使っていないカスタムフィールド順でソートをかけていたことが原因のようです。お騒がせして申し訳ございませんでした。解決済みとさせていただきます。新しい公開記事に設定したタグ自体は追加されているようです。タグクラウド上のタグにカーソルを合わせるとそのタグに含まれる記事数が出てきますが、そちらには含まれてるようです。管理画面のタグにおいての記事数もきちんと表示されます。タグ、カテゴリー、検索結果のページにおいて記事一覧に反映されないという事体になっております。なにか気づいた点がございましたら、何でもお示しいただければ幸いです。質問でして、なにか不都合ありましたらお気軽にご指摘ください。