lifeやったことや考えたこと・本・論文・音楽の備忘録。化学物質の汚染にさらされたとき、ある生物種の個体群(または複数種の集まりcommunity)が化学物質に対する耐性を持つことは良く知られています。殺虫剤に耐性を持つ蚊や抗生物質の効かない薬剤耐性菌などが特に有名ですね。化学物質に対する生物種の感受性は、経験的に対数正規分布にフィットすることが知られています。その性質を利用して累積分布関数で種の感受性を表現したのがSSDです。論文というかエッセイのような書き物。ヨコエビのメスは脱皮直後にしか産卵しないため、オスはその瞬間を逃さぬようメスを背後から抱きかかえて過ごします。小説ノーベル賞受賞前からM氏にオススメされていたけどスルーしていたカズオイシグロ。「合成生物学の衝撃」で引用されていて、俄然興味が出て読みました。Databaseある生物のドラフトゲノムをどこに公開しようかと思ってたら、こんな論文見つけました。Blogで紹介されていた論文。別に海外で就職したいとは思ってませんが、評判良かったので。筆者の在籍しているイギリスと、アメリカの大学の話多め。文系の研究者のインタビューもありますが、どちらかというと理系の話がメインです。分子生物学ここに書いた話の続き。ある未知生物のDNAからミトコンドリアCOI様配列が見つかった時、それが本物のCOI配列の場合もあれば、核DNA配列の場合もあれば、バクテリア配列のコンタミの場合もあります。ダイオキシン類はAhRと結合しないと言われてます。日記スイスに本社を置く中国系の学術誌出版社MDPI。MDPIの雑誌は、BiologyとかChemistryとかMetabolitesとか一単語のジャーナル名が多く、全部オープンアクセス。頻繁に勧誘メールを送り付けてくることで有名。2019年9月からは東京にオフィスを構えたとか。NGS※2019.10.16追記。3に対応したそうです。タイミング悪かった...。この記事(MaSuRCAのインストールエラー)の続き。今度はCanuよりも評判が良いFlyeをインストール。assayデータが生み出されています。それらのデータを、環境中の化学物質モニタリングデータと組み合わせて、リスクの高い化学物質をスクリーニングしようと試みた論文。本どうして買ったのか忘れたけど、家にあったので読みました。ブロックチェーンやインターネットなど技術の発展により、各個人や企業が独自の経済圏を作り出すことができるようになり、国家のような中央集権的な構造から自由になった。LinuxNanopore現場の会、行けなかった。楽しそうだったので残念です。MinIONとMiSeq・HiSeqで読んだリードをいろんなアセンブラにかけようと試しているところ。novoアセンブリするとき、どのツールを使用するかの話。ロングリードは長いけどエラー率高い。分子生物学ある生物種のゲノム解析をしていて。I(COI)配列と大きく異なっていました。Meeting@Helsinkiに参加してきました。Americaを含めてこれで3度目。正直なところ、若干飽きてきたかも。読んだのは大学生のとき以来。セリフとト書でほぼ構成されていて、安部公房の作品の中ではかなり読みやすいです。「乱交の生物学」に続いて性の進化についての本。著者ジャレドダイアモンドの著作です。