適当なテキストエディタ(メモ張、ワードパッド、秀丸など)で、次のファイルを作成する。これは水分子のxyz座標を記述したファイルである。Main」「VMD1.9.*」の3つのウィンドウが現れる。Molecule」を選択。Browser」ダイアログの「Filename」テキストフィールドに入力ファイルへのパスを入力。テキストフィールド脇の「Browse...」ボタンを押して、エクスプローラを起動し、ファイルを指定する。※ファイルのパスに日本語のディレクトリが含まれているとエラーになるので要注意。Browser」ダイアログの「Load」を押すと、ファイルが読み込まれる。Main」ウィンドウの「Graphics」→「Representations」を選択。Display」の原子が球体で表示される。Radius」を調節すると、原子を表わす多面体の細かさが変化する。Main」ウィンドウの「File」→「Quit」を選択。ダイアログで「Yes」を押して終了。