100分ニューヨーク州マンハッタンの路地裏を歩いていた酔っ払いの老婆はモンスタークラブという仮装バーにたどり着いた。その店では怪物のマスクを被らなければならないというルールがある中、次元大介と石川五右ェ門がカウンタに座っていたが、彼らはルパン三世が必ずやってくるという情報に従い変装して待ち伏せする殺し屋だった。配送業者が大きな荷物とともに到着し、東京から届いたルパン宛だと大声で説明するとゴリラに変装した男が手を振って合図を送ったため店内は騒然となった。峰不二子からの愛のプレゼントではないかとルパンが楽し気にその包みに近づくと、中から出てきたのは彼の宿敵・銭形警部だった。一瞬の隙をついたルパンが店外のバイクで逃走すると、銭形も負けじと店の脇に停めてあるバイクにまたがり後を追った。出遅れた殺し屋たちが店の外に飛び出すと、彼らを待ち受けていた本物の次元と五右ェ門が行く手を阻んだのだった。銭形からの追跡を逃れたルパンが宿屋に戻ると、暗い部屋の床にあの老婆が横たわっていた。彼女はルパンの古くからの顔見知りのロゼッタだったことから驚いたルパンはおっかなびっくりフロントに電話を掛けた。ところが男は居眠り中で無視されたため、どうしていいかわからないでいると背後からコインを投げられたのだった。ロゼッタが化けて出たと思い込んだルパンだったが、彼女は部屋の中にあったバーボンを勝手に拝借しただ単に酔っ払って寝ていただけだったのだ。そのお礼としてロゼッタは奇妙な話を始めた。紀元前5世紀頃、それまで繁栄を続けていたメソポタミア文明の都市バビロンがペルシャ軍によって滅ぼされた。ところがバビロンが滅びる寸前に現れた神が一帯の宝を集めて隠したという。その話の最中にニューヨークマフィアのボス・マルチアーノの手下が現れマシンガンでルパンの命を狙ったが、部屋に仕掛けておいた防弾ガラスによって形勢が逆転した。奴らをどうしてやろうかと思案しているうちにロゼッタが姿を消したため、ルパンは手下を解放した。バビロンの秘密を聞き出すためにルパンはマルチアーノに近づく計画を立てていたが、そのことを知ってか知らずかロゼッタは去り際にその謎に関係ありそうな古びた燭台を置いて行ったのだった。バビロンの黄金探しはマルチアーノの親の代から行われている大事業で、マルチアーノ自身も暗黒街の仕事を相棒のコワルスキーに任せて事業に取り組んでいる。父親が掘り当てた粘土板は解析が進み、バビロニア中の黄金を集めた塊が存在することまでは解読出来ていた。彼はルパンがその秘密に接触しようと試みていることを知り、コワルスキーに命じて殺し屋を差し向けたのだ。金の匂いを嗅ぎつけてマルチアーノに接触してきたのは不二子だった。大都会の地下駐車場に停めてあるフェアレディZの鍵を楊枝1本で開けた男は、エンジンを掛けると持ち主の横をすり抜け幹線道路に出た。気分よくドライブしていた彼は前を走っている護送車を追い抜こうとしたが、窓から見えた被疑者の女の美しさに目を奪われた。いくらアピールしても振り向かないことで信号が赤になったのにも気づかないほど熱烈な投げキッスを送った結果、オカマが乗った車のオカマを掘ったのだった。護送車が進み始めるとルパンは慰謝料を要求するオカマの口にハンカチを押し込んで黙らせ後を追った。走っても追いつかないことから交番の前にいた警官に事件が発生したとウソついて白バイを盗むと先回りして歩道橋の上から護送車がくるのを待った。通過するのと同時に飛び乗ると、護送警官が居眠りをしているのをいいことに逆さになって窓から顔を出し今夜デートしないかと話しかけた。その夜、女子刑務所に忍び込んだルパンは女の脱走を手引きした。監視たちに発見され銃撃を受けるものの持ち前の俊敏さで危機を乗り越え脱獄に成功したのだった。女はお礼のキッスを迫ってくるルパンが目をつぶると同時に隠し持っていたスペードのエースのトランプを投げた。するとそれが木の枝を切り裂き、枝はルパンの頭を直撃した。気を失って倒れていたルパンは不審な人物として警察に捕まった。彼は女の囚人服を着ていたからだ。江戸の捕物の名人・銭形平次から数えて七代目の銭形警部によって厳しい取り調べを受けたルパンだったが、証拠不十分で釈放された。その頃、ある青年を捜していた次元大介は教会を訪れていた。1974年3月5日午前8時、シリアの首都ダマスカスのある小さな喫茶店である組織に属する男があるグラビア雑誌を見てある大発見をした。そのグラビアの原版を拡大した物を見せると、モッキンパット牧師は知っていると大きく頷いた。そこに写った青年こそ由緒正しきアルセーヌ・ルパンの末裔のルパン三世だった。怪盗アルセーヌ・ルパンの子であるルパン二世は組織作りの天才で、父の後継者である彼は瞬く間に全世界の暗黒組織を配下に収めルパン大帝国を築き上げた。ところが配下の一人に裏切られたことをきっかけにして帝国はマカローニ一家に叩き潰されたのだった。帝国の生き残りである次元は、写真の青年の胸元に二世が実子に施したとされる紋章の刺青があることを見つけ、それがルパン三世であることを証明するために彼が育った孤児院を訪ねたのだ。次元がモッキンパットと別れの挨拶をしていると黒ずくめの男が乗り込んできた。それが組織の人間だとわかると彼は0.3秒の早撃ちで3発連射した。弾は入り口の男だけでなく潜んでいた二人の男にも当たり、こいつらのために祈ってやってくださいとモッキンパットに伝えると姿を消した。