馬の特徴の中でも、一見して最初に目につくのが毛色である。家畜馬では、鹿毛、栗毛が特に多い。家畜化以前は薄墨毛が多かったと考えられている。毛色の他に個体の識別に使われるものとして白斑がある。白斑は主に頭部、脚部などに見られる白い毛のことで、毛色やその他の特徴(旋毛等)と合わせると無数の組み合わせがあり、個体識別に利用することが出来る。そのため血統登録の際記載が義務づけられている。白斑に至らない程度のものを刺毛という。馬のつむじのことを旋毛(せんもう)という。位置に個体差があることから、白斑と同じく個体識別に利用することが出来る。白斑・旋毛の詳細については馬のマーキング参照のこと。