データから得られたリードカウントデータは、そのまま転写産物(遺伝子)発現量を表すわけではない。depth)と転写産物の長さに影響される。転写産物あたりにマッピングされるリード数も多い。転写産物あたりにマッピングされるリード数も多い。データから得られるリードカウントデータを転写産物発現量として利用するには、総リード数や転写産物長で補正する必要がある。万個存在するときに、各転写産物に何個あたりの転写産物が存在するのかを表す値である。計算することができる。転写産物の種類によって長さが異なるので、まず転写産物の長さで補正を行う。あたりリード数を計算する。あたりのリード数は次のように計算できる。万となるように補正する。次のように計算できる。計算するとき、遺伝子の長さをコーティング領域(CDS)の和集合とする場合が多い(遺伝子長の定義と計算方法)。通りの方法が考えられる。ように遺伝子長で補正してからサンプル間の総リード数を揃える方法の他に、サンプル間の総リード数を揃えてから遺伝子長で補正する方法もある。