今から6年前、水面下数千メートルにある太古の地層で眠り続けていた謎の怪獣が原子力潜水艦の海底爆発事故によって目覚めた。東京湾に現れたその怪獣は上陸後、市街地を火の海に変えたが、自衛隊の攻撃を受けて死んだ。ところがあの怪獣の子供が発見されたことで、罪滅ぼしとばかりにダイゴロウと名付けて保護することになったのだ。その任務には動物園の飼育員の斉藤が抜擢されたが、その理由は子牛やヤギの世話をした経験があるということだけだった。斉藤の愛情を受けたダイゴロウはすくすくと育ったが、大きくなり過ぎて孤島に隔離されるようになった。食欲も旺盛であることから今では国費で賄っていたエサ代の予算も底を尽きようとしていたのだ。ダイゴロウは成長期に入ったことで更に食欲が増し、一日50~60キロの食料では間に合わなくなった。そこで斉藤は環境衛生省の鈴木を呼び出し何とかして欲しいと頼んだのだが風向きは変わらなかった。ダイゴロウを救いたいと願う発明家のオジサンは、エサ代を何とかしたいと考え自分の技能を活かした挑戦をすることにした。それはBCB-TVの人気番組「ビックリ発明大ショック」に出演し、制作したエアロバイクで1分間空を飛んで賞金の200万円を手に入れることだ。ところが離陸直後にエアロバイクは大爆発を起こし、飛んだのはオジサンの方だった。パラシュートで何とか命拾いしたが、引っ掛かった木から滑り落ちて右足を骨折し病院に運ばれた。その後、退院したオジサンは青葉台駅前で街宣活動を行いダイゴロウの救済を訴えたのだが、俺たちの税金を無駄に使うなと通りがかりの男たちから猛反発を受けた。その様子に黙っていられない大工の熊五郎がなだれ込み、オジサンを擁護するつもりで大暴れしたことで聴衆の理解は益々遠のいたのだった。子供たちのお小遣いだけでは到底足りないことから、オジサンは新たな発明品の開発を始め、熊五郎も大好きな酒を我慢してその分を寄付することに決めた。ある日、政府はダイゴロウのエサ代を節約するためにアンチグロウという薬品で成長を止める方針を打ち出した。新聞でそのことを知ったオジサンが発明にやる気を出す一方、斉藤はアンチグロウを使うことをためらっていた。その煮え切らない態度に怒った鈴木は自ら食料にそれを混ぜたのだった。ダイゴロウは事情を察したかのようにそれを口へ運んだ。その新聞記事を読んで熊五郎のはらわたが煮えくり返っていた頃、オジサンはついに発明品を完成させた。ビックリ発明大ショックに出演すると「雨降りミサイル」を披露した。それは雲の中の水蒸気を冷やすことで雨を降らせる人工降雨装置で、3分以内に雨を降らせることが出来れば今度こそ200万円を手にすることが出来るのだ。ミサイルの打ち上げは成功し程なくして雨ではなく雪が降り出した。テレビ局側はそれを成功とみなし200万円の小切手を手渡したが、オジサンは知っていた。装置が地上に落下していたことを。雪が偶然の産物だったことを。良心の呵責を感じるが、ダイゴロウのことを思うと本当のことを明かせなかった。月夜国際空港にイギリスの私立探偵エルロック・ショルメが到着した。彼の目的はドグラニオ・ヤーブン率いる異世界犯罪者集団ギャングラーによる全ての犯罪の解明、そして義賊集団として活動する快盗戦隊ルパンレンジャーの正体を暴くことだった。つかさはそのことを恥じていた。空港でマスコミやファンに囲まれる中、用意された車に乗り込もうとしたエルロックはあることに気づいた。一人だけ離れた場所に立つ中年の男が首から記者証を下げているにも拘らず一切ペンを動かしていなかったからだ。自分を見つめる目つきが鋭かったことからギャングラーだねと問いかけると、記者の男は即座に否定した。ところが「さすが名探偵!」と絶賛する声とともに飛んできたカードが男の顔を切り裂き、ついに正体を現したのだった。ウィルソンはエルロックの命を狙うために派遣されたギャングラー怪人で、警備をしていた圭一郎たちが対処しようと前に出ると、今度は三人組の快盗が颯爽と現れたのだった。快盗たちはルパンレンジャーに変身するとお宝を奪うためにウィルソンに近づいた。圭一郎たちは市民の安全を守るためにパトレンジャーとなって戦闘に参加した。残忍なザミーゴ・デルマによって夜野魁利は兄の勝利を、宵町透真は婚約者の大平彩を、早見初美花は親友の一ノ瀬詩穂を失った。