使うインデックスとなる。次に、作成したインデックスを利用してリードをゲノム配列にマッピングしていく。マッピング率などは画面に出力される。目のサンプルの出力例を示した。複数箇所にマッピングされるリードであった。リードがマッピングされた。ファイルに保存される。プログラムに与えれば、遺伝子のリードカウントデータを得ることができる。マッピングできたリード数を数えるには次のようにする。リードの両方がマッピングされているリードを取得できる。リードを取得できるようになる。