両津は刑事をやっていたことがある。刑事ドラマにかぶれている両津は、かっこばかりつけていたが、刑事の仕事も甘くはなかった。シュタイナーは自分たちがオトリであり、サイド6への核攻撃が迫っていることを知らされる。アルはバーニィに手柄を立ててもらおうとアレックスの隠し場所を突き止め、サイクロプス隊はアレックスの奪取・破壊を目指す「ルビコン作戦」を開始する。バーニィはアルの助けを借りてザクを修理し、アレックスと戦う準備を進める。作戦当日、サイド6に向かっていたジオンの艦隊が連邦軍に降伏したことを知ったアルは、バーニィに戦う必要が無くなったことを報せようとするが、すでにバーニィは出撃した後だった。宇宙世紀0079年12月、ジオン軍のサイクロプス隊は連邦軍の新型モビルスーツ「NT-1アレックス」を奪取するため北極基地を襲撃。連邦軍はアレックスをシャトルに乗せて打ち上げ、サイド6に隠す。サイド6で暮らす少年アルは、偶然アレックスが積まれたコンテナをビデオカメラに収める。アルはコロニーに侵入して撃墜されたザクを発見し、パイロットのバーニィと知り合う。何も知らないアルは、自分が撮影したコンテナのビデオと引き替えにバーニィからジオンの階級章をもらって大喜び。バーニィはグラナダ基地に帰還し、サイクロプス隊に転属となり、再びサイド6へ向かう。バーニィの姿を発見したアルは、彼を追跡してサイクロプス隊のアジトを突き止めた。サイクロプス隊の隊長シュタイナーは、アルを仲間にするのが安全だと判断し、彼に標章を与える。アルの見張りを命じられたバーニィは、アレックスのテストパイロットのクリスと知り合い、2人は互いの素性を知らぬまま恋心を抱く。「ルビコン作戦」は失敗に終わり、サイクロプス隊は全滅。ひとり生き残ったバーニィは、アルにコロニーへの核攻撃が迫っていることを伝えて、コロニーから脱出しようとする。アルやクリスのためにもアレックスを破壊して核攻撃を中止させようと思い直す。建設大臣の孫が何者かによって誘拐され、東京の公安調査庁から新米調査官・赤坂が雛見沢へ派遣された。赤坂はそこで不思議な少女・梨花と出会う。現地の刑事・大石の協力を得て調査を進めるが、一見どこにでもある長閑な村に見えた雛見沢の「深部」が見えてくるにつれ、事件は意外な展開に...。2010年5月28日未明、ヘリコプターがアフガニスタンの前哨基地の上空を飛んでいた。暗闇の中、タリバンが攻撃を開始。第101空挺師団は、この日から1年に及ぶ任務に就く。新米のJJ・マクールとカイルは、危険なことで知られるコレンガル渓谷にいることに興奮を隠せない。マクールはカメラ付きのヘルメットをかぶり、戦場の様子を記録する。銃撃戦にも興奮するが、やがて敵の強さに気づき...。第101空挺師団がコレンガル渓谷に来て4ヶ月が過ぎた。軍人一家に生まれたクリス・アダムス軍曹は部下を安全に家へ帰すことを最優先と考えていた。新米兵士たちはたびたび起きる銃撃戦に慣れ始め、絶えず脅威にさらされる状況にも彼らなりに対処し始めていた。感情を捨て、ただ行動するのだ。危険が増す中で油断すればミスにつながるため、アダムス軍曹は不安を覚える。不審な動きを見せ、出歩く命を心配し、後をつけることにしたベル、リリ、ヴェルフの三名。【タケミカヅチ・ファミリア】の友人である千草と合流し、命が向かった先は、オラリオが誇る、もうひとつの顔――大歓楽街だった。命と千草が歓楽街を訪れた理由は、昔なじみの友人が働いているという噂を聞きつけたからという話......だが、尾行のさなか人混みに揉まれて、ベルは仲間たちとはぐれてしまう。