[いつ?]は貨物側線が多く存在し、急行「えさし」も発着していたが、晩年は単式1面1線ホームの地上駅だった。木古内ブロック所属の社員配置駅(管理駅)であった。上ノ国駅間を管理していた。窓口営業時間外は駅員不在のため、夜間連絡先は木古内駅となっていた(湯ノ岱駅を除く)。駅舎にはみどりの窓口があった[5]。自動券売機が設置されていたが撤去された。トイレもあったが、営業時間外は施錠されていた。特急に乗り継ぐための特急券を含めた乗車券購入により、みどりの窓口において乗車日当日の発券時点で改札業務をする以外[いつ?]は行われなくなった[5]。その関係で、晩年においては列車の乗降は無人駅と同じ扱いとなっていた。冬期は除雪車を運用する関係で当駅で滞泊せず、湯ノ岱駅まで回送し滞泊していた。20分ほどかかる位置にあった。奥尻島へのフェリーが就航する。駅廃止後に停留所名は「陣屋団地」と改称されている。