万事屋に人捜しの依頼が舞い込んだ。幕府に仕える由緒正しい家の娘が、家に帰らず行方不明だという。この件を穏便に解決したい依頼人の頼みを、しぶしぶ引き受け捜索を始めた銀時たちは、娘がよく遊びに来てたというクラブに聞き込みに行く。手がかりを得られず、人捜しに飽きた神楽は、娘に容姿が似ている男を連れて帰ろうとするが、その男の様子が急変する。駆けつけたウェイターの話では、最近この界隈に怪しげな薬が出回っているらしい。一人席を外し、二日酔いでトイレに籠もる銀時は、扉の外から声をかけられた...。交通事故に遭い、入院している新八のお見舞いに行った銀時と神楽。病院でも相変わらず騒々しい万事屋の面々。そんな銀時たちの話が聞こえたのか、向かいのベッドのじじいからある依頼を引き受けることに。それはじじいの甘酸っぱい想い出の女性を探し出すことだった。手がかりは、かつてじじいがどさくさの中で手にしたかんざしと、その持ち主が団子屋の看板娘だったという情報のみ。捜索を始める万事屋だが、今ではその団子屋を知るものもなく、早くも行き詰まる。一か八かでかんざしを定春に嗅がせ、匂いを辿らせようとする神楽。定春が導いた先は驚くべき場所だった...。地面に仰向けで倒れている銀時、青空は赤く染まっていく...。銀時はその場で意識を失うと病院へと担ぎ込まれた。ジャンプを買おうとバイクを走らせていた銀時は、携帯電話片手に運転をする車に突っ込まれたのだ。病院に駆けつけた新八たちは意識を取り戻した銀時と対面するが、彼は全ての記憶を失っていた...。それまでとは正反対の誠実な好青年のようになってしまった銀時を、何とか元の死んだ魚のような眼をした銀時に戻そうと、新八と神楽は銀時を連れて万事屋へ戻る。記憶が戻る兆しは見えない。仕方なく、きっかけを求めて江戸市中を彷徨う万事屋一行だが...。「男にはカエルにさわれて一人前、みたいな訳のわからないルールがある」違法薬物で利益を上げる幕府高官を誅しようとする攘夷志士の動きが活発化した。これに応じるべく、真選組に要人警護の命が下るが...。「脇だけ洗っときゃいいんだよ脇だけ」神楽は助けた少女から一日だけ友だちになってと言われて...。「男ならとりあえずカジキ!」池の畔で釣り糸を垂らす万事屋一行。そんな中、神楽の竿に大物のアタリが。それには緑の身体で頭に皿があった...。「扇風機つけっぱなしで寝ちゃうとお腹こわしちゃうから気を付けて」うだる暑さの中、扇風機が壊れてしまった。扇風機を手に入れるべく外に出る銀時だったが...。早くも定春の面倒を押しつけられた銀時は、過剰なコミュニケーションの前に息も絶え絶え。そこへ桂が珍妙な生物を連れて現れた。宇宙商人・坂本によって贈られたそれは、エリザベスという名のペットらしい。宇宙生物嫌いの桂がペットを連れていたことに銀時は驚く。そんな中、銀時たちはTV番組で変な動物を募集しているのを知る。優勝者に進呈される豪華賞品に目がくらみ、銀時たちは番組への出演を決めるのだった。昼間から公園でたそがれる長谷川に神楽が「何故昼間からこんなところにいるのか」と声をかける。一時の勢いでハタ皇子を殴り、入国管理局を首になった長谷川は、まるでダメなオッさん、略してマダオ街道まっしぐらだった。切腹を命じられ、夜逃げしようと家に戻るとマダオにはついて行けないと妻に逃げられる始末。色々なものを失った彼が唯一得た友人が、パチンコ店で仲良くなった銀時だった。ハタ皇子が再び江戸を訪れた。ペスを失ったことに心を痛める皇子は、今度こそ可愛いペットを得ようと、江戸市中の動物園を巡る。酢昆布をむさぼる神楽は、万事屋の前におかれた箱に愛らしい姿を見つけ、満面の笑みを浮かべる。