水軍と呼び始めたのは、比較的最近のことで、昭和の初期になってからとされています。それまでは海賊と言っていましたが、海賊すなわち「海の盗賊」ですから、いくらなんでも「自分たちの先祖は盗賊だった」では良くないので、地元の郷土史家たちによって「水軍」という呼称が考え出されたわけです。この水軍という呼称は世間の人が村上氏に対して抱いていたイメージと合ったことと、海賊=盗賊といった悪いイメージを払拭したことで、すっかり定着してしまい現在に至っています。瀬戸内海で海賊行為が行われ始めたのは、とても古く、奈良時代にさかのぼります。聖武天皇が天平2(731)年に「京および諸国の盗賊と海賊を対武する」という詔を発布しているほどです。奈良・平安時代に、当時の律令政治は、一般庶民に重税を課せた体制で、生活に困窮した瀬戸内の島民が、航行する船を遅い積み荷を奪ったのが、海賊の発祥とされています。天慶2(939)年には藤原純友の乱が起こり、時の政府に対して、瀬戸内の海賊が集団化して決起して、世を揺るがすまでになりました。その後、南北朝時代における村上義弘の活躍、戦国時代に毛利氏の下に合戦のんい臨んだことで、豪族・大名の海軍部隊としての存在が確立され、水軍の呼称にふさわしいものとなりました。時の権力(王朝・幕府・豪族)からみて、「権力の制定した法律に従わない海上での盗賊を海賊」、「権力の下で海の軍事力として使われるようになれば水軍」の図式となります。水軍が完全に姿を消すきっかけとなったのは、豊臣政権が天正16(1588)年に発令した「海賊禁止令」です。これは、中世から近世に移行していく歴史の流れの中で「権力(軍事・警察・納税)の中央への集権化」の方向から生じたものです。村上水軍に代表される水軍が、歴史上名を残し、今日まで伝えられるのは、単なる海賊に止まらず、組織(経営体)を作り上げ、継続し発展させ、軍事、海運で活躍したことによるものだと思われます。