SFGは、ベトコン対策を支援するため、南ベトナムに派遣される。おいて、不正規戦部隊の編成が開始される。指揮官たちは、自身の部隊の優秀な兵士が特殊部隊に編入されてしまうため、グリーンベレーを嫌っていた。正規軍からの叩き上げ軍人は特殊部隊を嫌悪する傾向があり、特殊部隊に志願しようとする兵士に嫌がらせが降りかかる程だった。ベトナム戦争を通じ、グリーンベレーが一貫して行っていた任務は、ベトナミゼーション(戦争のベトナム化)である。これは、《ベトナム戦争をベトナム国内の問題として、できる限り米国の軍事介入を避けるため、現地人の手に委ねよう》という試みである。1961年11月のブオンエナオでグリーンベレーはCIAの支援を受け、民間不正規戦グループ(CIDG)計画をスタートする。この計画は、ベトナム中部山岳地帯に住む少数民族モンタニヤール(モンタニヤード)に軍事訓練を施し、南ベトナム軍不正規戦部隊として活用するというものである。彼らは訓練の他に、モンタニヤールと共に生活しながら医療活動などを通じて信頼関係を築き、その結果、CIDG計画は成功を収めた。1963年の終わり頃には、米軍特殊部隊に忠誠を誓う18000名のCIDG攻撃隊員が120個中隊で編制され、グリーンベレーによる指揮のもと、国境周辺のパトロールや監視を行った。最大で、80もの前線基地で40000人のCIDG隊員が北ベトナム軍や南ベトナム解放民族戦線と戦闘を繰り広げた。ちなみに、当初アメリカ軍は、CIDG部隊を南ベトナム軍の指揮下に置くつもりであったが、彼らのような山岳少数民族は差別を受けるため、トラブルが絶えなかったという。そのため、CIDG部隊はベトナム戦争が終結するまで、米軍の指揮下で活動した。この様に、ベトナム戦争では大きな人的損耗出すこともなく、価値ある軍事支援を行ってきた。少数の軍事顧問によって、敵地に大規模戦闘部隊をつくりあげる、彼らが『戦力増強部隊』と自称する所以である。現在では地元人との意思疎通のため、現地語も学ぶ。ベトナム戦争時は任務のため語学訓練が不完全なまま現地入りしなければならなかったので、臨機応変な対処が必要だった。SFGを統括するため、「ベトナム派遣アメリカ特殊部隊司令部」がニャチャン(ナトラング)に設立される。1963年2月、アメリカ軍事顧問団は顧問軍と名称を変更し、1964年に南ベトナム軍特殊部隊(LLDB)の訓練を開始する。それまでは、各グリーンベレー部隊のAチームが半年交代の一時派遣であったが、戦闘が拡大したため、部隊ごとベトナムへ赴くことになる。SFG)」が編制される。1964年5月、「プロジェクト・デルタ(デルタ計画)」が始動する。この計画は、CIDG隊員とLLDB隊員に長距離偵察訓練を施すものだったが、実戦に投入されたのはCIDG隊員とグリーンベレー隊員の志願者の混成部隊だった。彼らは「ロードランナー」という通称で呼ばれ、チャールズ・ベックウィズ(後のデルタフォース創設者)の指揮下で行動した。初期編制は12個の偵察チームだったが、後期には16個へと拡大された。1個偵察チームは、グリンベレー2名とCIDG4名の計6名で構成される予定であったが、実際にはグリーンベレー4名、CIDG6名の計10名となった。この「特殊長距離偵察パトロール(LRRP)」は多大な戦果を上げ、後の1967年にはより攻撃的な戦闘偵察パトロール部隊へと発展。プロジェクト・シグマ、オメガ、ガンマの各部隊が誕生する。SFG分遣隊チームA-726の隊員12名とモンタニヤードの民兵が約300名、他数十名が、北ベトナム軍約900名と激しい攻防戦を展開(ナム・ドンの戦い)。SEALs、海兵隊のフォース・リーコン、空軍の第90特殊作戦飛行隊などの各不正規戦部隊を指揮・統制を行うため、新たにサイゴン近郊のタンソニェット空港内に設立された。行うための特殊部隊司令部であることをマスコミに隠すためのカバーネームである。指揮権はアメリカ国防総省、CIAが握っていたとされる。ベトナム戦争においても活動内容は秘匿性が高く、MACVや各部隊が所属している原隊についても作戦内容は一切明かされておらず、MACVの統制下というのは形式上であり、実際はCIAの秘密作戦を行うものだった。ベトナム戦争において、SOGがどのような任務を行ってきたかは現在でもほとんど公開されておらず、謎が多い。情報収集や救出、北ベトナム側の要人の誘拐・暗殺などを行っていたとされる[3]。1968年にプロジェクト・フェニックス(フェニックス計画/作戦)に参加。1970年には、LRRPは1200名のCIDGを指揮下に置き、越境作戦などを実施した。北ベトナムの敵戦線後方の偵察のみならず、ラオス、カンボジアにも侵入していたといわれている。