残基間などの重心間距離を、以下のようなスクリプトをdistmass.shとして作成しプロットすることができる。これは、距離に沿った自由エネルギー地形を描くために用いるかもしれない。その場合には、ある距離がどれだけの確率で出現するかが安定性の指標となる。1残基目と7残基目の重心間距離をプロットするEOFこのとき、datファイルに距離の列データが書き出される。以下に、チュートリアルのmain.mdcrdを使用した場合の1残基目と7残基目の重心間距離のヒストグラムを示した。Å付近にピークが存在している場合が最も安定であることが分かるだろう。International。