ある日、稀代の大快盗アルセーヌ・ルパンの末裔に仕える中年男の執事コグレが彼らの前に現れルパンレンジャーにスカウトした。アルセーヌは異世界人が作り出したアイテムを密かに収集していたが、コレクションの大半をギャングラーに奪われてしまった。コグレが希望するルパンコレクションの奪還と、一縷の望みをかけて愛する人を救い出したいという魁利たちの願いによってルパンレンジャーは誕生したのだった。ルパンレンジャー、パトレンジャー、ウィルソンと戦闘員ポーダマンによる三つ巴の戦いを遠くから眺めていた謎のギャングラー怪人は両手から放った狐火で撹乱した。隙を突いたウィルソンはルパンレッドとパトレン1号を異世界へ引きずり込んだのだった。そこはギャングラーの世界で、ウィルソン、ドグラニオの右腕デストラ・マッジョ、ドグラニオの側近ゴーシュ・ル・メドゥに取り囲まれた二人は窮地に陥った。84分アメリカ海軍が開発した新型高性能魚雷の攻撃状況がマスコミ向けに公開された。その追跡魚雷には特殊な記憶装置が搭載されており、攻撃目標を素早く探知すると分析データに従って目標を完全に誘導、捕捉、破壊するのだ。実験は東日新聞の科学担当記者の安部やカメラマンのジェニー・グリアゾンなどが乗る攻撃潜水艦から北西3千ヤードに位置する目標潜水艦に対して行われ、その様子はモニターに映し出された。攻撃潜水艦から発射された2発の追跡魚雷は目標潜水艦から放たれた超音波ゾンデを掻い潜って進行を続けたが、何故か命中しなかった。その後、追跡魚雷は進路を変え攻撃潜水艦に向かってきたことで、ブラウン中佐は急遽破壊命令を出した。その際カメラの前を人影のようなものが横切りモニターでその様子を目撃した新聞記者たちは説明出来ないブラウンを問い詰めた。困ったブラウンは水死体に違いないと説明して納得させようと試みたが、破壊に失敗した追跡魚雷が被弾したことで実験を中止せざるを得なかった。攻撃潜水艦は軽微な損傷で済んだ。攻撃潜水艦の中に原子バイシャルセンターのハワード教授が乗っていたことが気になっていた安部は、後日ジェニーを引き連れて海に潜ることにした。孤島に聳え立つ原子バイシャルセンターには世界中の原子炉の灰が集められるが、灰は実験場近くの海底2万フィート地点に捨てられていることを突き止めていた。実験地点にボートを泊めると二人は海深く潜って行ったが、崖の上からその様子を監視していたのはハワードとブラウンだった。モニターに映った人影に関する調査は軍の首脳会議で極秘事項とされ、島の警戒も厳重にするよう命じられていたのだ。ハワードはこの島で起きている奇妙な出来事を口にした。夜中に何者かが上陸している形跡があるのだ。ダイビング禁止である島の規則に反して若者が行うことが稀にあるが、潜水用の水掻きにしては形状がおかしいのだ。ブラウンは悩んだ末に上層部への報告を保留した。その頃、安部は海中でシートのような漂流物を発見し、ジェニーはシャッターを切った。ところが不注意でカメラを落としてしまい二人はそれを追い掛けた。安部は一旦ボートに戻ったが、ジェニーは諦めずに捜索を続けついにカメラを発見した。急いで安部のもとにたどり着こうとするジェニーだったが、気配を感じて振り向くとそこには奇妙な生物が立っていた。彼女は慌ててシャッターを切ったが襲い掛かる生物を振り切って逃げるのが精一杯で再びカメラを落としたのだった。海中での異常を感じた安部がすぐさま飛び込んだことでジェニーは事なきを得たのだった。ジェニーはシーサイドクラブにいるブラウンに海底で体験したことを報告したが、長時間潜水したことで起きる減圧症を疑い信用しなかった。精神分析検査の話を持ち出したため安部の怒りは頂点に達した。ブラウンが何かを隠しているに違いないと考えた彼は証拠が記録されたカメラを探しに行くことに決めた。寛政大学4年の清瀬灰二(ハイジ)は、校内で野宿する新入生の蔵原走(カケル)を強引な手段を使って自分が寮長を務める竹青荘に入居させた。古びた竹青荘には留年し続けるヘビースモーカーの平田彰宏(ニコチャン)、司法試験に合格済みの知性派・岩倉雪彦(ユキ)、マンガオタクの柏崎茜(王子)、クイズマニアの坂口洋平(キング)、アフリカからの国費留学生ムサ・カマラ(ムサ)、心優しい性格の杉山高志(神童)、そして双子の新入生の城太郎(ジョータ)と城次郎(ジョージ)が住んでいた。