ヴァンガード甲子園の出場を目指す先導アイチ達宮地学園カードファイト部。所属する部員の人数が足りず、生徒会から廃部を通告されてしまう。部の存続をかけ対抗戦を行うことになったCF部と生徒会。ファイトの練習をする生徒会だが上手くいかず、その様子を見かねたアイチは生徒会へのコーチ役を自ら買って出る。CF部と生徒会の対抗戦が始まる。書記、長代マキがその胸の内に秘めるナオキへの思いとは。対抗戦もいよいよ最終戦。生徒会長の内藤タテワキは、言葉巧みになんとアイチをアドバイザーにつけさせる。思わぬ強敵を前にミサキは部を存続させることができるのか。謎の不調に苛まれるファイター達がいた。キョウはカムイに連れられ訪れたヴォヤージュでレッカと出会う。その頃、テツはキョウを追いかけ、櫂は光定と再会していた。ヴォヤージュで櫂を待ち受けていたのは、安城マモルと、新たなるオーバーロードのカードだった。幾度となく敗北を重ねながら、櫂はオーバーロードとの出会いを想起する。遊星ブラントとの戦いで得た安らぎを失い、魂に刻まれた罪の意識に苦しめられる伊吹。立凪邸へと招かれた伊吹の前に現れたのは、立凪の新当主である立凪ノームだった。根絶者の力を使うことを恐怖し、拒否する伊吹の心。デッキを捨て、ヴァンガードをやめることを決意した伊吹。それを偶然立凪邸を訪れていたレオンが制止する。新たな力を得た伊吹は贖罪の為、自らがデリートしたテツの前に姿を現す。福原高校VG部への所属と甲子園での大将確約をかけてアサカとファイトをすることに。名門校勝負を制し、決勝へと進むのはどちらの高校か。宮地VS後江の準決勝第二試合。試合当日に櫂が行方不明となってしまう。デリートから完全に立ち直れてはいないという櫂は、皆が待つ会場に姿を現すのか。宮地VS福原の決勝戦。大将戦をナオキに託し、副将戦でぶつかり合うアイチとレン。全力のファイトを楽しむレンはそのPSYクオリアで失われたハズの運命を見る。ナオキと伊吹の大将戦にして、ヴァンガード甲子園最終戦!全ての決着が託されたファイト。熱くなり前のめりになりすぎるナオキに激を飛ばしたのは、なんとコーリンだった。どんなに遠く離れようと、魂の導きによって運命の路は再び交差する。ヴァンガード甲子園優勝を果たした宮地学園に、コーリンはエキシビジョンマッチを申し込む。新田新右衛門はカードキャピタルの自称店長。カードキャピタルを守るため奮闘する新右衛門の前に大型カードショップグループの社長、日比野エスカが立ちはだかる。カードキャピタル経営権を巡るいざこざの中、自分のデッキを持ち去られてしまった新右衛門。デッキを取り返すため、新右衛門とマークはエスカ本店へと潜入を試みる。カードキャピタルを弟子のタツヤに任せ、追試に臨む新右衛門。そこにエスカの刺客、ナナミとトノリが現れる。2人はミクルを連れ去ろうとするが......。ミクルを呼び寄せたのはエスカだった。エスカはミクルにアイドルデビューを提案する。マークとタツヤはミクルを取り戻すため、エスカ本店へと乗り込んでいく。Sランク最強のファイター、ナナミとニンジャマスターのファイトが幕を開ける。エスカ本店へとたどり着いた新右衛門はナナミとのファイトに挑む。ナナミのファイトへの冷めた態度の秘密は、彼女とヴァンガード、そしてエスカとの出会いに隠されていた。商店街のハロウィン祭に、1日だけ開店することになったカードキャピタル。活気を取り戻そうと奮闘する新右衛門達だが、想定外のトラブルが発生してしまい......。開催できたカードキャピタルだったが、新右衛門は店長としての仕事で大忙し。ライブが行方不明となってしまう。無事、1日開店を終えたカードキャピタルに現れたのはエスカだった。エスカは新右衛門に、カードキャピタルの経営権を賭けたカードファイトを提案する。エスカとのファイトに惨敗し、カードキャピタルを追い出された新右衛門は、ミサキがエスカと一緒にいるのを目撃し、失意のどん底へと追い込まれてしまう。エスカへのリベンジ、そしてエスカップを戦い抜くため、変わろうとするが迷走する新右衛門。その頃、エスカは各地の強豪ファイターの元を訪れていた。エスカとの再戦を賭けた大会、エスカップ!しかし、新右衛門達の前に立ちはだかったのは各地の強豪ファイター達が集ったチーム竜牙独尊の3人だった。チームキャピタルとチーム竜牙独尊の決勝戦は先に3勝した方が優勝の勝ち抜き戦!初戦を任されたニンジャマスターは、大山の豪快なファイトに翻弄されてしまう。ルウガは対戦相手にライブを指名する。2人はかつてコンビとして肩を並べ戦っていたこともあったが、ルウガはライブが自分とのファイトを恐れ、逃げたと罵る。竜牙独尊の最後の砦、罪なる弱さに涙を流す神崎ユウイチロウに新右衛門は打ちのめされてしまう。幕を開ける決勝戦最終戦、果たして神崎を超えることはできるのか。