Blog2015-05-15ChemmineRを使ってみよう【1】バイオインフォマティクスChemmineRというパッケージの使い方をご紹介します。ToolsというツールのRパッケージです。見て「けみなー」と読みましたが、もともとのツールがChemMineなので、「けむ・まいなー」と読むのでしょう。fingerprintを使った解析の一部を簡単に説明いたします。インストールと読み込みBioconductorに登録されています。解析を始める前に、解析したい化合物の情報が必要です。ID)か、SDFファイルを使って解析します。解析したい化合物のCIDのリストから始める場合は、getIds関数でSDFの情報を取得します。getIdsには用意したCIDのベクトルを与えます。時間がかかると思います。getIds(c(650001,650002,650003,650004,650005,650006,650007,650008,650009,650010))取得したSDFデータは念のためファイルに書き出しておくと、同じ化合物を繰り返し解析するときに便利だと思います。db=NULL)書き出したファイルの読み込みは以下の通りです。CIDではなく、SDFファイルを用意した人も、同様にSDFファイルを読み込むことができます。read.SDFset("your_file.sdf")データがない場合はパッケージのサンプルデータを使います(今回例で用いているものと同じです)。data(sdfsample)sdfset<-sdfsample[1:10]次は読み込んだSDFファイルの重複や有効性の確認方法をご紹介します。(1)memberid:amelieffid:Fuku-Iid:miwa-tid:hr-kid:fujinamisid:miya-yid:kubo-mid:ta-yid:yama_toid:yokokozuarchivesはてなブログをはじめよう!amelieffさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。