総合プロジェクトである「デジタル・ミュージアムの運営および教育への展開」プロジェクトによって企画・運営されている。(同プロジェクトの構成員については日本文化研究所の事業紹介ページを参照)。國學院大學デジタル・ミュージアムは平成21(2009)年5月15日より正式稼働している。研究成果の統合的なデジタル化・情報発信事業に取り組むことを重要な目的とした日本文化研究所の総合プロジェクト「デジタル・ミュージアムの構築と展開」プロジェクト(平成19(2007)~平成21(2009)年度)が中心となり、その円滑な推進のために横断的な企画委員会を設置し、議論を行ってきた。(以上職員)また、各データベースの本デジタル・ミュージアムへの移行に関する技術的な問題に関して、企画委員会において横断的なワーキンググループを選任し、そこで議論を行ってきた。なされた平成21(2009)年度以降は、日本文化研究所の総合プロジェクトを中心としながら、引き続き年度毎にワーキンググループを組織し、協力して運営にあたっている。