Dは、600万を超えるプローブが搭載されたアフィメトリクスによる次世代型超高密度マイクロアレイです。RNA(lncRNA)の解析などに用いることができます。Dは、遺伝子発現解析を超えたバイオマーカー探索のための最適なツールです。Dのプローブデザイン*全エクソン領域およびスプライシング接合部に設計されたプローブにより、スプライシングバリアントを正確かつ再現性よく解析できます。(マイクロアレイ解析か、RNA-Seqか?)次世代シークエンサー(NGS)を用いた発現解析(RNA-Seq)が様々な場面で活用される様になってきました。配列情報が得られるなどの利点がある一方で、RNA-Seqではリード数によって解析できる遺伝子数が大きく変わるため、注意が必要です。図2は、RNA-Seqとマイクロアレイによる発現解析を比較したものです。RNA-Seqは原理上、発現量の低い遺伝子では測定値が大きくばらつく傾向にあります。ばらつきを小さくするためには、リード数を増やす必要がありますが、解析コストは上昇してしまいます。マイクロアレイは、低発現から高発現まで精度よく解析することができます。多数の遺伝子発現解析を低コストかつ高速に行うには、マイクロアレイの方がはるかに適しているのです。RNA-Seqとマイクロアレイの比較*RNA-Seqとマイクロアレイの測定精度の比較。RNA-Seq(青点)では、リード数が少なくなるにつれて低発現遺伝子のCV値が大きくなる傾向にあります。一方でマイクロアレイ(赤点)は、発現量の低い遺伝子も精度よく解析できることが示されています。RNA(lncRNA)の発現量は、非常に少ないため、RNA-Seqを用いて発現変動解析をするためには、数億以上のリード数が必要といわれています。Dは、低発現の転写産物でも精度よく解析できるため、lncRNA研究を大幅に加速します。Dに搭載された超高密度プローブはスプライスバリアントの解析にも威力を発揮します。エクソン領域とスプライシング接合部位両方に設計されたプローブにより、選択的スプライシングによって生じるバリアント間の発現差を再現性良く解析できます。lncRNAやスプライスバリアントは、次世代のバイオマーカー候補として急速に注目を集めています。Dを効果的に用いてバイオマーカー探索を加速させましょう。「DNA・RNA抽出受託サービス」のページをご参照ください。(注意事項)上記価格は、「サンプル数-1」分の比較データ作成が含まれております。15,000円/1比較(Cat.#F-DR)」の追加申し込みが必要となります。Software」をお客様のPCにダウンロードして頂き、お客様ご自身で解析していただくことができます。Assayは、遺伝子レベルでのトランスクリプトームビューを提供する、ヒト・マウスおよびラット試験用の次世代全トランスクリプトーム遺伝子レベル発現プロファイリングツールです。Assayは、アクショナブルな結果への最も簡便かつ最もスケーラブルな最速パスを提供します。Assayデザインは、業界をリードするAffymetrixのマイクロアレイ技術を基に、アノテーションが十分な既知遺伝子を広範にカバーし、各種臨床検体やスケーラブルなフォーマットおよびフレキシブルなデータ解析用ソフトウェアを用いた研究を可能にしました。Assayは、機能が明らかな発現バイオマーカーをできるだけ迅速に簡単に低コストで見つけるための最適なツールです。(答えをみつけて次に進みましょう)既知の転写遺伝子の数は、近年急速に増加していますが、各遺伝子の機能に関する知識はいまだに進化し続けています。データベース内の多くの遺伝子および転写産物は、アノテーションが不十分又は全くないため、データ解析及び解釈が複雑になり、時間がかかります。Assayは、アノテーションが十分な遺伝子に注目し、遺伝子レベルでの発現プロファイリング研究及び主要遺伝子・経路の変化の迅速な評価を可能にします。Assayで、研究の結論がより迅速に得られます。(簡便で迅速なバイオマーカーの探索)アノテーションが十分な遺伝子20,000個以上から遺伝子レベルでの発現を正確に測定することにより、迅速に答えが得られます。「DNA・RNA抽出受託サービス」のページをご参照ください。(注意事項)上記価格は、「サンプル数-1」分の比較データ作成が含まれております。15,000円/1比較(Cat.#F-DR)」の追加申し込みが必要となります。Array転写産物全領域において、各Exonごとに特異的なプローブを4つデザイン(平均40プローブ)。1遺伝子あたり約40個のプローブを備えており、遺伝子発現と選択的スプライシングという2つの相補的なレベルの解析が可能です。1つのエクソンに複数のプローブが対応しているため、「エクソンレベル」の解析が可能であり、1つの遺伝子の異なるアイソフォームを区別できます。この様な全ゲノム規模のエクソンレベル解析は、疾患のメカニズムや病因に中心的な役割を果たしている可能性のある、エクソンの特異的な変化の検出を可能とします。1つの「遺伝子レベル」での解析では、異なるエクソンにある複数のプローブのデータを、同一の遺伝子に由来するすべての転写産物の発現値にまとめます。エクソンアレイは、実験的な証拠のある転写配列や予測される転写配列など、ゲノムを最も包括的にカバーしたアレイで、これまで同定されていない新規転写産物の発見を可能にします。「DNA・RNA抽出受託サービス」のページをご参照ください。(注意事項)上記価格は、「サンプル数-1」分の比較データ作成が含まれております。15,000円/1比較(Cat.#F-DR)」の追加申し込みが必要となります。Array転写産物全領域に渡って特異的なプローブを複数デザイン(平均21~27プローブ)。デザインは全て最新のゲノムコンテンツに基づいており、タンパク質をコードするRNAと遺伝子間の長い非コードRNA(lincRNA)の両方の転写産物を測定するためのプローブを含んでいます。mRNAの完全な発現プロファイルだけでなく、mRNA発現プロファイルに影響を与える中間lincRNAの完全な発現プロファイルも提供します。場合、複数の転写産物のアイソフォームの検出が可能となります。したアイソフォームには、スプライスバリアント、ポリアデニル化されない転写産物、選択的ポリアデニル化部位を有する転写産物、切断された転写産物など、3'バイアスマイクロアレイでは見落とされるかもしれないものも含まれます。Arrayのプローブの一部を利用しており、十分なアノテーションを持ったコンテンツのみをカバーしています。「DNA・RNA抽出受託サービス」のページをご参照ください。(注意事項)上記価格は、「サンプル数-1」分の比較データ作成が含まれております。15,000円/1比較(Cat.#F-DR)」の追加申し込みが必要となります。Array3'末端側より600ntの範囲で特異的なプローブを複数デザイン(9~16プローブ)。過去から幅広く使用されているため、論文数や公共データベース情報等が豊富です。「DNA・RNA抽出受託サービス」のページをご参照ください。(注意事項)上記価格は、「サンプル数-1」分の比較データ作成が含まれております。15,000円/1比較(Cat.#F-DR)」の追加申し込みが必要となります。アレイの相関実験に最適です。受託解析(リアルタイムPCRアレイ)Pathway別などで、微量で多くの遺伝子を一度に発現定量解析。受託解析(リアルタイムPCR)Pathway別などで、多くの遺伝子を一度に発現定量解析。受託解析QIAGEN社(SABiosciences)のキットを用いて、Pathway発現定量解析。Homepageの情報を引用しています。