全20層で構成された本編ダンジョンの一部を進んでいくことになります。フロアにある2つの歪みは基本的にどちらも行き先は同じですが、第1→2層のみ行き先が異なります。5の倍数の階層にはセーブポイント・ショップ・脱出ポイントがあります。ショップには道具屋が無いので回復はアイテムでなく術技と料理を活用して進みましょう。マグナ・ゼロのアイテムについては入手アイテム(1~20層)の項目を参照して下さい。最深部で黄金魔剣士と戦闘3連戦になり、以下の黄金魔剣士と戦うことになります。パターン・使用術技は下表の様にこちらのメンバーを反映したものになっています。ミラ1戦目の剛は1体なのでゴリ押しで。2戦目は前衛が愛を、後衛が揮を担当しましょう。揮は攻撃を加えていくと周囲に岩槍を出現させる強力な攻撃を使用してきます。前衛操作の場合、青色の「!」が出たらすぐにガードで防ぎましょう。一撃でキャラが戦闘不能になるようならオールディバイドを使用しましょう。3戦目は護→元→瞬の順で倒しましょう。護も揮と同様周囲に岩槍を出現させる強力な攻撃を使用してきます。トロフィー「地上最強」を入手。異能の書「踏地不屈」を入手。魔装備の真の力が覚醒し、攻撃力が装備キャラが今までに倒した敵の数になります。2周目以降の攻略についてマグナ・ゼロ最深部で黄金魔剣士を倒すと第1層から再攻略となります。2周目以降の攻略ではマグナ・ゼロに以下の様な変化が起きます。黄金魔剣士を含めて全ての敵が強化される。強化は3周目で打ち止めになります。最深部までの階層が増える。2周目は25層、3周目以降は30層に増えます。攻略チャート(2周目以降)マグナ・ゼロを進むマグナ・ゼロマップ画像1周目と同じように回復に術技・料理を活用しつつ進みましょう。第1→2層、第21→22層、第26→27層は行き先が異なるので注意。最深部で黄金魔剣士と戦闘3周目以降の黄金魔剣士は攻撃力9000越えの状態なので魔装備と最高位の防具を装備して挑むこと。パーティーはジュード・ミラ・エリーゼ・レイアがオススメ。ミラを操作する場合、攻撃を避ける為に空中戦主体で戦うこと。ライフボトルが減ってきたら「オールディバイド」を使用しましょう。