【前半】宇宙旅行が当たり前になった時代。ケアード高校の生徒アリエス・スプリングは、初めての惑星キャンプに胸をときめかせていた。同じ班になったのは、宇宙港で顔を合わせたカナタ・ホシジマら計9名。ルカの父親マルコ・エスポジトは、ウルガーの仇だった。大切な兄を奪ったマルコに復讐するため、ウルガーは銃の腕を磨き、その機会をうかがっていた。ルカを殺せば、マルコに同じ苦しみを与えられる。その引き金に込められた憎悪に、ルカは......。惑星イクリス到着を前に、B5班に衝撃が走る。ルスはもともとケアード高校の生徒ではなく、惑星キャンプの直前に転校してきたというのだ。今明かされるシャルスの出自に、カナタたちは......。アストラ号と同型の宇宙船を発見したカナタたちは、船内でコールドスリープ状態の生存者を確認する。彼女の名前はポリーナ・リヴィンスカヤ。この宇宙船、アーク6号の機関士だったという。アーク6号の発見によってアストラ号の修理にも一筋の光が差し込む。キトリーとフニシアはまったく同じDNAを持っていた。ザックから告げられた衝撃の事実に、カナタたちはとある仮説にたどりつく。これまでの全ての出来事がパズルのピースを埋めていくように仮説を裏付けしていく。カナタたちの目指す惑星を見て驚愕するポリーナ。判明する新事実に困惑しながらも、B5班とポリーナはお互いの知識、認識をすり合わせ、様々な仮説を立てていく。戸惑いを隠せないB5班のメンバーたち。仲間の問いかけに、刺客はその出生の秘密と自身を突き動かすに至ったある事件の顛末を語り出す。【前半】右腕を失いながらも、誰も憎まず今まで通りを貫くカナタ。惑星ガレムを出発する準備も着々と進み、5012光年の旅はいよいよ終着点を迎えようとしていた。故郷への帰還を前に世界の真実を知るカナタたち。この真実をどう受け止めるのか。【後半】右腕を失いながらも、誰も憎まず今まで通りを貫くカナタ。惑星ガレムを出発する準備も着々と進み、5012光年の旅はいよいよ終着点を迎えようとしていた。故郷への帰還を前に世界の真実を知るカナタたち。この真実をどう受け止めるのか。【後半】宇宙旅行が当たり前になった時代。ケアード高校の生徒アリエス・スプリングは、初めての惑星キャンプに胸をときめかせていた。同じ班になったのは、宇宙港で顔を合わせたカナタ・ホシジマら計9名。20日分の食料と水を手に入れるため、惑星ヴィラヴァースに降り立ったカナタたち。特異な生態系に翻弄されながらも生存のために協力し、メンバーは少しずつ環境に順応していく。通信機を壊した犯人がこの中にいる――。カナタはメンバー一人一人に疑いの眼差しを向けるが、証拠となるものは見当たらない。猜疑心に苛まれながら、ついにメンバーに事実を打ち明けるカナタ。墜落の危機を乗り越え、アストラ号は第2の惑星シャムーアに到着する。犯人を探すことをやめ、全員で生き抜くことを優先するカナタ。惑星探査は順調に進み、食料と水の見通しも立った。色めき立つカナタたちだが、ユンファだけはどこか表情が曇っていて......。B5班を救い、メンバーと打ち解けたユンファ。旅の楽しさを分かち合いながら、アストラ号は次なる惑星を目指そうとしていた。究極の魔王アストラル・トリニティが現れる。それはアラタが変身したその異形の姿――。目の前に現れた聖は高位魔道士だと判明する。聖の目的はアラタを殺し、魔道学園を消滅することだった。イシュ・カリオテがビブリア学園へ攻撃に向かう。サイド3、ムンゾ自治共和国を脱出して3年。ジオン・ズム・ダイクンの遺児であるキャスバルとアルテイシアの兄妹は、ジンバ・ラルと共に地球に逃れ、テアボロ・マス家に身を寄せており、エドワウとセイラという名で平穏に暮らしていた。彼らを追うザビ家の魔の手が、再び迫りつつあるのであった...。そのころ、サイド3はジオン自治共和国と国名を変え、ザビ家が実権を掌握し、支配体制を固めつつある一方、地球連邦軍に対抗するための新兵器、モビルワーカーの開発に着手していた。宇宙世紀0068年、サイド3、ムンゾ自治共和国。宇宙に進出した人の革新を説き、地球連邦政府からの完全独立を宣言しようとしたジオン・ズム・ダイクンは、議会檀上で演説中に突如倒れ、帰らぬ人となった。ダイクンの死後、ザビ家陰謀説を唱えるダイクンの側近ジンバ・ラル。サイド3ムンゾの実権を掌握せんとするデギン・ソド・ザビ率いるザビ家の暗躍は加速していく。これまで語られることの無かった動乱の歴史が明らかになる中、ダイクンの遺児であるキャスバルとアルテイシアには、激動の時代を象徴した数奇な運命が待ち受けていた...。