あの終末の谷の激闘から約二年半――。自来也との修業の旅を終えて久し振りに里に戻ったナルトを待っていたのは、医療忍者として頼もしく成長したサクラと相変わらずのカカシ。成長を遂げたかつての仲間達だった。再会の喜びもつかの間、木ノ葉に衝撃の報せが入る。あの終末の谷の激闘から約二年半――。自来也との修業の旅を終えて久し振りに里に戻ったナルトを待っていたのは、医療忍者として頼もしく成長したサクラと相変わらずのカカシ。成長を遂げたかつての仲間達だった。再会の喜びもつかの間、木ノ葉に衝撃の報せが入る。あの終末の谷の激闘から約二年半――。自来也との修業の旅を終えて久し振りに里に戻ったナルトを待っていたのは、医療忍者として頼もしく成長したサクラと相変わらずのカカシ。成長を遂げたかつての仲間達だった。再会の喜びもつかの間、木ノ葉に衝撃の報せが入る。黒船ならぬ天人(宇宙人)が来襲して、突如価値観が変わってしまった町、江戸。高層ビル、バイクに電車などなど何でもありの世界で、変わらない“魂”を持った最後のサムライがいた。