†2014年5月より暫くの間遊☆戯☆王の日に実施されていた、ボスvsプレイヤー最大3人でのデュエルのこと。後にリニューアルされたショップデュエル内のイベントでは、以下のルールを基にしたボススタッフ対戦イベントが開催されるようになった。ルールは基本的にリミットレギュレーションに従うが、ボス役は店舗に準備された専用デッキを使う。この専用デッキには、原作・アニメにてボスを務めたキャラクターを元とした専用カードが投入されている。この専用カードは一般には流通せず小売店に配布されるのみなので、自宅で再現する場合にはプロキシカードを作成するとよいだろう。カード名は通常のOCGでは見られないような名付け方がされており、該当するキャラクター名とカードの種類にアルファベットが順に振られている。モンスターにはレベル・種族が描かれておらず、ないものとして扱う。イラストは各キャラクター毎に使い回しがされているのも特徴である。各カードには効果テキストに加えて下部に元となったカードの使用シーンの台詞が書かれたフレイバー・テキストが追加されており、原作・アニメさながらのデュエルが体験できるようになっている。個別の効果に対する番号こそ振られているものの、テキストの体裁はマスタールール2以前のものと同じである点も特徴と言える。ルールの性質上、プレイヤー側にとっては強力なメタカードとなるカードが存在する。デッキへのバウンスが決まると、ボスの攻め手が大幅に鈍ってしまう。デッキ構成が定まっているので、永続カード等によるメタにボス側が対処するのは困難となる。ライフポイントの差が非常に大きくなるため、《活路への希望》は強力なドローソース、《ライフチェンジャー》は強力なライフロスになる。個々のボスデッキに対して、特に相性の良いカードというのも存在する。ジョウゲン》や、最大50000の効果ダメージが見込める《ミスフォーチュン》等が挙げられる。これらのメタカードを使うか、普段通り組んだデッキで戦うかについては見解が分かれるので、プレイヤー同士で事前に話し合っておくと揉めずに済むだろう。この問題のためか、ボスデッキは4種類作られたのみで、その後は新規に作られなくなった。2015年以降はボスデュエルを行う公認店舗も減っていき、2016年以降ボスデュエルは行われなくなった。2017年3月25日からの新マスタールールへの移行やショップデュエルのイベント内容の変更に伴い、「ボスデュエル」のリンクは公式サイトから消え、「ボスデュエル」は廃止された。基本ルールについてボス1人vsプレイヤー1〜3人で行う。プレイヤーのライフポイントは1人8000、ボスのライフポイントは対戦者の人数×8000とする。ターンの流れは先攻ボス→後攻プレイヤーA→B→C→ボス→A...の順番で行い、攻撃が可能となるのは後攻プレイヤーAから。アニメ5D'sの「遊星&ジャック&クロウvsレクス・ゴドウィン」戦と同じルール形式である。敗北したプレイヤーは自身のフィールドのカードを全て墓地へ送り、それ以外の手札などはそのままにしておく。以後、デュエルへの復帰処理があるまでターンは回って来ず、この敗北処理に対して効果を発動することはできない。プレイヤーの特殊勝利が成立した場合、ボスに8000のダメージを与えた後、デュエルの敗北処理を行う。フィールドはそれぞれのプレイヤーが1つずつ持ち、常に全てのプレイヤーのフィールドが存在し、対象にする事が可能。墓地や除外されているカード、エクストラデッキもそれぞれのプレイヤーのものとして扱う。プレイヤー同士では手札や伏せカードを見せ合い相談することが可能で、伏せカードなどの相手ターンに使用できるカードは全プレイヤーのターンで全プレイヤーが使用可能。特殊ルールについてプレイヤーは下記の特殊効果3種類をチームとして1つずつ持ち、ボスのターンが終わりプレイヤーチームのターンが回って来た時に1つを選んで使用することができる。いずれもデュエル中に1度しか使用できない。倍化:全プレイヤーのモンスターは、このターンのバトルフェイズ中、攻撃力が倍になる。宝札:全プレイヤーは、このターン通常のドローの代わりに、デッキからカードを1枚選択し、手札に加えることができる。プレイヤー蘇生:プレイヤー1人を選択し、4000ライフを回復する。そのプレイヤーが既にライフ0でも回復し、デュエルに復帰できる。ボスによっては以下の特殊能力を使用することができる。ペガサス・J・クロフォード:1ターンに1度、メインフェイズで相手の非公開情報のカード1枚(手札、またはフィールドにセットされているカード)を確認できる。ボスについてボスのデッキは用意された8枚のみとなり、他のカードと混ぜることは不可能。カードの順番も決められており、通常は属性が書かれている場所に「初」と書かれているものが初手、残りは番号順に積んでデッキとする。ドローフェイズでは通常のドローを行い、更に自分の墓地のカードをすべて手札に加える。ドローができないことによるボス側の敗北はない。ボスの通常召喚の回数制限はない。ボスのカードは除外できず、プレイヤー側の「除外する」効果は「破壊する」に置き換えられる。