アオギリ兵たちが撤退し、「あんていく」での激しい戦いは終焉を迎えようとしていた。その最中、カネキたちの身を案じて「あんていく」への道をひた走るトーカ。人間と喰種、それぞれの想いが交錯する中、崩壊間近のあんていく店内でカネキが選んだ答えは...。ケン)は「あんていく」から去っていった。トーカは現実を忘れようと受験勉強に打ち込み始める。その頃、アオギリ戦で大きな損害を出したCCGは、「アオギリの樹」を完全に殲滅するため、再び動き出していた。その最中、10年前の対「梟」戦を経験している黒磐は、アオギリ戦での「梟」の違和感に気づく。アオギリによるコクリア襲撃から数週間。「眼帯」ことカネキは、共喰いを繰り返し「半赫者(はんかくじゃ)」となっていた。コクリアでのアオギリとの戦いでカネキと交戦し、苦戦を強いられた篠原は、カネキを「キケンだ」と感じ、亜門にそのことを告げる。その頃、アオギリのアジトに戻ったカネキは......。月山が「あんていく」にやってきた。月山は、カネキが共喰いを繰り返し「赫者」になろうとしていると芳村(ヨシムラ)に報告する。そんなカネキを心配するヒナミは月山に誘われ、とある喫茶店を訪れるが、そこで高槻泉と再会する。カネキの事を相談するヒナミに、高槻は連絡先を渡し立ち去る。その頃、「あんていく」の芳村の元にカネキが訪れていた。功善(クゼン)という名の喰種がいた。人を、喰種を殺し続けた功善は、孤独な日々を過ごしていた。その能力を買われ、ある組織と手を組むようになるが、孤独感は癒えないままだった。そんな時、功善は通っていた古い喫茶店で憂那(ウキナ)というひとりの人間の女性と出会う。ふたりはやがて愛し合うようになるが...。ツネヨシ)総議長より「梟討伐作戦」の決行の断が下された。対象の居所は...「あんていく」。大規模な作戦になることから、選ばれたCCGの捜査官たちは遺書を書かされ、それぞれが死と向き合う。20区がCCGによって封鎖。「あんていく」は梟討伐部隊に包囲される。その一報を耳にしたカネキ、そしてトーカは...。「あんていく」とCCGの激しい攻防は続いていた。ガン)特等捜査官と戦う。)准特等捜査官たちと戦う入見(イリミ)カヤは、逃げ遅れた老婆を庇って負傷。民間人を巻き添えにしてでも攻撃をしかけてくる鉢川たちの前に、ついに死を覚悟するが...。梟の攻撃から什造を庇って、篠原が倒れた。時を同じくして、アオギリがCCGとの戦いに乱入、アオギリ兵たちの猛攻にCCGは次第に形勢不利となっていく。カネキはあんていくへの道を封鎖する亜門と対峙していた。互いに一歩も譲らない戦いの中、ついに決着の時が訪れる...。人を喰らう怪人“喰種(グール)”が潜む東京。好戦的な喰種集団「アオギリの樹(キ)」のアジトでは、アオギリと「CCG(喰種対策局)」、そして「あんていく」の面々が激戦を繰り広げていた。イワオ)らはSSSレートの喰種「梟(フクロウ)」と戦い苦戦。シュウ)の3人はアオギリの幹部・ノロと対決。トーカ)は、アヤトの圧倒的な力の前に追い込まれていた。最後の一撃がトーカを襲おうとしたその時...。CCGの護送車が、「アオギリの樹」に襲撃された。ヒナミ)は、その襲撃事件にカネキが関わっている事を知り、それぞれに心を痛めていた。セン)のサイン会に、トーカに迷惑をかけまいと一人で出かけていく。ヒデヨシ)と再会する。アキラ)は、生きたまま捕獲された喰種の収容所・コクリアを訪れていた。23区にあるこの施設には、かつて孤児院で亜門の父親代わりだったSSレートの喰種、ドナート・ポルポラが収容されている。彼から情報を聞き出そうとする亜門たち。その時、コクリアに「アオギリの樹」が急襲してくる。ジュウゾウ)は、かつては共にCCGの児童養護施設で暮らしていた。その後、嘉納(カノウ)教授の手で半喰種となったクロナとナシロ、CCGの二等捜査官となった什造は、コクリアで敵として対峙する。什造の躊躇のない一方的な攻撃に、クロナとナシロは追い詰められて行き...。自身の父「アラタ」をクインケとして装着した篠原と戦うアヤトもまた、苦戦を強いられていた。