メモずいぶん久しぶりの更新(100日振り!)。LTS)にblasrをインストールした。苦戦したので、方法の簡単なメモを残しておく。GATK以下は個人的なメモ(覚え書き)になります。(@RG)が付いてないとエラーが出て解析ができないようです。formatVCFファイルの解析に使用するツールとしてGATKをダウンロード、インストールしました。以下は個人的なメモです。GATKのインストールには、以下の本のP.149-154を参照しました。N50-N100の値など)を確認したいときに便利なツールとして、assembly-statsを紹介します。暫定版です)前回の続きです。assembly)方法について書きます。assembly)方法について書きます。具体的には、DBG2OLCを使った方法について書いていきます。genomeを個人レベルで決定することもだいぶ現実的になってきました。assembleについて考えていきます。GenomeIGVにRefSeqなど、ヒトゲノム上の遺伝子アノテーションを取り込む方法についてです。Server"から、ゲノム上の位置に関連付けられたアノテーション情報を読み込むことができます。IGV次に、IGVで実際にリファレンスゲノムにreadsがマップされた結果を見てみます。デスクトップ上のIGVのエイリアスをダブルクリックします。Viewer)のインストールについての覚え書きです。最初に、以下のIGVのPageを開きます。Viewer"Download"のところをクリックします。sequencesにmapされなかったreadsを抽出する方法について。以下、ちょっとした覚え書き。formatのfileを生成します。Predictorを使ってSNPのアノテーションを行います。samtools2015-08-06ヒトゲノム参照配列に対して、NGSのリード(ERR251633)をbwaを使ってマッピングします。この辺りの解析は、以前のエントリと大体同じです。dataに前処理をします。(hg38)が最新のようです)。Browserのページからダウンロードできます。Genome2015-08-06まず最初に、マッピングを行うNGSのサンプルデータを入手します。このデータを使用します。HapMapで使用されている、東京に住む日本人のデータになります。よって配列決定されたヒト全ゲノムのデータを、ヒトの参照ゲノム配列にマッピングします。ここでの目標は、以下の3つです。Genome全ゲノムがすでに決定されている動物のリストから。fishes)に注目。Wikipediaから。魚類は11種(シーラカンス含む、軟骨魚類と円口類は含まない)。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。