sequencesにmapされなかったreadsを抽出する方法について。以下、ちょっとした覚え書き。(.sam)を圧縮したファイル。コマンドで作成します。fileをもとに行うことが多いです。tviewやTabletなどでmapping結果を見る際にも使用します。formatで抽出する方法について。Novocraftを参考にしています。いうか、以下はこのサイトの(ほぼ)日本語訳です。fileから抽出することがが必要となるケースはしばしば生じる。Samtoolsを使うことで、この作業は容易に行うことができる。(中略)この作業は以下の2つのステップで行われる。fileから再度アラインメントすることも可能である。packageの"bamToFastq"を使用する。readsに対するフィルタリング次に、以下3つのカテゴリーでreadsのフィルタリングを行う。commandで抽出することができる。fileでも可能である。(merge)し、readsの名前順にsortする。endの相手を正しく得るために必要である。packageのbamToFastqプログラムを利用する。endの場合はもっと簡単に、以下の1行コマンドで抽出できる。fileの形式を理解する必要がありそうです。fileがどのように記述されているか、については、日本語で以下のサイトが参考になりました。fileの2列目は、FLAGという形式で、readの状況を表わしているようです(2進数の10進法表示!?)。Groupを付ける(GATKへの対応)以下は個人的なメモ(覚え書き)になります。fileの作成(Tr...以下のエントリーの続きです(じつに96日ぶり!)。(4)月別アーカイブはてなブログをはじめよう!hashiyukiさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。