ロボット農園を救え!虹の谷という場所に農園があった。天候の不安定なその地は、トネリコ博士の作った環境制御タワーに守られ、ベジタというロボット達がせっせと巨大野菜を作っていた。そこに加田理という青年が現れる。トネリコ博士の娘ミミは次第に彼を兄のように慕うようになるが、実は加田理はロボット嫌いで、ロボットの評判を落とすためにこの地にやってきたのだった。タワーを乗っ取り、虹の谷の地殻を変動させ地震を起こす加田理、巨大野菜は次々と枝から落ち、トネリコ博士に傷を追わせる。