夏から秋にかけて盛んにつるを茂らせてきたナガイモやイチョウイモ、ジネンジョなどは、晩秋になり寒風が吹き始めると、茎葉は黄変し、やがて枯死します。掘り取りはこのような情況をよく見極めて判断することが大切です。(1)掘り取る適期ナガイモは葉がすっかり黄変し、全体が枯れ始めた状態になった時です。緑の葉が残っている頃に、早く掘り過ぎると、芋をすりおろした際に褐変しやすくなってしまいます。イチョウイモは低温に弱いので、葉が黄変、枯れ始めたなら、早めに掘り取りましょう。ジネンジョは葉が黄変、枯死してしまってからでも良いです。(2)掘り取り日できるだけ晴天続きを見計らって行うことです。雨後で畑が過湿状態のときに掘ると、貯蔵中の腐敗が起こりやすくなります。ナガイモは根を地中深く形成しており、深い所は地温が下がりにくいので、低温害を受けにくく、天候を見て掘り取り日を決めるゆとりがあるので、作業には好都合です。(3)掘り取り作業の手順つるを芋の首の上5~6cmの所で刈り取り、茎葉を片付けてから掘り取りにかかります。ナガイモは組織が柔弱で、折れたり傷つきやすいので、株の周り30cmぐらい離れた所からスコップを立てるようにして少しずつ慎重に掘り進みます。芋の先端を見極め、それより少し深い位置まで、十分注意して土を取り除き、芋を傷つけないよう丁寧に掘り上げます。図のように幅の狭いスコップや鉄棒などを用いると上手に掘ることが出来ます。直射日光や強風に当てないよう土や覆いを掛けて、肌を乾かさないよう畑から持ち出します。少量の芋を短期間保存するには新聞紙にくるんで、冷暗所に置くだけでよいです。取れた場合には、排水の良い場所を選び、図のように深さ25~30cmほどの穴を掘って芋を並べて埋め、雨がたまらないよう土を盛り上げて覆います。貯蔵の好適条件は温度4~5度、湿度85~90%とされています。低温貯蔵庫でこの条件に設定、制御すれば長期間品質を保つことが出来ます。