単式1面1線と島式1面2線の計2面3線の地上ホームを有するの駅である。北熊本から上熊本で折り返して藤崎宮前までの藤崎線と北熊本から御代志までの菊池線の両線が接続する。上熊本から北熊本までは折り返し運転で別系統の扱いになっている。2番線が藤崎線から直通する菊池線御代志方面が使用、3番線は藤崎線上熊本と北熊本の列車が使用し、ここで折り返し運転されている。車両基地も兼ねているためいくつかの側線もあり、検修車も留置されている。熊本電気鉄道は菊池軌道の社名で1909年8月15日に設立され、1913年10月1日に池田(現・上熊本)から千反畑(現・藤崎宮前)の区間が開業した。この時に終着駅として開業したが、1913年8月2日に千反畑から広町に改称された。同年8月27日には広町から高江までが開通し、池田から隅府までが全通した。1923年8月には電化が完了し、1924年4月1日に菊池電気軌道に社名を変更された。この年には広町から藤崎宮前に変更している。戦後になって熊本電気軌道に社名を変更された。北熊本に駅が開業したのは藤崎線の旧線が路線変更した1949年4月1日である。1950年10月1日に上熊本から北熊本が開業、1954年6月1日に上熊本から藤崎宮前までが廃止された。1986年2月16日には菊池線の御代志から菊池までの区間が廃止された。