fileに含まれる情報を整理する方法を考えます。frequencyとの間の関係(散布図)を作成する以上3つのことを行います。fileのRへの読み込み、および基本的な操作については、このエントリを参考して下さい。file(MHC_test4.var.annotated.vcf)を読み込みます。読み込む方法はこのエントリを参考して下さい。"MHC_test4.var.annotated.vcf"がない場合はこちらへ。fieldの列に書かれています。alleleのホモ接合体を示しています(このエントリも参照)。これはこれでOKなのですが、この表示のままでは、対立遺伝頻度や遺伝子型頻度の計算には不便なので、これを以下のように変換します。fieldの各列における、各alleleの統計的な評価(参照ページ)の数字やコンマも邪魔なので除きます。fieldの変換(正規表現による)まず、Rで以下のコマンドを入力します。fieldの列(50列目)の値を変換したベクトル(複数の数値からなる変数)"genotype1"を作成しています。最後のコマンドの"as.numeric"は、変換した値のデータ型を「文字列」から「数値」に変換する命令です。「新規文書」でエディタを開き、そこにペーストしてからコマンド全体を選択し、「command」を押しながら「return」を押すと、すべての行を上から順に実行します。genotype3という名前のベクトルを作ります。nの表)を作成します。以下のコマンドを実行します。fileのtableである"MHC_test4_annotated"に結合します。cbind(MHC_test4_annotated,genotypes)結合されていることを、headコマンドで確認します。alleleの対立遺伝子頻度を計算します。number_of_individuals)で計算できます。3なので、以下のコマンドを入力します(ついでに結果を"MHC_test4_annotated"に結合しています)。各Genotypeごとの「遺伝子型頻度」を計算する遺伝子型頻度の計算は、ちょっとややこしいです。各SNPごとに、特定のgenotypeの個体数を数える必要があります。以下のコマンドを実行して下さい(ALT_alleleのホモ接合体の頻度をSNPごとに計算)。alleleのホモ接合体も同様にして計算できます。fileに結合します。cbind(MHC_test4_annotated,freq_genotypes)長くなったので、続きは次のエントリで。ここまでのRコマンドはこちらの"genotype.R"にすべて書いています。Predictor...2015-05-18以下の記事も参考にしています。(4)月別アーカイブはてなブログをはじめよう!hashiyukiさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。