島式2面4線の高架ホームを有する東武伊勢崎線の駅である。1番線は急行線上り、2番線は緩行線上り、3番線は観光線下り、4番線は急行線下りとなっている。画像は東口で、駅ビルは“ヴァリエ”という名称になっている。後に東武伊勢崎線も高架化されたため、高架の武蔵野線の上をさらに跨ぐ形で敷設された。武蔵野線が新松戸から府中本町まで敷設された時に東武伊勢崎線との交差部分に南越谷駅が開業、その翌年の1974年7月23日に東武伊勢崎線にも新駅が開業した。同一駅ではないために“南越谷”ではなく、“新越谷”となった。埼玉県による都市計画事業が持ち上がり、1989年7月から蒲生から北越谷まで高架複々線化する工事が着工した。1997年3月25日に高架複々線化が完了した。