REMD)[1]は、通常のMDシミュレーションのサンプリング効率を改善するためのアルゴリズムである。この方法では、ある温度範囲で異なる温度を持つレプリカを用意し、それぞれで独立なMDシミュレーションを実行する。ある一定時間間隔で、レプリカの温度もしくは原子座標を交換する。結果として、REMDシミュレーションの各レプリカは様々な温度空間を経験し、サンプリング効率が上昇する。REMDシミュレーションを実行するために、サンプリングの段階で以下のようなmdinファイルをremd.mdinとして用意する。numexchg$によって設定される。REMDシミュレーションでは複数の温度を持ったファイルが必要である。それらを用意するために、以下のようなスクリプトをsetup_remd_input.shとして作成する。Done."このスクリプトはremd.mdinとtemperatures.datを読み込んで、複数のmdinファイルとremd.groupfileを生成する。temperatures.datは例えば、以下のように作成する。269.5300.0334.0371.8413.9460.7512.9570.9この時、最高温度は目的に合わせて十分に大きくとる必要がある。温度間隔は大き過ぎると交換が行われないので注意が必要である。大体の目安としては20~50%程度の確率で交換されていればよいだろう。温度は指数関数的に分布させる方法が一般的である。setup_remd_input.shを実行すると、複数のmdinファイルとremd.groupfileが用意されていることを確認しよう。remd.groupfileここで、-ngではレプリカの数を指定することに注意されたい。シミュレーションが終了したら、最初にレプリカの交換でそれぞれのレプリカがどのような温度空間を経験しているかを確認しよう。以下のようなスクリプトをtemp.shとして作成し、実行することで、datファイルに各レプリカの温度の時間発展を書き出すことができる。temp$i.datdoneまた、各mdcrdファイルは連続なトラジェクトリーになっている。通常、ある温度の一定条件での構造集団を解析したいことが多い。その場合には、以下のようなスクリプトによって温度一定条件でのトラジェクトリーを再構成することが出来る(extract_traj.sh)。International。