運営は、教授・准教授によって構成され、所長の主宰する教授会を中心に行なわれています。所長を補佐するのは、所長と同様に教授会によって任期2年で選挙される3名の協議員(そのうちの1名が副所長)であり、所長と協議員とによって協議員会が構成されています。おいて、助教(および研究機関研究員)に伝達されています。研究所の活動を分担して担うために、教授会メンバーを中心とし、職員も加わった各種の委員会が設けられています。SSJJ編集委員会、プロジェクト研究委員会(各全所的プロジェクト研究の運営会議)、センター運営委員会があり、その多くは、そのもとに前述した「室」を置いています。これらの委員会は予算執行の単位ともなるため、教授会に諮るべき予算案について審議する予算委員会が各委員長と所長・協議員によって構成されています。所長・協議員と各委員長などによって構成される学術評価委員会が、研究所の将来構想について随時審議を行っています。これまで見てきたように、研究所の活動は日を追って多様化しています。法人化にともなって、東大全学のレベルにおける方針が研究所の活動に影響を及ぼす度合いが高まっています。研究所の活動は、多様なステイタスをもち、所属期間も異なる約100人の人びとによって担われています。このようななかで、共通了解を規則や手引きとして文書化するとともに、ステイタスの多様性を考慮に入れつつ、情報の日常的な共有を図るための工夫を重ねる必要があります。