手札補充に秀で、豊富なハンドアドバンテージから様々な戦術を駆使し戦う文明。クリーチャー除去はバウンスが主。質の良いドローソースが多く用意されておりデュエルマスターズでもっとも使用者が多いであろう文明。ゲームシステム上簡単に手札が尽きるのでドローソースは戦術面で欠かせない要素である。増やした手札から絶え間なくクリーチャーを展開し攻め込んでいく。光ほど性能は高くないがブロッカーも多く防御力もあり、バウンスによる除去も行えると攻防に隙がない。単色デッキでランクマッチを戦い抜けるほどのポテンシャルを持つ。アドバンテージの稼ぎやすさ故かクリーチャーのパワーがやや低いことが多い。正面から殴り合うと劣勢になりやすいので攻撃の前に進化させる、ドロー目的で採用し戦闘は他の文明に任せるという扱われ方が多い。《アクア・ハルカス》、《エナジー・ライト》といったドローカード、高性能なS・トリガー《アクア・サーファー》は採用率が高い。水文明自身でも戦闘力を有し、テンポアドバンテージが得られる《スパイラル・スライダー》や《テレポーテーション》、単体性能が高い《クリスタル・ランサー》は強力。《ミラージュ・マーメイド》はほぼ《ペコタン》(まれに《アルオム》)が必須ではあるが、パワー4000の3ドローと凶悪な性能を誇る。光文明が入らないデッキで、《鎮圧の使徒サリエス》に近い機能を持つ《狩猟魚》が使えるなど、2つ以上の文明を入れたデッキで水文明の採用価値が高くなりがちである。「サイバー」を召喚しても手札が枯渇しなくなる《マーチング・スプライト》の4種。DUEL-」現在、この文明でしか持ち得ない能力は相手のクリーチャーを手札に戻す破壊される時、かわりに手札に戻す(パワーに関係なく)ブロックされないなどがある。水文明と他の文明で使われる能力にはブロッカー(光と水と闇)カードを引く(水など*1)「ブロッカー」メタ(火と《守護聖天ラルバ・ギア》と《クリスタル・パラディン》)などがある。水文明のブロッカーは、闇文明のブロッカーと同様に「攻撃できない」デメリットを持つものが多い。《キング・クラーケン》など、クリーチャーにも相手プレイヤーにも攻撃できるブロッカーも存在している。