それは、ちょっと...いや、かなり大きい犬のような生き物だった。銀時の反対を押し切り、神楽はその生き物を飼いたいという。定春と名付け、力の限り戯れる神楽とは対照的に、ことあるごとに噛みつかれ満身創痍の銀時と新八。定春に手を焼く二人は...。銀時たち万事屋の大家・お登勢はある夜、路地裏で腹を空かせ途方に暮れる猫耳の天人・キャサリンと出会い、彼女をスナックお登勢に迎え入れた。熱心に働き、よく気がつく彼女をお登勢はいたく気に入る。万事屋はといえば、神楽の旺盛な食欲に、財政はますます困窮。銀時たちは常に空腹を抱えているのだった。店の売り上げを何者かに奪われる事件が繁華街に頻発するようになる。そんなある日、警察が事件の捜査への協力を求め、スナックお登勢を訪ねてくるのだった。姉への贈り物にと、胸の部分に『宇宙怪獣ステファン』と書かれた名札が縫いつけられた、どことなくエリザベスに似た人形を手に帰宅する新八。ところが、家に帰った新八を待ち受けていたのは、狂戦士と化したお妙の長刀の斬撃。慌ててよけるものの、ステファンは長刀に貫かれてしまう。ステファンを握りつぶしながらお妙が語る怒りの原因...それは、昨今江戸市中を騒がせる下着泥棒に下着を盗まれたというものだった。姉の怒りをなだめるべく、新八は銀時に相談を持ちかけるが...。楽して儲けようとパチンコに運命を委ね、そして散った男たちがいた。拾った小銭で買った棒アイスを咥えながら自らの行いを悔いる銀時と長谷川。そんな二人のもとに、うまい儲けが飛び込む。海に出没する宇宙生物に懸賞金が掛けられたというのだ。エイリアンを一本釣りし懸賞金を掴もうという銀時と長谷川の提案で、海へ向う万事屋一行。海にたどり着いた彼らを待っていたのは、閑散とした浜辺と海の家で焼きそばを焼くオヤジだった。実はこの懸賞金は...。銀時に別れの言葉をつげられた神楽は、失意のまま、父・星海坊主とともにターミナルの宇宙船乗り場にいた。神楽を解雇したことを銀時から聞きいた新八は、神楽が万事屋を、そして銀時をどれだけ大事に思っていたか考えろと食って掛かる。自分も辞めると言い放ち、万事屋を去るのだった。発進を控えた宇宙船の貨物室では、ハタ皇子のじいが積み荷の整理を指示していた。気味の悪い積み荷に怯える整備員たちの目の前で、じいが一つの瓶を割ってしまう。それが、江戸を混乱に陥れる事件の始まりだった...。侍の国―そう呼ばれていたのは今は昔。侍たちが仰ぎ夢をはせた江戸の空には、突如舞い降り台頭した『天人』の船が飛び交い、街には天人たちがふんぞり返って歩く。侍は剣も地位も、そして誇りも失った...。そんな江戸の街で万事屋を営む坂田銀時の元に依頼人・加藤健が現れる。無くした物を取り戻したい。そのためには三千万ほど必要だという。身に続く不幸を語る加藤に、万事屋はやむなく協力することになる。そのころ、江戸の片隅では天人カリヤとその一味が、江戸掌握を目論み策謀を交わしていた...。将軍が姿を見せる祭りを前に、お登勢率いるかぶき町町内会一同は江戸一番の発明家、平賀源外の元に詰めかけていた。昼夜問わず騒音を立て、ガラクタばかりを作り続ける源外に、ついに堪忍袋の緒が切れたのだ。お登勢に動員された万事屋一同は、目には目をとばかりに大音量のカラオケで対抗するが、突如として現れたロボット「三郎」に阻止されてしまう。有無を言わさず源外の工房を河川敷に引っ越しさせた万事屋だったが、三郎をはじめ、源外が作り上げたロボットはみなボロボロに。将軍が列席する祭りにカラクリ芸を披露するために作り上げたという源外だったが...。なにやら危険な雰囲気の男が江戸に姿を現すのだった。