lifeやったことや考えたこと・本・論文・音楽の備忘録。化学物質の汚染にさらされたとき、ある生物種の個体群(または複数種の集まりcommunity)が化学物質に対する耐性を持つことは良く知られています。殺虫剤に耐性を持つ蚊や抗生物質の効かない薬剤耐性菌などが特に有名ですね。化学物質に対する生物種の感受性は、経験的に対数正規分布にフィットすることが知られています。その性質を利用して累積分布関数で種の感受性を表現したのがSSDです。Blogで紹介されていた論文。分子生物学ここに書いた話の続き。ある未知生物のDNAからミトコンドリアCOI様配列が見つかった時、それが本物のCOI配列の場合もあれば、核DNA配列の場合もあれば、バクテリア配列のコンタミの場合もあります。ダイオキシン類はAhRと結合しないと言われてます。novoアセンブリするとき、どのツールを使用するかの話。ロングリードは長いけどエラー率高い。分子生物学ある生物種のゲノム解析をしていて。I(COI)配列と大きく異なっていました。Genes)の結果と絡める方法について書きます。networkをSTRINGdbから取得します。Genes/Proteins)。以下は、そのデータを使ってRでネットワーク解析してみた個人的な備忘録です。Pathways)に関する話。papers+αを読んで、AOPの理解が進んだので備忘録的に書いておきます。分子生物学ひと月くらい前に読了。バイタリティに富んだ人間という一言に尽きます。彼が海軍衛生兵としてベトナムへ従軍していた時の話。腹部に傷を負った二人の男が同時期に病院に運ばれてきた。ひとりは生きて当然だと思われたが、すぐに息を引き取った。Pathways)の構築に、網羅的な生物応答の解析技術(omics)を用いて何ができるかというお話し。omicsの中でも特にtranscriptomicsについて。analysis)のはなし。気晴らしで読んだ論文。Assembly)という区分だそうな。提出するfastaファイルは以下の形式に則っていないとダメだそうです。outcomesのメカニズムを明らかにしようという研究について。分子生物学マイクロアレイやRNA-seqの遺伝子発現データから、機械学習を使って情報を引き出す話。発がん性物質に曝露したデータと曝露してないデータを与えて、発がん性の有無を識別できる遺伝子(バイオマーカー)を探索する研究などがあるかと思います。遺伝子Aの発現量が条件αと条件βで変わらないかどうか、リアルタイムPCRで調べたい。rRNAの真ん中あたりに切れ目が入っていることをこの記事に書きました。deletionと呼ばれているみたいです。論文リアルタイムPCRを用いた遺伝子発現解析の原理、実験手法やデータ解析法について。分かりやすく丁寧なのは、タカラやサーモの日本語解説でしょう。サーモの「リアルタイムPCRハンドブック」は最高。動物組織から抽出したRNAの分解度合は、電気泳動によって評価するのが普通です。なる指標で分解度を評価します。NGSD2のWさん関係で、環境DNAに最近興味あり。分子生物学RパッケージのGOseq。日本語でも、GOseqの使い方の説明はネット上に散見されます。多くはヒトなどゲノム情報が手に入る生物種を対象にしていて、いわゆる非モデル生物の場合の説明は見かけません。マニュアルを見ても、コードの例までは書いてません。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。