一人の外交官がヒトラーの魔の手から逃げてきた人々を命がけで救った物語である。フィンランドで日本の外交官として生活を送っていた杉原千畝に、本国からソ連とドイツ軍の動きを諜報する為、バルト海に面する小国、リトアニアに転任命令が出た。そんな矢先、ドイツがポーランドに侵攻し第二次世界大戦が勃発する。ヒトラーのユダヤ人迫害は、ますますエスカレートしていき、ユダヤ人達の生活は一変する。ドイツ軍の戦火はヨーロッパ全土に広がり、杉原が駐在するリトアニアも、ソ連軍に進駐され、杉原一家の生活も変わっていった。そんな中1940年7月18日、杉原の日本領事館に、ソ連を横断し日本へ渡り、第三国へ出国を希望する人々が「日本の通過ビザ」を求めて押し寄せた。ビザの発給条件を満たしている人など皆無だ。杉原は、ビザの発給を本国に打診するが、本国の回答は「否」。このまま見捨てたら、ユダヤ人達は間違いなくヒトラーに殺される。彼らを助ける事は、自らの命だけでなく家族の命も危険にさらす事になる。「祖国への忠義」「自分の良心」「家族への愛」...苦悩の末、杉原はついに「決断」する。