しんかい6500」の支援母船として深海底の調査を行います。地質構造を解明するための様々な機能を持ち、深海・海溝域の総合的な調査観測研究を行うことができます。調査する「しんかい6500」と通話するために用いられます。音波を使った水中通話機です。音波は水中で1秒間に約1500m進むので、船上からの声が6500mの海底にいる「しんかい6500」に届くまでには約4秒かかります。全長9m、幅2m、高さ3mにおよぶ「しんかい6500」を納め、整備も行う格納庫は、船上とは思えない広い空間が確保されています。「よこすか」には、総合指令室、ラボラトリー(第1~第3)、及び研究室があり、「しんかい6500」及び母船の観測装置で計測したデータの解析、採取したサンプルの分析、保管のために使用することができます。これら常設の設備のほか、研究者が必要な機器を持ち込み、設置することができます。