普通選挙によって選出され、任期は5年。現行の憲法は1993年憲法であり、同憲法の規定では大統領の権限が強力であるが、大統領の再選は2000年の憲法改正により禁止されている。大統領によって首相に当たる閣僚評議会議長が任命される。立法権は一院制の共和国議会によって担われ、議会の定数は120人となっている。司法権は最高裁判所によって担われる。1980年頃から反政府左翼ゲリラの活動が活発になった。センデロ・ルミノソとトゥパク・アマルー革命運動(MRTA)が反政府活動の主流である。これら左翼ゲリラの活動と軍との衝突によって、農村部の人口を中心に3万人を超える犠牲者が出たと言われている。1990年に誕生したフジモリ政権は治安回復に取り組んだが、少数与党であった為議会運営に問題があったため、議会と憲法を停止するという強引な方法で全権を掌握し、対ゲリラの治安対策と経済対策を行った。この手法は民主主義に反すると諸外国から抗議があったが、センデロ・ルミノソのグスマンをはじめとする左翼ゲリラの最高責任者を逮捕するなど治安回復に効果をあげた。経済政策にもインフレ抑制など特筆すべき成果を挙げており、貧困層からは未だに人気が高い(要出典)。