基づく承認を得ない漁船が操業、三重県では県の自粛要請に従わず操業を継続したことから、水産庁と両県が現地で調査・指導する事態となった。水産庁は22日、資源管理に取り組む漁業者の努力を無に帰するものとして、各県に改めて管理の順守徹底を要請。1月20日までに実施状況を報告するよう通達した。長崎県では6~9日に無承認操業の疑いで31人を調査。16人(約12トン漁獲)がクロマグロを狙って出漁しり、イカ釣りの際にクロマグロを繰り返し漁獲したりした違反の疑いがあることが判明、残り15人(約3トンを漁獲)はサバ釣りの際の混獲として違反に該当しないとした。同県の11漁協で約30トンの未報告も発生した。JF厳原町漁協では島内の他漁協に養殖用種苗などが水揚げされ、同漁協が把握を怠り、漁獲量が過少報告された。JF上対馬町漁協では、無承認者の漁獲を他の魚種名で整処理、県に報告していなかった。JF豊玉町漁協では、無承認者の漁獲を別の承認漁業者の水揚げとして上乗せ報告していた。三重県では、県の漁獲枠22・7トンを超過したことから9月15日に県が操業自粛要請を出した。11月上旬にカツオ一本釣り漁業者6人が、クロマグロを狙って操業。御前崎港に50・7トン、焼津港に1・8トンの計52・6トンの県外水揚げ分の報告漏れをしていたことが発覚した。