(X)は,一審被告(三菱化学)在社中に、「N2-アリールスルホニル-L-アルギニンアミド類の製造方法」(本件発明)を職務上発明した。同発明は、抗血液凝固剤(選択的抗トロンビン剤)「ノバスタン(Novastan)注」の有効成分であるアルガトロバン(argatroban)を工業的な規模で効率的に製造する方法等に関する発明(ただし,物質発明や用途発明ではない。)であり、欧米で特許取得、日本で審査係属中(特開平10-101649号)である。本件訴訟は、一審原告が一審被告に対し上記職務発明について,相当対価の支払を求めた事案である。対価の額の算定方法が争われた。本件発明に関連する出願として、物質特許など計6つの特許が存在している。原告は一審被告(三菱化学)在社中、本件発明を職務上発明。三菱化学は、本件発明の製造方法に基づくアルガトロバンを有効成分とする抗血液凝固剤「ノバスタン注」を製造承認申請。