スカイマークエアラインズ(現・スカイマーク)が保有する当社の全株式をGMOペイメントゲートウェイに売却し、GMOペイメントゲートウェイの子会社となる。スカイマーク(東京都大田区)が、成田国際空港に就航開始。中心に、公共・社会問題を経済学の視点から研究。スカイマーク株式会社設立に参加した。全て大手の整備や運航に頼らなければならず、競争環境が大手に有利なため、今日の基礎となる大手からの自立を目指す。赤字で債務超過の会社を、新市場のマザーズで2000年5月31日に上場を果たした。2003年1月、井上雅之が社長に就任し、井手は取締役副会長に就任。スカイマーク・しなの鉄道・ジェイ・コーチ社長。スカイマークが民事再生法適用を申請、運行は継続。スカイマークが整備士との団体交渉を違法に拒否したとして300万円の損害賠償を航空一般労働組合が求めていた訴訟と、逆に会社側が労組に反訴した訴訟について、東京地裁は「団交拒否に正当な理由がない」として会社側に55万円の損害賠償を命じ、反訴を棄却する。