PMF)を効率的に計算するための方法である。時々刻々と追加していくことで、反応座標上でシミュレーションが局所安定状態に留まってしまうことを防ぐことが出来る。s$はガウシアンの幅、$s(t)=S(x(t))$は時刻$t$での反応座標の値である。t)$はPMFの推定値を与えることが仮定される。動画による直感的な説明としては、以下のYouTubeのページを参考にされたい。https://www.youtube.com/watch?v=SOq2xiYsGbMこの方法をNAMDで使用する際には、Metadynamicsのガウシアン型ポテンシャルと、反応座標を定義するインプットファイルであるmeta.inを作成する必要がある。以下では、ある分子1と分子2の重心位置間距離を反応座標にする場合の例を示す。ガウシアン型ポテンシャルの幅}更に、設定ファイルにおいて、以下を付け加える。meta.in最終的に得られたPMFは、pmf形式のファイルをgnuplotなどを用いて直ちに可視化することが出来る。以下はgnuplotの例である。lines今回の例では一次元のみの反応座標の場合を取り扱ったが、多次元でも同様の計算を行うことが出来る。その場合には、複数の反応座標をmeta.inにおいて定義し、metadynamicsの反応座標の定義でそれらを全て記述すればよい。metadynamicsも実装されている。詳しくは、参考文献のチュートリアルを参考にされたい。International。