黒山羊&〔CCG〕が、Vと激しい攻防を繰り広げていた頃、地下では金木と旧多の戦いが始まった。和修分家に産まれた者たちの中でも突出した才能を持つ旧多は手強く、金木は苦戦を強いられる。傷だらけになりながら、互いの思いをぶつけ合い、熾烈な戦いを続ける金木と旧多。大切なものを守るため、目の前に立ちふさがる什造やオッガイたちと戦う金木だが、激戦の中で深刻なダメージを受けてしまう。きみ)らが場所を特定した竜の中心部に、“落とし児の毒”に耐性のある金木が向かうことに。そんな中、黒山羊の本部を和修家側近の武装集団“V(ヴィー)”が襲撃。ニシキ)らが〔CCG〕と協力し応戦するが、Vと手を組むピエロが“秘密兵器”を投入し、さらなる激闘が繰り広げられる。アヤトとともに調査に向かった金木は、ついに首謀者、旧多と対峙する――。たけ)たちが隠れ家に集まった。互いに敵対する立場だった喰種と0番隊は相容れないものがありながら、それぞれが信じるもののために手を組むことにし、“対・人間”の組織“黒山羊(ゴート)”を結成。流島から逃れ、金木たちのもとに身を寄せていたアキラと亜門は、迷い悩んだ末に、自分自身の心に従うことにし......。最強の捜査官・有馬を失ったばかりか、トップである和修(わしゅう)一族を暗殺され混乱する〔CCG〕。喰種集団“ピエロ”が、各区の〔CCG〕支局を同時に襲撃する。にむら)は、「次に狙われるのは本局」だと推測。各区の防衛はそのままに、本局を有馬にかわる現〔CCG〕最強の捜査官、鈴屋什造に守らせる作戦に出る。〔CCG〕が新造のクインクス部隊“オッガイ”を新たな戦力として投入。彼らの活躍と、新局長・旧多の手腕により、窮地に立たされる喰種たち。多くの喰種を救おうと、黒山羊(ゴート)のメンバーとともに戦う金木だが、すべてを救えるわけもない。そんな中、喫茶“:re”で束の間の休息をとる金木は、トーカから突然告白され動揺。局長・旧多の下、喰種だけでなく、彼らと接点のある民間人に対しても厳しい弾圧を始めるなどの強硬手段に出た〔CCG〕。さいこ)ら〔CCG〕内にも反発する者が現れるが、旧多は喰種排除の手を緩めようとしない。什造たちとの戦いの途中で意識が途絶えた金木が目覚めたのは、不思議な空間だった――。リゼは金木を「人殺し」と呼びあざ笑うが、そんなリゼに対し金木は自身の決意を語る。“核”となっていた金木を失ったことにより、原形を留めることができず崩壊してゆく竜。竜から産み出された不気味な“落とし児(おとしご)”たちが振りまく“毒”により、東京のあちこちで恐るべき現象が起こり始める。ヒナミ)の“処分”が決まった。彼女のことを幼い頃から知る金木は、すべてを失う覚悟でヒナミを救い出す。カズイチ)率いる一団もまた、ヒナミを助けようとコクリアを急襲。きしょう)が立ちふさがる。レンジ)の力も及ばず追い詰められていく一同。そこに現れ、有馬に対峙したのは、かつて捜査官時代に彼を師と仰いだ金木だった――。高い戦闘力と強靭な肉体を持つクロナに完全に追い詰められていた。あきら)が率いる部隊の前に立ちふさがったのは、アオギリの樹の幹部、タタラだった。法寺との遺恨を晴らすべく、容赦ない攻撃を仕掛けてくるタタラ。こうたろう)との思いもよらぬ再会を果たしたアキラ。今の二人は、“実験体”としてその体に赫包を移植された半喰種だった。“クインクス班”が到着した。クインクス班とは〔CCG〕が人工的に造り出した半喰種で組織されたチームであり、法寺・真戸班の援護のため、連携して滝澤たち“喰種”を追い詰めてゆく。金木と有馬の戦いは激闘の末、有馬が捜査官人生で初めての敗北を喫する。有馬は金木にあることを託すが、それは金木がエトから託されたことと同じであった――。“ヒト”と変わらぬ姿をしながら“ヒト”の肉を喰らうことでしか生きられない存在、“喰種(グール)”――。〔CCG〕が、喰種の一大組織“アオギリの樹”の本拠地が“流島(るしま)”にあることを突き止め、殲滅に乗り出す。せん)こと芳村(よしむら)エトは、記者会見を開き、自ら“喰種”であることを公表。以前からエトを追っていたカネキは捜査官として彼女を喰種収容施設“コクリア”へと連行するが、そこでエトから、あることを託される。