formatVCFファイルの解析に使用するツールとしてGATKをダウンロード、インストールしました。以下は個人的なメモです。GATKのインストールには、以下の本のP.149-154を参照しました。以前、VCFファイルから必要なデータを抽出する方法として、Rを使う方法を少し書きました。formatのfileを生成します。Predictorを使ってSNPのアノテーションを行います。frequencyの分布を視覚化してみます。ここでは、Rの"plot"関数を使用します。fileには様々な情報が含まれていますが、そのままでは情報が多すぎて、ちょっと見づらいです。fileに含まれる情報を整理する方法を考えます。formatファイルをダウンロードして、Rで読み込む方法を解説します。PredictorによるSNPのアノテーション結果について説明します。解析がうまく行くと、このような結果の画面を見ることができます。多型解析2015-05-18以下の記事も参考にしています。fileに説明されています。formatによるDNA多型(SNPおよびindel)の記述方式を読み解いていきます。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。