IGV次に、IGVで実際にリファレンスゲノムにreadsがマップされた結果を見てみます。デスクトップ上のIGVのエイリアスをダブルクリックします。genome"という表示が一瞬出ますが、このときリファレンスゲノムとしてhg19を読み込んでいるようです。IGVが起動したら、自分のサンプルを読み込みます。file(indexあり)を選択します。Mappingされた状態の見方ですが、まず画面左上の2番目の選択する場所(図1)で、"All"から"chr1"などに選択を変更します。次に、IGV画面右上のZoomを選択する部分(図2)で、倍率を適当に上げていくと(+側に動かす)、BAMファイルに記録されている個々のreadの位置が表示されます。IGVの右上(Zoom)ただし、最初は見ている染色体上の位置が、何もないところ(セントロメア上)になっているので、赤で示されているカーソルを適当な位置に動かします(図3)。fileを選択します。VCFファイルは圧縮された状態(.gz)をそのまま開けます(解凍する必要なし)。うまく開けると図4のような状態になります。青はheterozygoteになっています。fileに記載されているもの)。IGVの具体的な使い方については次回以降のエントリで説明します。(4)月別アーカイブはてなブログをはじめよう!hashiyukiさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。