2009年度の募集要領を発表した。同じだが、選ばれた研究者が個人の責任で研究を実施できるのが特徴。研究者の発想がより重視されることから、うまくいけば独創的な研究成果が期待できる。この特徴を生かし、さらに挑戦的な研究を推進することを狙い「さきがけ大挑戦型」が設けられた。「実現の可能性の観点からは明確な見通しが得がたいが、成功した場合には飛躍的、画期的な成果が期待できる研究(ハイリスク研究)を積極的に採択する」と科学技術振興機構は言っている。具体的な課題選出手順は、「太陽光と光電変換機能」など新年度の「さきがけ」新規領域として定められた研究領域に沿った課題を公募した中から、大挑戦型にふさわしいと研究総括が推薦し、さらなる審査を経て選定する。研究者は研究の進み具合によって最大2倍程度までの研究費増額が認められる一方、研究の進捗や進展の見通しによっては、1年で終了することもあれば、最長で5年目の年度末まで延長されるという厳しい評価も受ける。