fileに説明されています。formatによるDNA多型(SNPおよびindel)の記述方式を読み解いていきます。formatについて、上の方にあるheader行を除くと、以下のような形式になっています。(前回の内容も参照)CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMATDRR003760.sort.bamDRR003761.sort.bamDRR003762.sort.bam63427377.ATTACTTAATTA71.2.INDEL;DP=2;VDB=0.0061;AF1=1;AC1=6;DP4=0,0,0,2;MQ=60;FQ=-35GT:PL:GQ1/1:110,6,0:70/1:0,0,0:30/1:0,0,0:3629829653.GT35.8.DP=13;VDB=0.0599;AF1=0.531;AC1=3;DP4=1,3,3,6;MQ=21;FQ=-8.43;PV4=1,7e-08,1,1GT:PL:GQ0/1:0,0,0:31/1:76,27,0:240/0:0,12,29:10629829659.TC77.4.DP=13;VDB=0.0459;AF1=1;AC1=6;DP4=0,0,4,8;MQ=22;FQ=-32.7GT:PL:GQ1/1:0,0,0:81/1:88,27,0:341/1:25,9,0:16上の例について、Web上の表示では列があっていないので、コピペしてRで読み込んで開いて下さい。(前回の内容も参照)まず、一番上のheader行(各列の内容を示す)を説明します。fields以下8つのカテゴリは必ず存在する。value)は"."で示される。scoreを示します。scoreについては英文Wikipediaの説明が参考になります。30が信頼性の閾値となることが多い)です。ここは、多型サイトについてのいろんな情報を含んでいます。ここでは、重要な部分だけ説明します(詳しくは別エントリで挑戦します)。INDELIndelの多型であることを示す(特に記述がない場合はSNP)DPDepth(そのサイトが何回読まれているか)を示す。Referenceにreadがマッピングされたときに、多型がどれくらいランダムに分布するかを見る指標(らしい)。アラインメント(マッピング)の正確性の指標(と思われる)。frequency)。fields複数のサンプル(個体)が含まれるとき、サンプルごとに記述される部分。fieldsのデータ形式とデータ表示の順序を定義します。これではわかりにくいので、ちょっと具体的に説明します。0/1:0,0,0:3FORMAT列のGTというのが、DRR003760.sort.bam列の1/1に、PLが110,6,0に、GQが7に、それぞれに対応しています。":"が区切りになっています。他のサンプル(個体)も同じです。GQそれぞれの意味は以下です。likelihoods(を整数値に丸めたもの)。要するに、各genotypeのもっともらしさを数値化したもの。Groupを付ける(GATKへの対応)以下は個人的なメモ(覚え書き)になります。(4)月別アーカイブはてなブログをはじめよう!hashiyukiさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。