市内には、1632年に創立された公立のアムステルダム大学と、1880年に創立されたキリスト教系のアムステルダム自由大学がある。どちらも学生数2万人を超える大規模な大学である。アムステルダム自由大学のキャンパスはアムステルダム南駅近くにまとまっているが、アムステルダム大学のキャンパスはアムステルダム市内各所に分散して存在している。経済学部はメトロWeesperplein駅近くにあり、法学部は中央区のスパイ近くの旧市街にある。