この寮に住むと陸上部に入部届が出され自動的に関東陸上連盟に登録されるというハイジ独自のルールがあり、家賃3万円に食事つきいう好条件の代わりに毎朝5キロを走らなければならなかった。今いる入居者たちはハイジがスカウトした面々であり、カケルは彼が構想するジグソーパズルのラストピースだった。寛政大学の陸上部は弱小であることから、ハイジは長距離のチームを一から作ろうと考えたのだ。彼の頭の中にあるのは箱根駅伝を目指すこと。時間は1年半弱しか残されていなかった。強豪校が出そろう大会に幽霊部員だらけの陸上部が出場出来るはずがないとカケルは悲観するが、竹青荘の大家であり陸上部の監督でもある田崎源一郎から励ましを受けたことで引くに引けなくなった。ハイジは個人差によって練習メニューを変えることにした。自分とカケルにはハードなメニュー、王子は緩やかに、そしてその他のメンバーには中間を位置づけた。コースはトラックでもロードでもないクロスカントリーを選択した。土の方が足への負担を軽減出来るからだった。1周=2.5キロをカケルは8周、つまり20キロ走ることになる。ハイジはその中にジョギングを組み込み、飽きがこないように配慮した。毎日、クタクタになるまでメンバーが練習を続けることで、カケルは彼らが本気であることを感じ次第に心を開いて話すようになった。ニコチャンたちがその気になったのはハイジに頭が上がらないからだ。おいしい食事が出来るのも、トイレがいつもきれいなのも、大事な試験の朝に母親のように起こしてもらえるのもみんなハイジがいるからなのだ。前日、念願のユニフォームが完成しみんなの士気が上がる中、ハイジは17分以内を目標に設定することを発表した。箱根の予選会に出場するには5千メートルを17分以内、もしくは1万メートルを35分以内の公式記録を持つ必要があるからだ。楽勝ムードが漂う中、トップレベルのチームはそんなものではないとカケルは注意を促した。するとハイジは、今回は17分以内で十分だとし、思い切り走って大学陸上界に挨拶してやろうと勇気づけた。108分1999年、赤道附近にある国の村で奇妙な生物を見つけたという連絡を受けた長峰真弓は現地で調査を行うことになった。到着したときには既に死骸となっていたが、それは彼女にとって忘れたくても忘れられない形状をしていた。その生物は4年前に人類を恐怖のどん底に陥れた超遺伝子獣ギャオスという翼竜の雛だった。他にいなかったかと真弓が尋ねると村人は皆同じ方向を指差した。かいこうが海底の調査中に「ガメラの墓場」という呼び名にふさわしい無数の骨を発見した。亀のような形状のガメラはかつて存在した超古代文明が生み出した生物兵器だった。東京で起きたガメラとギャオスによる壮絶な戦いの巻き添えで最愛の両親を失った比良坂綾奈は、弟の悟とともに奈良県南明日香村に住む日野原家で世話になっていた。中学生の彼女にとって両親だけでなく幸せな家庭まで奪われたガメラへの憎悪は計り知れなかった。悟とは違い、新しい生活に馴染めない綾奈は日野原家ばかりか学校でも浮いた存在になっていた。放課後、クラスメイトたちに八代の沢へ連れられてこられた綾奈は「柳星張」が眠るという古い祠の中から封印する石を持ってくるように命じられた。彼女は仲間の一人として認められたいという一心で祠に入りその石を見つけた。砂を掃うと柳星張は亀甲のような模様をしていたおり、それを見てガメラのことが頭をよぎった。無意識に左手をその上に置くと石は輝き始めたのだった。綾奈はそれを外に持ち出そうとしたが、噂を聞いて駆けつけたクラスメイトの守部龍成の説得で元の場所に戻した。龍成はここで見たことを誰にも言うなと釘を刺した。柳星張ことが気になって仕方がない綾奈は考古学に詳しい日野原の長男で大学生の繁樹にさりげなく尋ねてみた。月は28日で天球をひと回りすることから、昔の中国や日本では二十八宿と名付けて天を分けていた。それを東西南北の七宿ずつに分け、南の西側から3、4、5番目にあるのが柳、星、張だった。この三宿が西洋の星座ではうみへび座に当たり、柳は頭、星の位置には南都の守護神を示す赤い星があった。高松塚古墳の壁には守護神として東に青龍、西に白虎、北に玄武が描かれており、崩れた南には朱雀が描かれていたと考えられた。うちの大学では柳星張が朱雀であり南からくる敵に備えているのではないかと考えていると繁樹が言うと、綾奈はそれが何なのかが気になった。