Tools系統地理などでよく使うハプロタイプネットワークの作成で、PopARTというソフトが使いやすい。http://popart.otago.ac.nz/documentation.shtml名前の通り、原色のpopなHPである。メモずいぶん久しぶりの更新(100日振り!)。LTS)にblasrをインストールした。苦戦したので、方法の簡単なメモを残しておく。2.7を切り替えることがあるので、その方法についてのメモ。pyenvを使用する。以下のサイトを参考にした。pyenvのインストールから、python3.6.0のインストールまではこちら。(Ubuntu12.04)でマウントする(メモ)メモHDDをフォーマットするときにしばしば迷うのでメモ。MacでのHDDのフォーマット(MacOS拡張(ジャーナリング))は、Linux(Ubuntu)で普通に読み書き可能でマウントできるらしい。GATK以下は個人的なメモ(覚え書き)になります。(@RG)が付いてないとエラーが出て解析ができないようです。formatVCFファイルの解析に使用するツールとしてGATKをダウンロード、インストールしました。以下は個人的なメモです。GATKのインストールには、以下の本のP.149-154を参照しました。N50-N100の値など)を確認したいときに便利なツールとして、assembly-statsを紹介します。暫定版です)前回の続きです。assembly)方法について書きます。assembly)方法について書きます。具体的には、DBG2OLCを使った方法について書いていきます。genomeを個人レベルで決定することもだいぶ現実的になってきました。assembleについて考えていきます。Viewer)のインストールについての覚え書きです。最初に、以下のIGVのPageを開きます。Viewer"Download"のところをクリックします。sequencesにmapされなかったreadsを抽出する方法について。以下、ちょっとした覚え書き。V5"はHLA領域の遺伝子をどのくらいカバーしているかを見てみます。Genome全ゲノムがすでに決定されている動物のリストから。fishes)に注目。Wikipediaから。魚類は11種(シーラカンス含む、軟骨魚類と円口類は含まない)。メモRNA-Seqで得られる多数の異なる遺伝子座のデータをもとに系統推定をする方法について、以下では考えていきます。以下には、解析の方針を箇条書きにしてみます(変更の可能性あり)。fileのinputから、MrBayesのinfileを順次作成して、順次MrBayesによる解析を実行する。(*.in)をmbsumで作成する。(.nex)に変換するスクリプトです。block(パラメータは固定)が付きます。引数はワイルドカードに対応していません。TrinotateによるRNA-...このブログの方針2015-03-24はじめましてメモノロウイルス感染で自主的な出勤停止(今日まで)をしているため、暇なのでとりあえず登録してみた。