以前のリビジョンバックリンク文書の先頭へNAMDのトラジェクトリをcpptrajで解析するNAMDで計算したトラジェクトリを解析する場合はVMDを使用することが出来る。tcl言語を用いて解析用のスクリプトを作成し、VMDやtkコンソールで実行することが出来る。どちらもVMDという巨大なプログラムを起動させなくてはならず多少不便である。解析用のスクリプトを作成することも車輪の再発明になりかねない。toolsを使用することが挙げられる。cpptrajはDCDトラジェクトリファイルを読み込むことが可能である。本頁ではcpptrajの大まかな使用方法について解説を行う。基本的には以下のようにヒアドキュメントを使用した読み込みをおこなっていく。./bridge.avg.datEOF#ヒアドキュメントでcpptrajに設定を送る#parmでpsfファイルを読み込む。このpsfファイルからはパラメータのデータが読み込まれる。#trajinでdcdトラジェクトリファイルを読み込む。#上記は水素結合の判定用のスクリプトである。他の命令を使用したい場合はhbondから始まる文をそっくりそのまま変更すると良い。VMDでタンパク質シミュレーションの動画を記録する際に原子の自由回転やドリフトを止めて記録したい場合には以下のスクリプトを実行して新しいトラジェクトリファイルを生成して、それを読み込ませれば良い。fittingされるため、自由回転やドリフトを止めてタンパク質分子を正面に据えることが可能となる。bpti_front.pdbEOFcpptrajで使用可能なコマンドについては適宜追記していく。mdtrajなどのツールについても紹介していく。International。