六界説における真正細菌界に属する微生物のことで、原核生物である。五界説ではモネラ界の一部である。いう名前であるが、いわゆる菌(菌類、真核生物で菌界に属する生物)とは異なる。広義には、肉眼では見ることのできない様々な微生物の総称だが、この場合は時に、科学的でない用語の使われ方をされる。以下は、狭義の細菌(本来の用法)について述べる。細菌は、三ドメイン説においては真正細菌ドメインに分類され、この中の真正細菌界に属する生物を細菌という。似たような名前の生物に、茸や黴などが代表する「菌類」がある。細菌が原核生物なのに対して菌類は真核生物であり、つまり細菌と菌類は全く異なる生物である。最近では有性生殖をする細菌も知られるが、一般に細菌は分裂増殖をするところが、いわゆる菌との大きな違いとなっている。現在までに約250属1,500種ほどが知られている。