放映ストーリーダイジェスト敵の奇襲によりガンダム4機パクられる。残った一機にたまたま居合わせた主人公キラが乗り込んで起動(1話)、起動したガンダムで敵を撃退する(2話)が、戦闘の余波でコロニー陥没。(3話)宇宙に放り出されたアークエンジェルは、フレイの乗った救命ポッドを回収した後(4話)、追撃してくるガンダムを撃退し(5話)、防御要塞アルテミスに向かうが、やはりガンダムの奇襲によりアルテミスが爆破され(6話)、補給を受け損ねる。仕方が無いので潰れたコロニーで物漁りをしていると(7話)、敵軍のアイドルであるラクスを保護する。(8話)先遣隊と合流していると、またまたガンダムに襲われフレイの親父が死亡。ラクスの影をちらつかせて敵を追い払う(9話)が、納得できないキラはラクスをザフトの船に逃がす。(10話)それ以降もガンダムに襲われつつあるが、キラが種覚醒なんかしちゃったりして(11話)、ようやく八艦隊と合流。フレイ及び他のメンバーが軍に志願する中で、キラも流されつつ軍属に。゙ょの乗る脱出船をデュエルに破壊され号泣。03年03月29日放映ストーリーダイジェスト総集編が二回流れる。(14話)、(15話)地上に降りたアークエンジェルだが、降下先はザフトの勢力圏であるアフリカ。襲われるのだが、慣れない地上戦闘に苦戦する。ゲリラの援護のよって切り抜ける。(16話)そのゲリラには1話で別れたカガリも居て(17話)、憎しみだけで無謀な戦闘をするカガリ含むゲリラに修正を加えるキラ。(18話)物資の再補充のため、買出しに出た先でひょんな事で出会った砂漠の虎ことバルドフェルド遭遇するキラとカガリ達(19話)は戦争の本質を問われ苦悩し(20話)、迷いの中、戦場で虎と対峙し見事倒すが、虎の死に様を見て深く落ち込む。(21話)カガリを新たに加え、紅海を回ってアラスカに向かうアークエンジェルだが、しつこくも追って来るザフトとの初めての水中戦で苦戦する。(22話)、(23話)その最中、ともに撃墜され不時着した小島で邂逅するカガリとアスラン。(24話)その後、今までの戦闘で疲労しきったAAは補給もかねてオーブに寄航する。03年07月05日放映ストーリーダイジェストおなじみ総集編が二回流れる。(26話)、(27話)オーブの基地で仲間との心のすれ違い、親友だったアスランとの別離など(28話)、精神的に追い詰められたキラの休む暇もなくザフト軍は攻めてくる。ブリッツガンダムもろごと本来同士であるはずのニコルを殺してしまう。(29話)キラとアスランの中は決定的に崩壊してしまい、同じく種進化で逆上したアスランにトールを殺され、さらにストライクはイージスの自爆に巻き込まれキラは生死不明(MIA)に。(30話)しかしザフト軍も戦死したニコルを最初に、アスランは重傷、ディアッカはバスターごとAAの捕虜になり、現在無事なのがイザークだけと壊滅的な状況に。(31話)意外にもキラは大怪我ながら生きており、プラントでラクスと再開を果たす。(32話)(33話)やがてスピットブレイク発動となるが、AAの危機にキラはラクスからフリーダムを預かり地球に降下し(34話)、連邦政府のアラスカ自爆作戦の際に囮とされたAAを助けに再び戦場に戻ってきた。(35話)一方プラントではフリーダム奪取におけるラクスのスパイ容疑が掛けられていた。(36話)オーブ帰属となったAAは(37話)、連合のオーブ侵攻に対して叛旗を翻し(38話)、その中にはキラとともに歩むべく決心したアスランの姿もあった。03年10月12日ストーリーダイジェスト連合の本格的侵攻に耐えられなくなったオーブは、国を犠牲にAAを宇宙へと飛び立たせ(40話)、宇宙を舞台に地球連合を迎え撃つ準備をしていた。(41話)ラクスの率いるエターナルと合流したオーブは(42話)、ナタルの指揮するアークエンジェル級2番艦「ドミニオン」と交戦し(43話)、その後キラ、フラガはクルーゼを追ってコロニーメンデルに行き(44話)、自分達の出生の秘密を知る。(45話)苦悩しているキラをよそ目に、フレイは連合に戻り、Nジャマーキャンセラーのデータを渡されたアズラエルは(46話)、コーディネーター殲滅に向けてプラントへ核攻撃を始めるが(47話)、それはプラント側の最終兵器ジェネシスによって報復され返す引き金となってしまった。(48話)アストレイ組が消え、アズラエルも死に、そしてフラガまでもが宇宙に散っていく中、ナチュラル、コーディネーターの愚かな争いを止めるため、キラ達は最後の戦場へ出撃していく・・・。