formatのファイル(MHC_test4.var.vcf)を、テキストエディタで開いてみます。likelihoods">#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMAT./mapping_results/DRR003760/DRR003760.sort.bam./mapping_results/DRR003761/DRR003761.sort.bam./mapping_results/DRR003762/DRR003762.sort.bam63427377.ATTACTTAATTA71.2.INDEL;DP=2;VDB=0.0061;AF1=1;AC1=6;DP4=0,0,0,2;MQ=60;FQ=-35GT:PL:GQ1/1:110,6,0:70/1:0,0,0:30/1:0,0,0:3629829653.GT35.8.DP=13;VDB=0.0599;AF1=0.531;AC1=3;DP4=1,3,3,6;MQ=21;FQ=-8.43;PV4=1,7e-08,1,1GT:PL:GQ0/1:0,0,0:31/1:76,27,0:240/0:0,12,29:10629829659.TC77.4.DP=13;VDB=0.0459;AF1=1;AC1=6;DP4=0,0,4,8;MQ=22;FQ=-32.7GT:PL:GQ1/1:0,0,0:81/1:88,27,0:341/1:25,9,0:16629829682.TC10.9.DP=6;VDB=0.0254;AF1=1;AC1=6;DP4=0,0,1,3;MQ=21;FQ=-28.5GT:PL:GQ1/1:0,0,0:31/1:43,12,0:121/1:0,0,0:3629829850.TC97.DP=12;VDB=0.0001;AF1=1;AC1=6;DP4=0,0,9,3;MQ=21;FQ=-28.9GT:PL:GQ1/1:130,36,0:381/1:0,0,0:41/1:0,0,0:4VCFファイルの最初の方には、上のようにヘッダ行(#で始まるいくつかの行)があり、それが終わると、各SNPサイトの情報が書かれた行が始まります。formatの各列の項目を示しています。RでVCFファイルを読み込む場合、この行を1番上にヘッダとして入れたい。fileにおいて、#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMAT./mapping_results/DRR003760/DRR003760.sort.bam./mapping_results/DRR003761/DRR003761.sort.bam./mapping_results/DRR003762/DRR003762.sort.bamの最初にある"#"を削除します。次に、最後の3つの項目における"./mapping_results/DRR00376*/DRR00376*.sort.bam"における"./mapping_results/DRR00376*/"までの部分も、邪魔なので削除します。ファイルを上書き保存し、閉じます。fileをRに取り込むまず、Rを起動します。fileが置いてあるディレクトリを選択します。次に、Rコンソールで以下のコマンドを実行します。sep="\t")このコマンドは、MHC_test4.var.vcfをRに取り込んで、変数”MHC_test4_var"に格納する、ということをしています。エラーが出なければ、うまくデータが読み込まれているかどうかを以下のコマンドで確認します。fileのSNPsのリストが、header付きで20行分表示されると思います。表示したい場合は、引数の20を50などもっと大きくします(数字は表示する行数です)。fileの行数を数えます。以下のコマンドを入力します。length(MHC_test4_var[,1])"MHC_test4_var"の行数が表示されます。特定の列のみを表示する場合、以下のようにします。"INFO"]とします。Rを終了するときは、q()と入力します。Rコンソールの出力結果を保存しないときは「保存しない」を選択します。(4)月別アーカイブはてなブログをはじめよう!hashiyukiさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。