自身の腕に黒い汚染をうけていた事を知り、自分が手先だった事に嘆く。この状況を逆手にとって反撃を出来るかもしれないと、全員は東京に戻ることに。皆本たちが拠点として連れていかれたのは、古いアパートの一室。テレポートで姿を現すチルドレンと松風。話をする為、悠理のヒュプノで外見を誤魔化し、バベル医療研究所へ行く事に。先ほどのアパートが、昔の京介じゃないと知った思い出の場所で、その時封じ込んだ不二子の心の影に、ブラックファントムがつけいった事を話す。ワクチンを作る為、皆本だけをアパートに残し、バベル医療研究所へ到着した賢木たちは、早速作業にとりかかる。アパートに1人残っていた皆本の前に薫が。薫たちが交代で皆本の様子を見に来る事をいうと必要なものを渡し、変装した皆本と薫は、近所に日用品を買いに出る事に。バベルの医療研究所でワクチンを作り続けていた賢木。ブラックファントムによる精神汚染物質解毒けっ清“SPAT”を完成させると同時に疲れから寝込んでしまう。その頃、皆本は銭湯の湯船に浸かっていた。そこへ、兵部が現われる。パンドラで汚染があった事、奪還に失敗した事を推測する皆本。2人は協力関係を結ぶことに。兵部を指揮官にバベルに乗り込む皆本たち。第一関門を突破した皆本たちの前には黒服が。ここもヒュプノを使って難なくクリア。蕾見管理官が、あっさり侵入を許してしまった事に待ち構えていると察するメンバーたち。葵だけが能力を使えなかった事が分かり、退路を封じられている事に気づく。勝てば一緒だと話す一行。その時、扉が開き、中からは桐壺と柏木が。2人は、ヒュプノだけではなく、マテリアル汚染もあり、正気に戻すにはワクチンが必要だった。そこへ、ワクチンを打つ賢木。2人を寝かせ、奥の部屋の扉を開けると、軍服姿の不二子が。元の姿に戻ってほしいと訴える薫たち。今度は、エスパーの主導でね」と主張。その時、蕾見文書と紫穂が現れ、目の前の不二子に話しかける。蕾見文書の言葉に頭を押さえだす不二子。ワクチンを打とうと動き出すが、不二子が「動くな」と早乙女の拳銃を向ける。その時、プロジェクターのような機械が動き出し、ギリアムの姿が。兵部に「絶望を見せる」といい、その瞬間不二子は自身のこめかみに拳銃を...。とっさに薫は超能力を使おうとするが、EMCを変調され力が使えない。不二子の拳銃だけを狙おうと、皆本が銃を構えると、その前に兵部が不二子に向かうが...。「ドンっ」と発射された銃弾。その状況に絶句するメンバーたち。兵部だけが倒れ行く不二子の頭部に、超能力をこめた手をかざす。「弾丸は浅い位置で止めためたはずだ!!死ぬなよ、このバカ!!まだ逝くな!!勝手なのもいい加減にしろ!!僕を置いて行く気かッ!!」そこへ「代われ」と賢木が不二子の処置を。重傷をおっているが、まだ致命的ではないとし、医務室まで運べるよう生体制御治療を行う。ギリアムの仕打ちに冷静を失いかけている兵部に、喝をいれる葉。冷静さを取り戻した兵部は、ギリアムの次の行動を考える。あのイカれた坊やなら...過去の次には...)ピンっときた兵部は「真木が近くにいるはずだ!!今すぐこの部屋を超音波スキャンしろ!」その瞬間、真木の攻撃に貫かれる2人。遅いわ」と真木の姿が...といったところで次巻へ...。48巻の感想は?不二子の自殺など、かなり衝撃なシーンがあった48巻。