相対式2面2線の地上ホームを有する島原鉄道線の駅である。2つのホームは構内踏切で結ばれており、下りホームは江崎海岸に隣接している。鉄道、路線バス、船舶などを運営している地方私鉄である。島原鉄道線は1911年6月20日に元諫早から愛野村(現・愛野)までが部分開業した。同年8月21日には諫早から元諫早まで延伸、1913年9月24日には島原湊(現・南島原)まで延伸し、島原鉄道線が全通した。1935年6月1日に雲仙鉄道の営業委託を受けるが、1938年には廃止された。島原鉄道によって開業した諫早から南島原までを北目線と呼ばれていた。1919年4月10日に設立された口之津鉄道によって、1922年4月22日に島原湊−堂崎間が開業、928年3月1日には加津佐まで延伸され、全線が開通した。南島原から加津佐までを南目線と呼ばれていた。戦時中の1943年7月1日に島原鉄道が口之津鉄道を合併した。1991年6月3日に発生した雲仙普賢岳噴火の火砕流で甚大な被害を受ける。復旧のために1995年10月に資本金増資し、長崎県と沿線市町の出資を受けた。完成し運行再開、観光トロッコ列車運転開始した。2008年4月1日に島原外港から加津佐までが廃止された。島原外港から加津佐までの区間が廃止された2008年4月1日に無人化された。因みに「大三東」は「おおみさき」と読む。