単式1面1線の地上ホームを有する流山線の駅である。流鉄は常磐線馬橋から流山までを結ぶ地方鉄道で、1913年11月17日に地元有志116名の出資により流山軽便鉄道として設立された。現在でも他鉄道会社との合併や資本参加はなく地元に根付いた鉄道として存続している。1916年3月14日に全区間が同時に開業、鰭ヶ崎もその時に同時に開業した。駅名の「鰭ヶ崎」は「ひれがさき」と読み、平安時代に既に集落が存在していた。地元の名主が私財を投じて村人を救い、盗掘を防いだという逸話もある。