全容がつかめないロゼの捜査に、クインクスの特性を生かした琲世考案の“マスク作戦”が導入された。捜査を進める中で琲世は、喰種にすら畏れられる“眼帯の喰種”の存在を知り、“彼”の調査を始める。そんな中、キジマが仕掛けた新たな策から、ロゼの捜査が大きく進展する。とおる)の捨て身の追跡により、駆けつけた瓜江、不知に追い詰められたトルソー。そこに“オロチ”と呼ばれる喰種が現れ形勢は逆転する。遅れて援護に入った琲世が単独でオロチに立ち向かうが、非常に危険度の高い「S~(S以上)レート」に指定されるオロチの強さに苦戦。部下たちを守るため、琲世は全力で戦う決意をするが、それは、あまりに強大すぎるがゆえに、彼自身にも制御が難しい“喰種の力”を解放することとなり、己を見失う危険を孕んだ行為だった。[CCG]内での出世に執着する瓜江は、さらなる力を得るため、上官である琲世の許可を偽って自らの赫子の稼動レベルを引き上げる施術を受ける。)率いる鈴屋班と、“ナッツクラッカー”と呼ばれる喰種の合同捜査を行うことに。ナッツクラッカーがSSレート喰種“ビッグマダム”の関与するオークションに出品するため、若い女性を中心にヒト攫いを行っていることを知り......。ナッツクラッカーから首尾よく情報を引き出した六月によって、次回オークションの概要が判明した。[CCG]ではこの機会に大掛かりな喰種掃討作戦を行うことになり、六月と自ら志願した什造が“商品”として会場に潜入することに。当日――会場は、出品者や客、ビッグマダムがボディガードとして雇った“アオギリの樹(き)”構成員など多数の喰種で賑わっていた。什造と引き離され、外部との連絡も絶たれてしまった六月は、動揺を隠せないままオークションにかけられ......。什造の奇襲により混乱するオークション会場に、待機していた[CCG]の部隊がなだれ込む。大乱戦の中、六月は何とか逃げ出すことに成功するが、月山家に仕える喰種、カナエ=フォン・ロゼヴァルトに執拗に追いかけられ窮地に陥っていた。[CCG]捜査官たちは、報告されているレート以上の戦力を見せつけるナッツクラッカーや、アオギリの樹の構成員で“オウル”と呼ばれる“半喰種(はんグール)”を相手に思いがけず苦戦を強いられることになる。オークション会場を狙った喰種掃討作戦は終了した。ひなみ)の“所有権”を申し入れる。きしょう)を招いて、メンバーの昇進を祝うホームパーティーを企画。パーティー当日、琲世の中にいるもうひとりの人格“カネキケン”を知る何者かから、“奇妙な贈り物”が届く。[CCG]で、大量誘拐犯の喰種集団“ロゼ”の捜査が始まった。組織的に訓練され、痕跡をほとんど残さない彼らを追い詰める有効な手立ては見つからない。捜査が遅々として進まない中、琲世は自分宛に届いた“マスク”からヒントを得て、ある策を思いつく。しゅう)の姿に心を痛めていた。そんなカナエに、月山の友人ホリチエが、彼を助けるための作戦を持ちかける。ホリチエから琲世の写真を見せられた月山は、“金木研”が生きていたことを知り喜々として会いに行く。“カネキ”としての記憶を失った琲世には、月山のことがわからない。そんな中、[CCG]准特等捜査官キジマ式が、ロゼの一件で捕らえた月山家の使用人、ユウマの拷問映像をSNS上に流す。それは月山家はもちろん、[CCG]内部でも反発がおきるほどショッキングなものだった。月山は何とかしてユウマを救い出そうと、捜査官である琲世に協力を頼もうと考えるが......。[CCG]に屋敷に踏み込まれ、父・観母(みるも)や使用人たちが投降する中、側近の松前(まつまえ)とともに逃げのびた月山は、彼を生かすために命を賭した者たちのことを想い、“当主”となる責任を噛み締める。その月山の前に喰種捜査官として立ちふさがる琲世。くらもと)率いる伊東班と合流したクインクスは、“ノロ”と呼ばれる喰種と遭遇。ノロを相手に次々と仲間が倒されてゆく中、踏みとどまって戦う不知。その姿を目にし、必死で立ち上がる瓜江。ふたりの渾身の攻撃がノロを捉える。月山の窮地に駆けつけ、怒涛の攻撃を仕掛けるカナエだったが、“カネキ”の記憶を取り戻し始めた琲世の反撃に瀕死の重傷を負う。そこに“隻眼の梟(せきがんのフクロウ)”と呼ばれる半喰種、エトが現れ悪意を振りまく。最後の力を振り絞るカナエだが......。琲世がついに、“カネキ”として完全に覚醒し――。戦線離脱した六月と護衛の瓜江が、抜け道を使って逃走を図る多数の喰種を発見。別ルートでたどり着いた什造とともに戦いに突入する。彼らの前に立ちはだかるのは、什造と浅からぬ縁があるビッグマダム。まつり)の命令で、行く手を阻むオウルに独り立ち向かうことに。せいどう)が喰種化手術を受けさせられた姿だった。彼は自分と似た境遇の琲世への対抗意識を露にし、激しい攻撃で追い詰める。