特定の臓器だけが影響を受ける臓器特異的疾患の2種類に分けることができる。autotoxicus)」を代表とする考え方が主流であった。その後の研究により自分の体の構成成分を抗原とする自己抗体が発見されるにつれ、自己免疫疾患の存在が明らかになっていった。炎症性腸疾患を除き、多くの自己免疫疾患は女性に多い(炎症性腸疾患については男女差はほとんどない)。理由は明らかになっていないが、ホルモンが関与しているという説がある。