ヘリオバクテリアなどは、生育に光エネルギーを用いるが炭素固定をしないため、本来の光合成とは言えないため、光合成細菌の分類から外す考え方もある。古細菌である高度好塩菌などが持つ膜蛋白に存在する光合成色素バクテリオロドプシンによる光合成である。バクテリオロドプシンは光駆動プロトンポンプとも呼ばれており、光エネルギーを使って細胞内にある水素イオン(プロトン、陽子)を細胞外に移動させる働きを担う。上二つの、真正細菌や真核生物の光合成とは由来も機構も全くことなる、独自の光合成である。