“ヒト”と変わらぬ姿をしながら“ヒト”の肉を喰らうことでしか生きながらえることができない存在“喰種(グール)”――。彼らの脅威から人々を守るために設立された[CCG](喰種対策局)”で、“クインクス”と呼ばれるチームが結成された。はいせ)には、なぜか2年前までの記憶がない。彼には、[CCG]内ではよく知られた秘密があった。クインクスが結成されてまもなく、女性ばかりを狙い、その胴体のみを捕食する喰種“トルソー”がらみの事件が頻発する。そんな二人に掘ちえ(ホリチエ)と名乗るフリーカメラマンが情報提供者として接触してくるが、彼女は彼らに関係する“変わったもの”を報酬として要求する。黒山羊&〔CCG〕が、Vと激しい攻防を繰り広げていた頃、地下では金木と旧多の戦いが始まった。和修分家に産まれた者たちの中でも突出した才能を持つ旧多は手強く、金木は苦戦を強いられる。傷だらけになりながら、互いの思いをぶつけ合い、熾烈な戦いを続ける金木と旧多。大切なものを守るため、目の前に立ちふさがる什造やオッガイたちと戦う金木だが、激戦の中で深刻なダメージを受けてしまう。きみ)らが場所を特定した竜の中心部に、“落とし児の毒”に耐性のある金木が向かうことに。そんな中、黒山羊の本部を和修家側近の武装集団“V(ヴィー)”が襲撃。ニシキ)らが〔CCG〕と協力し応戦するが、Vと手を組むピエロが“秘密兵器”を投入し、さらなる激闘が繰り広げられる。アヤトとともに調査に向かった金木は、ついに首謀者、旧多と対峙する――。たけ)たちが隠れ家に集まった。互いに敵対する立場だった喰種と0番隊は相容れないものがありながら、それぞれが信じるもののために手を組むことにし、“対・人間”の組織“黒山羊(ゴート)”を結成。流島から逃れ、金木たちのもとに身を寄せていたアキラと亜門は、迷い悩んだ末に、自分自身の心に従うことにし......。最強の捜査官・有馬を失ったばかりか、トップである和修(わしゅう)一族を暗殺され混乱する〔CCG〕。喰種集団“ピエロ”が、各区の〔CCG〕支局を同時に襲撃する。にむら)は、「次に狙われるのは本局」だと推測。各区の防衛はそのままに、本局を有馬にかわる現〔CCG〕最強の捜査官、鈴屋什造に守らせる作戦に出る。〔CCG〕が新造のクインクス部隊“オッガイ”を新たな戦力として投入。彼らの活躍と、新局長・旧多の手腕により、窮地に立たされる喰種たち。多くの喰種を救おうと、黒山羊(ゴート)のメンバーとともに戦う金木だが、すべてを救えるわけもない。そんな中、喫茶“:re”で束の間の休息をとる金木は、トーカから突然告白され動揺。局長・旧多の下、喰種だけでなく、彼らと接点のある民間人に対しても厳しい弾圧を始めるなどの強硬手段に出た〔CCG〕。さいこ)ら〔CCG〕内にも反発する者が現れるが、旧多は喰種排除の手を緩めようとしない。什造たちとの戦いの途中で意識が途絶えた金木が目覚めたのは、不思議な空間だった――。リゼは金木を「人殺し」と呼びあざ笑うが、そんなリゼに対し金木は自身の決意を語る。“核”となっていた金木を失ったことにより、原形を留めることができず崩壊してゆく竜。竜から産み出された不気味な“落とし児(おとしご)”たちが振りまく“毒”により、東京のあちこちで恐るべき現象が起こり始める。ヒナミ)の“処分”が決まった。彼女のことを幼い頃から知る金木は、すべてを失う覚悟でヒナミを救い出す。カズイチ)率いる一団もまた、ヒナミを助けようとコクリアを急襲。きしょう)が立ちふさがる。レンジ)の力も及ばず追い詰められていく一同。そこに現れ、有馬に対峙したのは、かつて捜査官時代に彼を師と仰いだ金木だった――。高い戦闘力と強靭な肉体を持つクロナに完全に追い詰められていた。あきら)が率いる部隊の前に立ちふさがったのは、アオギリの樹の幹部、タタラだった。法寺との遺恨を晴らすべく、容赦ない攻撃を仕掛けてくるタタラ。こうたろう)との思いもよらぬ再会を果たしたアキラ。今の二人は、“実験体”としてその体に赫包を移植された半喰種だった。“クインクス班”が到着した。クインクス班とは〔CCG〕が人工的に造り出した半喰種で組織されたチームであり、法寺・真戸班の援護のため、連携して滝澤たち“喰種”を追い詰めてゆく。金木と有馬の戦いは激闘の末、有馬が捜査官人生で初めての敗北を喫する。有馬は金木にあることを託すが、それは金木がエトから託されたことと同じであった――。“ヒト”と変わらぬ姿をしながら“ヒト”の肉を喰らうことでしか生きられない存在、“喰種(グール)”――。〔CCG〕が、喰種の一大組織“アオギリの樹”の本拠地が“流島(るしま)”にあることを突き止め、殲滅に乗り出す。せん)こと芳村(よしむら)エトは、記者会見を開き、自ら“喰種”であることを公表。以前からエトを追っていたカネキは捜査官として彼女を喰種収容施設“コクリア”へと連行するが、そこでエトから、あることを託される。