歴史改変を目論む“歴史修正主義者”による、過去への攻撃がはじまった。最強の付喪神“刀剣男士(とうけんだんし)”。ひたむきに、そしてほがらかに生きる“花丸”な日々の物語。倒幕派と佐幕派が世を二分し、刀の時代が終わりを告げた時代―――幕末。同じ主の元で戦った和泉守兼定とともに、雨の山道をひた走る。刀剣男士は刀に宿る想いを審神者が励起させ、顕現させた『付喪神』。“正しい歴史”を守ること。動乱の時代で、時間遡行軍との戦いに身を投じることになる。振るう刃に映すは光か、影か。