU-SHOP」と「あきばA・SHOP」を開店[21]。通信販売事業ソフマップ・ドットコムのホームページをリニューアルした際、各種設定などに失敗。1週間以上もの間アクセス不能となり、リニューアル後には商品が2000年1月1日着になっていたりと、復旧後にもリニューアル失敗の影響による不手際が続発。株式の第三者割当増資により、ビックカメラが株式の61.56%を取得。同社の連結子会社となる。秋葉原の4店舗、新宿の2店舗においてSuica電子マネーを導入。子会社のソフマップソフト株式会社を吸収合併。ソフマップ・ドットコムにて198,000円の液晶モニターの価格を1桁削って誤表記で販売していたことが発覚。翌日になり価格を訂正したが、それまでに誤表記の液晶モニターの購入者に対してソフマップカードの割引ポイントが正規表記購入時と同額のポイントが付くことが発覚した。ソフマップでは誤表記での獲得ポイントについて無効にし、このポイントを使ってソフマップ内で購入した者に対してはポイント数がマイナスになった場合はマイナス分を請求すると発表した。際しては、ビックカメラが全面的にバックアップを行い、開店時には多くのビックカメラ社員も売場に立った。ヤマギワソフト4店舗を順次ソフマップに店舗名称変更。「ビックカメラ店舗内のインショップ型店舗」となる岡山駅前店を開店。以降の新規出店店舗は、現時点で全てこの業態で出店されている。中古品を除く商品の発注業務をビックカメラに委託。本社を豊島区東池袋のビックカメラ本社内に移転。完全子会社のウインケル株式会社が、ビックカメラ関連会社の株式会社フューチャー・エコロジーに事業譲渡[22]。ソフマップは非連結決算となる。秋葉原の本館の改装に伴い、白物家電の販売から撤退(理美容家電の販売は継続)。株式会社ビックカメラが株式交換を実施し、株式会社ソフマップを完全子会社化。DutyFree’S」を開店(翌年7月に改装により業態変更される)。鹿児島中央駅店の開店を皮切りに、ゲーム・アニメ・キャラクターグッズやホビーを専門に扱う店舗「アキバ☆ソフマップ」を展開開始。ネットショップ「アキバ☆ソフマップ・ドットコム」の開設や、7月には秋葉原にも既存店舗の改装で2店舗を開店。営業小売り部門を分割し、新たに株式会社ソフマップ(3代目)を設立。(旧法人)はビックカメラに吸収合併。秋葉原地区の店舗を再編、秋葉原本館(5月31日閉店)を「ビックカメラAKIBA」に転換(6月5日よりフロアごとに順次オープンしこの日グランドオープンする)と共に、残りの店舗も「ソフマップAKIBA」1〜5号館としてリニューアル、「AKIBAビックマップ」と総称する。ビックカメラ関連会社の株式会社フューチャー・エコロジーから電子機器リユース事業を譲受する[23]。同社が運営していたあきばU-SHOP1号店および2号店をソフマップによる運営とする。秋葉原Macクリエイターズ館(現在はソフマップAKIBA3号店)アキバ☆ソフマップ1号店(現在はソフマップAKIBA1号店)各店舗の詳細は公式サイト「店舗ニュース」を参照。※印...近隣にビックカメラがある店舗。☆印...ビックカメラ店内に入居、もしくはビックカメラと併設している店舗(コジマも含む)。」店舗を除いて)中古機器が中心で、新品や周辺機器・パーツ類はビックカメラ側のフロアで取り扱うケースが多い。★印...ゲーム・アニメ・キャラクターグッズ・ホビーの販売や買取を専門に扱うアキバ☆ソフマップ店舗。△印...文教堂からアニメショップアニメガの店舗譲受を受け、アニメガ×ソフマップとして再オープンする店舗。Stoneを併設する店舗。IMYビルマップ劇場(1号店8階にあった劇場。平岡ビル2019年11月1日よりアニメガ×ソフマップAKIBA4号店を併設。ビックマップ』と総称が付けられている。佐藤ビル秋葉原10号店は2005年4月6日閉店し、跡地に子会社のウインケル株式会社があきばU-SHOPを開店。株式会社フューチャー・エコロジーへの譲渡を経て、2018年12月よりソフマップによる運営となる。中古パソコン2号店は2011年1月10日限りで閉店し、跡地にビックカメラ子会社の株式会社フューチャー・エコロジーがあきばU-SHOP2号店を開店。2018年12月よりソフマップによる運営となる。2014年9月24日に買取センター・クリニックが2階に移転入居。2017年6月に新宿3号店も統合し「新宿店」に名称変更。PHOTO店舗跡にオープン。2019年11月1日に文教堂から店舗を譲受し、アニメガ池袋マルイ店から店名変更。2019年11月1日に文教堂から店舗を譲受し、アニメガ池袋サンシャインアルタ店から店名変更。ビックカメラ町田店別館との併合店舗。ビックカメラセレクト町田店をリニューアルする形で開店。2019年11月1日に開業。Stoneは同年11月23日)。2019年11月1日に開業。旧・名古屋駅ナカ店が、これまでサービス・サポートカウンターのみ入居していたビックカメラ店舗内に移転。2015年4月13日に中古ハードフロアが、同4月16日に新品・中古ソフトフロアが開店した。2019年12月13日に開業。2018年6月30日まで丸栄で営業していた文教堂のアニメガの再出店。旧・京都店は当初は近鉄百貨店京都店(プラッツ近鉄)に入居していたが2007年2月に同店が閉店しヨドバシカメラの店舗となるのに伴い、先行して2006年12月末に閉鎖し2007年1月26日に京都駅八条口のアバンティ5階に移転したが、2010年6月4日に同じ八条口にイオンモールKYOTOが開店するのに伴い、同店3階に再移転し、店名も「イオン~」に変更した。2007年夏にビックカメラが京都駅ビルの西側に出店している。2016年には3階から4階に移転した。2019年11月1日に開業。旧なんば店ザウルス1。ザウルス2と統合し2018年11月2日にリニューアルオープン。同社で唯一鉄道模型を取り扱う店としても知られていたが、2008年3月に取扱終了した。2019年3月28日開店。2020年2月21日開店(予定)。shop(4月4日移転)も同店から移転する。2012年11月21日に同ビル5階から6階に移転。同時にコジマとの共同出店店舗にリニューアル。2018年8月31日開店。3代目・広島店から移転。以前はアキバ☆ソフマップ店舗だった。貸しビル(ニュー竹宝ビル)の一室で営業していたソフトレンタル店。閉店直前にはレンタル落ちのソフトを販売していた。現在はTRADER本店。