lifeやったことや考えたこと・本・論文・音楽の備忘録。論文リアルタイムPCRを用いた遺伝子発現解析の原理、実験手法やデータ解析法について。分かりやすく丁寧なのは、タカラやサーモの日本語解説でしょう。サーモの「リアルタイムPCRハンドブック」は最高。それらを読んだ後に、将来論文に引用することを想定して読むべき文献は、下のようなものでしょうか。611-622.論文など公表するときに記載するべきことのリスト。MIQEガイドライン。公表する際のチェックリストですが、実験を始めるときにこれが頭に入ってると良いでしょう。逆転写活性の阻害・PCRの阻害をチェックすべし、というのが必須項目に挙げられてますが、ちゃんと実施している論文は結構少ないかも。ProtocolのRT-PCR法まとめ。データ解析法は詳しくないですが、実験手法は一通り詳しく書いてます。S1-S5.MIQEガイドラインに則った実験手法まとめ。リファレンス遺伝子の選択について遺伝子発現解析は、ハウスキーピング遺伝子群(リファレンス遺伝子)とターゲット遺伝子との発現量の相対比較でおこなうのが主流です。rRNAやβアクチン、GAPDHなどがよく使われていますが、これらの発現量は条件によって変動することが広く知られています。実験系によってリファレンス遺伝子を選び直すステップが必要になります。どのようにしてベストなリファレンス遺伝子を選ぶのが良いのでしょうか。いくつかの方法が提案されています。BestKeeper、NormFinder、geNORMの3つを下に記しておきます。509-515.BestKeeper。Excelファイルがwebで配布されてます。全部の候補リファレンス遺伝子のCp値の幾何平均と高い相関を示すような遺伝子を、安定的なリファレンスとして選択するというものです。5245-5250.次にNormFinder。ExcelのアドインとRスクリプトが公開されてます。research0034-1.ソフトウェアgeNORMの元論文。geNORMは有料なので、自分は使っていませんが、そのアルゴリズムは論文を読めばわかるように、割と単純です。リファレンスに使える遺伝子の組なら、その相対発現比はどの細胞・条件でも1に近いはず、という仮定が根底にあるんですね。(追記)Rパッケージの"NormqPCR"はgeNORMを装備しているみたいです。相対定量の方法についてΔΔCt法は下の2つをチェックすべし。プライマーの増幅効率が全て2と同等ならばLivakの2-ΔΔCtを用い、増幅効率がプライマーごとに異なるならばPfafflの方法を用いる。402-408.(追記)こちらの記事に、発現量の有意差の統計的な検定法について書きました。t検定かノンパラか、など。核DNAにおけるミトコンドリア様配列ある生物種のゲノム解析をしていて。(9)月別アーカイブ注目記事はてなブログをはじめよう!Kyoshiro1225さんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。